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- PDB-3uc8: Trp-cage cyclo-TC1 - tetragonal crystal form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3uc8
タイトルTrp-cage cyclo-TC1 - tetragonal crystal form
要素cyclo-TC1
キーワードDE NOVO PROTEIN / miniprotein / Trp-cage / cyclic peptide / multimer / protein-protein interaction
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.33 Å
データ登録者Scian, M. / Le Trong, I. / Stenkamp, R.E. / Andersen, N.H.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Crystal and NMR structures of a Trp-cage mini-protein benchmark for computational fold prediction.
著者: Scian, M. / Lin, J.C. / Le Trong, I. / Makhatadze, G.I. / Stenkamp, R.E. / Andersen, N.H.
履歴
登録2011年10月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年7月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年8月1日Group: Database references
改定 1.22012年8月15日Group: Database references
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cyclo-TC1
B: cyclo-TC1
C: cyclo-TC1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,5554
ポリマ－6,4333
非ポリマー1221
水1,838102
1
A: cyclo-TC1
B: cyclo-TC1
C: cyclo-TC1
ヘテロ分子

A: cyclo-TC1
B: cyclo-TC1
C: cyclo-TC1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,1108
ポリマ－12,8656
非ポリマー2442
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555-x,y,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)36.848, 36.848, 66.212
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number95
Space group name H-MP4322

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要素

#1: タンパク質・ペプチド cyclo-TC1


分子量: 2144.240 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: solid-phase synthesis and cyclization
#2: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 29.59 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 2.5
詳細: 0.2 M Tris-HCl, 0.2 M magnesium chloride, 2.0 M sodium chloride, pH 2.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年10月31日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.32→50 Å / Num. all: 9797 / Num. obs: 9797 / % possible obs: 86.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10 % / Rmerge(I) obs: 0.032 / Χ2: 1.112 / Net I/σ(I): 55.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.32-1.372.50.0963301.106129.9
1.37-1.425.40.0927271.251166
1.42-1.499.70.07310141.089191.8
1.49-1.5710.90.05510381.168194.1
1.57-1.66110.04910661.055195.3
1.66-1.7911.10.04410890.948196.3
1.79-1.9711.10.0410931.127197.4
1.97-2.2611.10.04311141.2197.5
2.26-2.84110.03611551.18198.2
2.84-509.60.02511711.074192.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
CrystalClearデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3UC7

3uc7


解像度: 1.33→36.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.98 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / WRfactor Rfree: 0.2509 / WRfactor Rwork: 0.1694 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / FOM work R set: 0.8821 / SU B: 1.947 / SU ML: 0.035 / SU R Cruickshank DPI: 0.0745 / SU Rfree: 0.0706 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.075 / ESU R Free: 0.071 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1977 469 4.8 %RANDOM
Rwork0.1355 ---
obs0.1382 9316 87.5 %-
all-9785 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 52.03 Å2 / Biso mean: 15.3019 Å2 / Biso min: 6.14 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.24 Å20 Å20 Å2
2--0.24 Å20 Å2
3----0.49 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.33→36.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数453 0 8 102 563
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0250.021510
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02375
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0612.017695
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1533900
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.241562
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.4952220
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.6811552
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.735155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1230.260
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.023562
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.0296
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.1294340
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.2814134
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.1476529
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.1756170
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.34510165
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.5793885
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free11.3063104
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded4.5863870
LS精密化 シェル解像度: 1.33→1.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.012 16 -
Rwork0.788 238 -
all-254 -
obs--31.55 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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