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- PDB-3ubt: Crystal Structure of C71S Mutant of DNA Cytosine-5 Methyltransfer... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ubt
タイトルCrystal Structure of C71S Mutant of DNA Cytosine-5 Methyltransferase M.HaeIII Bound to DNA
要素
  • 5'-D(*TP*GP*GP*CP*CP*A)-3'
  • Modification methylase HaeIII
キーワードTRANSFERASE/DNA / Protein-DNA complex / DNA cytosine-5 methyltransferase / DNA binding / S-Adenosyl methionine binding / Cytosine-5 DNA methylation / TRANSFERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA (cytosine-5-)-methyltransferase / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity / DNA restriction-modification system / methylation / DNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
DNA Methylase, subunit A, domain 2 / DNA Methylase; Chain A, domain 2 / : / DNA methylase, C-5 cytosine-specific, conserved site / C-5 cytosine-specific DNA methylases C-terminal signature. / DNA methylase, C-5 cytosine-specific, active site / C-5 cytosine-specific DNA methylases active site. / C-5 cytosine-specific DNA methylase (Dnmt) domain profile. / C-5 cytosine methyltransferase / C-5 cytosine-specific DNA methylase ...DNA Methylase, subunit A, domain 2 / DNA Methylase; Chain A, domain 2 / : / DNA methylase, C-5 cytosine-specific, conserved site / C-5 cytosine-specific DNA methylases C-terminal signature. / DNA methylase, C-5 cytosine-specific, active site / C-5 cytosine-specific DNA methylases active site. / C-5 cytosine-specific DNA methylase (Dnmt) domain profile. / C-5 cytosine methyltransferase / C-5 cytosine-specific DNA methylase / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / DNA / Type II methyltransferase M.HaeIII
類似検索 - 構成要素
生物種Haemophilus aegyptius (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.502 Å
データ登録者Verdine, G.L. / Didovyk, A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Structural origins of DNA target selection and nucleobase extrusion by a DNA Cytosine methyltransferase.
著者: Didovyk, A. / Verdine, G.L.
履歴
登録2011年10月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年12月19日Group: Database references
改定 1.22014年10月8日Group: Refinement description
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
Y: Modification methylase HaeIII
A: Modification methylase HaeIII
B: Modification methylase HaeIII
D: 5'-D(*TP*GP*GP*CP*CP*A)-3'
E: 5'-D(*TP*GP*GP*CP*CP*A)-3'
F: 5'-D(*TP*GP*GP*CP*CP*A)-3'
G: 5'-D(*TP*GP*GP*CP*CP*A)-3'
H: 5'-D(*TP*GP*GP*CP*CP*A)-3'
C: 5'-D(*TP*GP*GP*CP*CP*A)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,23918
ポリマ－124,3679
非ポリマー2,8719
水10,233568
1
Y: Modification methylase HaeIII
G: 5'-D(*TP*GP*GP*CP*CP*A)-3'
H: 5'-D(*TP*GP*GP*CP*CP*A)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,9207
ポリマ－41,4563
非ポリマー1,4644
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2830 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area16480 Å2
手法PISA
2
A: Modification methylase HaeIII
E: 5'-D(*TP*GP*GP*CP*CP*A)-3'
F: 5'-D(*TP*GP*GP*CP*CP*A)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,4136
ポリマ－41,4563
非ポリマー9573
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2790 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area16340 Å2
手法PISA
3
B: Modification methylase HaeIII
D: 5'-D(*TP*GP*GP*CP*CP*A)-3'
C: 5'-D(*TP*GP*GP*CP*CP*A)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,9065
ポリマ－41,4563
非ポリマー4502
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2870 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area16460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.564, 129.588, 132.381
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31Y
12A
22B
32Y
13A
23B
33Y
14A
24B
34Y
15A
25B
35Y
16A
26B
36Y
17A
27B
37Y
18A
28B
38Y
19A
29B
39Y
110A
210B
310Y
111A
211B
311Y
112A
212B
312Y
113A
213B
313Y
114A
214B
314Y

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111(chain A and resid 191:197)
211(chain B and resid 191:197)
311(chain Y and resid 191:197)
112(chain A and resid 212:219) and not (resid 216)
212(chain B and resid 212:219) and not (resid 216)
312(chain Y and resid 212:219) and not (resid 216)
113(chain A and resid 223:238) and not (resid 225 or resid 229)
213(chain B and resid 223:238) and not (resid 225 or resid 229)
313(chain Y and resid 223:238) and not (resid 225 or resid 229)
114(chain A and resid 245:250) and not (resid 248)
214(chain B and resid 245:250) and not (resid 248)
314(chain Y and resid 245:250) and not (resid 248)
115(chain A and resid 276:305) and not (resid 289 or resid 291 or resid 293 or resid 295 or resid 299)
215(chain B and resid 276:305) and not (resid 289 or resid 291 or resid 293 or resid 295 or resid 299)
315(chain Y and resid 276:305) and not (resid 289 or resid 291 or resid 293 or resid 295 or resid 299)
116(chain A and (resid 2:5))
216(chain B and (resid 2:5))
316(chain Y and (resid 2:5))
117(chain A and (resid 15:17))
217(chain B and (resid 15:17))
317(chain Y and (resid 15:17))
118(chain A and (resid 22:47)) and not (resid 30 or resid 35:36)
218(chain B and (resid 22:47)) and not (resid 30 or resid 35:36)
318(chain Y and (resid 22:47)) and not (resid 30 or resid 35:36)
119(chain A and (resid 59:68)) and not (resid 61)
219(chain B and (resid 59:68)) and not (resid 61)
319(chain Y and (resid 59:68)) and not (resid 61)
1110(chain A and (resid 71:82)) and not (resid 72 or resid 75:76)
2110(chain B and (resid 71:82)) and not (resid 72 or resid 75:76)
3110(chain Y and (resid 71:82)) and not (resid 72 or resid 75:76)
1111(chain A and (resid 99:110)) and not (resid 100 or resid 102 resid 105)
2111(chain B and (resid 99:110)) and not (resid 100 or resid 102 resid 105)
3111(chain Y and (resid 99:110)) and not (resid 100 or resid 102 resid 105)
1112(chain A and (resid 122:162)) and not (resid 132 or...
2112(chain B and (resid 122:162)) and not (resid 132 or...
3112(chain Y and (resid 122:162)) and not (resid 132 or...
1113(chain A and (resid 167:169))
2113(chain B and (resid 167:169))
3113(chain Y and (resid 167:169))
1114(chain A and (resid 308:324)) and not (resid 311 or...
2114(chain B and (resid 308:324)) and not (resid 311 or...
3114(chain Y and (resid 308:324)) and not (resid 311 or...

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.999076, -0.03587, -0.023674), (-0.033066, 0.99341, -0.109746), (0.027455, -0.108862, -0.993678)-1.62613, -27.811199, -68.1493
2given(0.999467, -0.029305, 0.014411), (0.028731, 0.998844, 0.038532), (-0.015523, -0.038097, 0.999153)0.810595, -42.594002, 0.843774
3given(-0.999126, -0.02439, -0.033958), (-0.021932, 0.997237, -0.070975), (0.035595, -0.070169, -0.9969)-2.00544, -26.655701, -68.2342
4given(0.999679, -0.02223, 0.01213), (0.02158, 0.998449, 0.051324), (-0.013252, -0.051045, 0.998608)0.583679, -42.334, 1.16304
5given(-0.999107, -0.023035, -0.035415), (-0.02009, 0.996481, -0.081371), (0.037165, -0.080587, -0.996054)-2.01904, -27.0418, -68.2603
6given(0.999936, -0.010647, 0.003929), (0.010492, 0.999243, 0.037467), (-0.004325, -0.037424, 0.99929)0.191265, -43.002499, 1.11685
7given(-0.998334, -0.030991, -0.048673), (-0.026558, 0.995658, -0.089218), (0.051227, -0.087777, -0.994822)-2.53546, -27.273001, -68.5168
8given(0.99994, -0.010158, 0.004025), (0.010025, 0.999449, 0.031654), (-0.004344, -0.031612, 0.999491)0.247526, -43.162601, 1.14574
9given(-0.998988, -0.026978, -0.036), (-0.023544, 0.995423, -0.09262), (0.038334, -0.091679, -0.995051)-2.0851, -27.402399, -68.348396
10given(0.999816, -0.017507, 0.007892), (0.017181, 0.999064, 0.039701), (-0.00858, -0.039558, 0.99918)0.320338, -42.7705, 1.04512
11given(-0.99974, -0.020464, -0.01004), (-0.019638, 0.996877, -0.076491), (0.011574, -0.076274, -0.99702)-0.760136, -26.6164, -67.851303
12given(0.999413, -0.024522, -0.023926), (0.025566, 0.998688, 0.044373), (0.022806, -0.044958, 0.998728)0.200296, -42.973701, 1.51075
13given(-0.999499, 0.00157, -0.031597), (0.00358, 0.997964, -0.063685), (0.031432, -0.063766, -0.99747)-1.72553, -26.0956, -67.8974
14given(0.999983, 0.000161, 0.005772), (-0.000331, 0.999564, 0.029518), (-0.005765, -0.02952, 0.999548)0.118616, -43.255901, 1.02006
15given(-0.999903, -0.009726, -0.010015), (-0.008941, 0.997092, -0.07568), (0.010722, -0.075583, -0.997082)-0.62485, -26.7115, -67.882202
16given(0.999915, -0.008122, -0.010163), (0.008384, 0.999627, 0.025975), (0.009948, -0.026058, 0.999611)0.018573, -43.134998, 1.19482
17given(-0.999778, -0.014325, -0.015431), (-0.013273, 0.997716, -0.066224), (0.016344, -0.066005, -0.997685)-1.03355, -25.986, -67.865097
18given(0.99993, -0.010532, -0.005396), (0.010636, 0.99975, 0.019674), (0.005187, -0.01973, 0.999792)0.019979, -43.115898, 1.11366
19given(-0.999837, -0.016295, 0.007744), (-0.017005, 0.994559, -0.102777), (-0.006027, -0.102892, -0.994674)0.2523, -28.317499, -68.289803
20given(0.999995, 0.002881, -0.001305), (-0.002853, 0.999778, 0.020873), (0.001365, -0.020869, 0.999781)0.106555, -43.136902, 1.26911
21given(-0.999864, -0.014526, -0.007833), (-0.013407, 0.991715, -0.127754), (0.009624, -0.127632, -0.991775)-0.568643, -30.5602, -68.285301
22given(0.992138, 0.09806, -0.077758), (-0.096496, 0.995053, 0.023634), (0.079691, -0.015945, 0.996692)-0.359926, -42.759399, 0.995422
23given(-0.999862, -0.016322, -0.003134), (-0.016041, 0.997066, -0.074843), (0.004346, -0.074783, -0.99719)-0.403817, -26.663401, -67.688301
24given(0.999888, -0.014354, -0.004284), (0.014468, 0.999503, 0.028021), (0.003879, -0.028079, 0.999598)0.034673, -43.1064, 1.23502
25given(-0.999815, 0.001235, -0.01918), (0.002606, 0.997428, -0.071634), (0.019042, -0.07167, -0.997247)-0.891412, -26.5375, -67.532204
26given(0.999956, 0.006363, 0.006889), (-0.006564, 0.999539, 0.029652), (-0.006698, -0.029696, 0.999537)0.286316, -43.232399, 1.14268
27given(-0.999999, 0.001355, -3.46028), (0.001353, 0.99722, -0.074495), (-6.64047, -0.029696, 0.999537)0.273323, -26.7609, -67.585602
28given(0.999923, -0.00683, -0.010402), (0.007074, 0.999696, 0.023636), (0.010238, -0.023708, 0.999667)0.026667, -43.185398, 1.23792

-
要素

-
タンパク質 / DNA鎖 , 2種, 9分子 YABDEFGHC

#1: タンパク質 Modification methylase HaeIII / M.HaeIII / Cytosine-specific methyltransferase HaeIII


分子量: 37837.344 Da / 分子数: 3 / 変異: C71S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus aegyptius (バクテリア)
遺伝子: haeIIIM / プラスミド: pHN1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): LC1061
参照: UniProt: P20589, DNA (cytosine-5-)-methyltransferase
#2: DNA鎖
5'-D(*TP*GP*GP*CP*CP*A)-3'


分子量: 1809.218 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成

-
非ポリマー , 4種, 577分子

#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-2PE / NONAETHYLENE GLYCOL / 3,6,9,12,15,18,21,24-オクタオキサヘキサコサン-1,26-ジオ-ル


分子量: 414.488 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H38O10 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 568 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 6

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.21 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 26-27% (v/v) pentaerythritol ethoxylate (15/4 EO/OH), 100 mM ammonium sulfate, 50 mM Bis-Tris pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器日付: 2008年11月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→17 Å / Num. all: 35072 / Num. obs: 31721 / % possible obs: 90.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 30.733 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.122 / Net I/σ(I): 7.93
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique allNum. unique obs% possible all
2.5-2.62.460.373.4193443805267970.4
2.6-2.693.520.3364.18104932983276292.6
2.69-2.813.520.2724.98119243386316893.6
2.81-2.963.540.2075.98124893525330593.8
2.96-3.153.550.1776.89127143583333993.2
3.15-3.393.520.1388.34121403447323994
3.39-3.733.510.1089.95122463486328094.1
3.73-4.263.450.09211.13120093481327494.1
4.26-5.343.380.08311.74120083550332993.8
5.34-173.190.06811.05122063826334687.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.6.4_486精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.502→16.981 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.33 / SU ML: 0.31 / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 22.56 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2212 1533 4.84 %RANDOM
Rwork0.1822 ---
obs0.1841 31673 90.93 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 30.008 Å2 / ksol: 0.356 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 118.94 Å2 / Biso mean: 22.2128 Å2 / Biso min: 3.52 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.4419 Å20 Å20 Å2
2--3.8727 Å2-0 Å2
3---0.5691 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.502→16.981 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7835 711 122 568 9236
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0028959
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.64212255
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0441292
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0021456
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.2523388
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A48X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.008
12B48X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.008
13Y51X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.008
21A64X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.009
22B64X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.009
23Y64X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.007
31A117X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.007
32B117X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.007
33Y117X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.006
41A39X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.007
42B39X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.007
43Y39X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.006
51A203X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.008
52B203X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.008
53Y203X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.007
61A30X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.006
62B30X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.006
63Y30X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.009
71A23X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.009
72B23X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.009
73Y23X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.006
81A185X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.008
82B185X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.008
83Y183X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.006
91A60X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.006
92B60X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.006
93Y60X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.006
101A63X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.008
102B63X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.008
103Y63X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.007
111A9X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.007
112B9X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.007
113Y9X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.017
121A285X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.007
122B285X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.007
123Y285X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.007
131A28X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.006
132B28X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.006
133Y28X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.007
141A102X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.009
142B102X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.009
143Y102X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.007
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5024-2.58290.29671190.24511988210768
2.5829-2.67480.32831380.23762743288193
2.6748-2.78150.2841080.22642808291693
2.7815-2.90750.27221430.1972793293694
2.9075-3.05990.21681270.1972780290793
3.0599-3.25040.241490.1882805295493
3.2504-3.49930.2181590.18052795295494
3.4993-3.84780.19091590.15652852301195
3.8478-4.39610.15751540.14422830298494
4.3961-5.50710.1721510.14962854300594
5.5071-16.98170.28081260.2012892301890

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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