PDB-3uc1: Mycobacterium tuberculosis gyrase type IIA topoisomerase C-termin...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3uc1

タイトル

Mycobacterium tuberculosis gyrase type IIA topoisomerase C-terminal domain

要素

DNA gyrase subunit A

キーワード

ISOMERASE / DNA binding protein / Topoisomerase / Gyrase

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / DNA negative supercoiling activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / peptidoglycan-based cell wall / DNA-templated DNA replication / chromosome / response to antibiotic / magnesium ion binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Tretter, E.M. / Berger, J.M.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Mechanisms for Defining Supercoiling Set Point of DNA Gyrase Orthologs: II. THE SHAPE OF THE GyrA SUBUNIT C-TERMINAL DOMAIN (CTD) IS NOT A SOLE DETERMINANT FOR CONTROLLING SUPERCOILING EFFICIENCY.
著者: Tretter, E.M. / Berger, J.M.

履歴

登録	2011年10月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年3月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年4月25日	Group: Database references
改定 1.2	2012年6月13日	Group: Database references
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3uc1.cif.gz	139.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3uc1.ent.gz	109.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3uc1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uc/3uc1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uc/3uc1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4g3n-d 4lg9-d 5ams-2 5k19-3 6n01-1 5oq2-1 4hdj-d 5ams-1 4h5i-1 4h5j-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#73 - 2006年1月トポイソメラーゼ (Topoisomerase) 類似性 (8) #131 - 2010年11月インテイン (Inteins) 類似性 (6)

登録構造単位

A: DNA gyrase subunit A

ヘテロ分子

35.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	38.871, 82.842, 83.433
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	DNA gyrase subunit A 分子量: 35291.652 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 514-838 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 株: H37Rv / 遺伝子: gyrA, MRA_0006 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A5TY74, UniProt: P9WG47*PLUS, EC: 5.99.1.3
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 297 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.37 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2 M (CH3COO)2Ca xH2O. 20% PEG3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月9日
放射	モノクロメーター: Double flat crystal, Si(111) / プロトコル: Native / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 33301 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.1 % / R_merge(I) obs: 0.074 / R_sym value: 0.074 / Net I/σ(I): 27.131
反射シェル	解像度: 1.65→1.71 Å / 冗長度: 7 % / Mean I/σ(I) obs: 3.59 / Num. unique all: 3280 / R_sym value: 0.56 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.6.2_432)	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.65→41.716 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.12 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2221	1683	5.07 %	RANDOM
R_work	0.1876	-	-	-
obs	0.1894	33225	99.8 %	-
all	-	33301	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 39.28 Å² / k_sol: 0.354 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.5495 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.7168 Å²	-0 Å²
3-	-	-	2.2664 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→41.716 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2295	0	15	297	2607

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	2461
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.182	3348
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.475	955
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.081	390
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	443

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.65-1.6972	0.2818	125	0.2513	2568	X-RAY DIFFRACTION	98
1.6972-1.752	0.2626	111	0.2254	2585	X-RAY DIFFRACTION	100
1.752-1.8146	0.245	142	0.2129	2585	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8146-1.8873	0.2194	120	0.1879	2615	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8873-1.9732	0.2188	138	0.1831	2608	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9732-2.0772	0.2569	132	0.1864	2618	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0772-2.2073	0.2248	172	0.1835	2584	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2073-2.3778	0.196	154	0.1764	2600	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3778-2.617	0.2124	137	0.185	2646	X-RAY DIFFRACTION	100
2.617-2.9956	0.2046	141	0.1979	2659	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9956-3.7737	0.2133	143	0.1802	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7737-41.7298	0.2272	168	0.1784	2799	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.099	-0.0838	-0.0756	0.1747	0.007	0.0691	-0.0524	0.1182	-0.4509	0.3371	0.0107	0.2522	0.0964	0.0463	-0.0068	0.0419	0.004	0.0192	0.0861	-0.0075	0.1329	16.7236	41.8446	18.6707
2	0.2277	0.1404	0.0187	0.05	-0.1016	0.4321	-0.0076	-0.0514	-0.0725	0.1466	-0.0357	0.0103	0.0882	-0.0067	-0.0008	0.122	0.0065	0.0028	0.0932	0.0031	0.1163	21.7756	36.905	25.0361
3	0.1534	0.0984	0.1293	0.1455	-0.0391	0.1678	-0.1069	0.1494	-0.1767	0.0089	0.0699	-0.0158	0.028	-0.0103	-0.0018	0.0526	0.0106	-0.0039	0.0935	-0.0146	0.1116	24.4261	48.9003	14.0447
4	0.0231	-0.0253	-0.0046	0.0321	0.0336	0.0981	0.0071	-0.0406	0.0333	-0.2413	-0.0548	0.0865	-0.027	-0.0907	-0.0017	0.0963	-0.0208	0.0167	0.1282	-0.0308	0.0784	29.2125	49.8987	7.9591
5	0.1692	0.0313	-0.0841	0.1751	0.2275	0.2952	0.0542	-0.0272	-0.3369	-0.0027	-0.0437	0.2426	0.0146	0.0642	-0	0.0894	0.0124	0.0155	0.1165	0.0367	0.1391	22.2696	36.991	14.5715
6	0.3696	0.2708	0.4515	0.2435	0.1808	1.0891	-0.0294	-0.0154	0.035	0.0241	0.1074	0.0026	0.0827	0.1127	0.0166	0.0254	-0.0026	0.0104	0.0792	-0.0166	0.086	28.4302	51.1007	13.6562
7	0.1687	-0.0213	-0.3158	0.3297	-0.1596	0.405	0.0521	0.0872	0.0511	-0.0651	-0.0276	-0.0035	0.0414	0.0507	0.0501	0.055	0.0015	-0.0057	0.0686	-0.026	0.0729	33.8759	58.4539	10.9905
8	0.3372	0.4649	-0.0168	0.5775	-0.1207	0.1753	0.0504	0.0666	-0.0827	0.0716	-0.064	0.0187	-0.0132	0.1036	0.0002	0.0532	-0.0013	0.0112	0.0701	-0.0036	0.0635	39.2258	57.9308	21.9332
9	0.1966	0.5218	-0.1039	0.7041	-0.112	0.8319	0.0081	0.0759	0.0158	0.0937	-0.1091	-0.01	-0.0795	0.2808	-0.0104	0.0879	-0.0003	0.0174	0.1044	-0.0019	0.0714	41.7328	62.8855	20.8006
10	0.5921	0.7017	-0.4204	0.6858	-0.5058	0.5233	0.1135	-0.0542	-0.0699	0.5889	-0.012	0.4049	-0.4408	0.0446	0.1495	0.2296	-0.0159	0.0982	0.0794	-0.0201	0.0833	35.4244	55.5747	37.528
11	0.1462	0.0819	-0.105	0.1558	0.1102	0.1927	0.2245	-0.0672	-0.0293	0.3742	-0.2845	-0.1064	-0.1662	0.3446	0.008	0.2084	-0.0692	-0.0423	0.1254	0.02	0.11	44.9692	62.2909	33.1519
12	0.1012	0.1936	-0.0446	0.4864	-0.1446	0.2628	0.1175	-0.159	-0.1558	0.23	-0.0836	-0.0134	-0.2264	0.1101	0.0008	0.1633	-0.0161	0.0273	0.1486	0.0283	0.1134	39.312	48.9555	37.064
13	0.1313	-0.1464	0.0076	0.3593	-0.3588	0.6356	0.0853	0.0538	-0.1664	0.0534	-0.1468	0.0882	-0.2581	0.0884	-0.0199	0.1901	-0.0365	0.0271	0.0835	0.0179	0.0641	35.7344	45.2554	40.3758
14	-0.0003	0.01	0.0142	0.0851	-0.0195	0.1164	0.1782	-0.1828	-0.2751	0.337	-0.511	-0.2513	0.0055	0.1962	-0	0.1965	0.0063	0.0116	0.1924	0.0563	0.1813	41.3923	37.847	43.3627
15	0.0522	0.0724	-0.0093	0.078	0.0165	0.0716	-0.0424	-0.1518	0.2521	-0.135	0.2214	-0.1173	-0.0018	-0.3868	-0	0.2006	0.025	0.0198	0.2196	0.0026	0.1456	37.4919	42.0545	32.4714

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 512:521)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 522:559)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 560:574)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 575:579)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 580:598)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 599:622)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 623:653)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 654:679)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 680:714)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 715:739)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain A and resid 740:755)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain A and resid 756:773)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain A and resid 774:800)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain A and resid 801:810)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain A and resid 811:817)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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試料調製

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データ収集

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解析

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)