PDB-3uau: Crystal structure of the lipoprotein JlpA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3uau

タイトル

Crystal structure of the lipoprotein JlpA

要素

Surface-exposed lipoprotein

キーワード

CELL ADHESION / adhesin / bacterial cell surface

機能・相同性

Adhesin JlpA, Campylobacter / Adhesin from Campylobacter / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / cell adhesion / Surface-exposed lipoprotein / Surface-exposed lipoprotein

機能・相同性情報

生物種

Campylobacter jejuni subsp. jejuni (カンピロバクター)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Kawai, F. / Yeo, H.J.

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2012
タイトル: Crystal structure of JlpA, a surface-exposed lipoprotein adhesin of Campylobacter jejuni.
著者: Kawai, F. / Paek, S. / Choi, K.J. / Prouty, M. / Kanipes, M.I. / Guerry, P. / Yeo, H.J.

履歴

登録	2011年10月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年7月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3uau.cif.gz	287.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3uau.ent.gz	238.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3uau.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3uau_validation.pdf.gz	444 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3uau_full_validation.pdf.gz	470.2 KB	表示
XML形式データ	3uau_validation.xml.gz	30.4 KB	表示
CIF形式データ	3uau_validation.cif.gz	39.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ua/3uau ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ua/3uau	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3l0s-d 1vpb-d 5icq-d 5amn-1 1amo-1 5fa6-2 3fzk-d 1xhz-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Surface-exposed lipoprotein

B: Surface-exposed lipoprotein

86.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Surface-exposed lipoprotein

登録者が定義した集合体
43.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Surface-exposed lipoprotein

登録者が定義した集合体
43.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	111.632, 111.632, 170.369
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Surface-exposed lipoprotein / JlpA 分子量: 43384.238 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 18-372 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Campylobacter jejuni subsp. jejuni (カンピロバクター) 株: 81-176 / 遺伝子: CJJ81176_1002, jlpA / プラスミド: pET19b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A1VZX2, UniProt: A0A0H3P9U7*PLUS
Has protein modification	Y

#1: タンパク質

Surface-exposed lipoprotein / JlpA

分子量: 43384.238 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 18-372 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Campylobacter jejuni subsp. jejuni (カンピロバクター)
株: 81-176 / 遺伝子: CJJ81176_1002, jlpA / プラスミド: pET19b / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A1VZX2, UniProt: A0A0H3P9U7*PLUS

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.78 %
結晶化	温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 32-36% MPD, 20-30 mM calcium chloride, 0.1 M sodium acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97943 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月16日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97943 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→20 Å / Num. obs: 27364 / % possible obs: 90.5 % / 冗長度: 5.5 % / R_merge(I) obs: 0.066
反射シェル	解像度: 2.7→2.8 Å / R_merge(I) obs: 0.339 / % possible all: 76

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データ収集
SHARP		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
HKL-3000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.7→19.9 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.934 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.904 / SU B: 35.145 / SU ML: 0.318 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.784 / ESU R Free: 0.344 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27221	1371	5 %	RANDOM
R_work	0.24161	-	-	-
obs	0.24315	27356	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 80.289 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.68 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-4.68 Å²	-0 Å²
3-	-	-	9.35 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→19.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5510	0	0	0	5510

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.022	5585
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3708
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.669	1.96	7523
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.93	3	9193
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.292	5	681
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.276	27.526	291
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.421	15	1083
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.402	15	2
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	857
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	6171
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	995
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.658	1.5	3413
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.113	1.5	1376
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.233	2	5526
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.764	3	2172
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.897	4.5	1997
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.7→2.768 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.312	76	-
R_work	0.378	1519	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	9.945	3.6418	6.8614	6.2835	3.1136	10.7705	0.5535	-0.3582	-0.6899	1.1455	-0.1385	-0.1288	0.7142	-0.3218	-0.415	0.6327	0.0471	0.0064	0.5862	-0.0077	0.0544	-15.1894	26.2831	31.5572
2	3.1838	1.4587	1.1066	7.3406	0.7933	3.6069	-0.297	0.3333	-0.0828	0.02	0.2184	-0.5867	-0.1509	0.2729	0.0786	0.1821	0.0375	0.0432	0.345	-0.0317	0.1772	-5.9007	28.7459	20.3871
3	5.9532	1.841	1.6164	7.9651	2.8829	2.0644	-0.5818	1.1545	-0.1065	-0.1741	0.3936	-1.2124	-0.0977	0.6457	0.1881	0.3628	-0.183	0.1425	0.4985	0.1935	0.6328	13.5424	37.907	12.1712
4	9.1445	3.7191	-4.5803	3.6363	-2.4364	9.7921	0.4219	-0.58	1.1148	0.7093	0.0449	0.6008	-0.5928	0.3015	-0.4667	0.6109	0.0333	0.002	0.6262	-0.0715	0.1689	-37.5237	42.1495	28.1292
5	3.0516	0.4589	-0.8835	4.7646	0.3093	3.5463	-0.1621	-0.0515	0.167	0.3368	0.0484	0.4685	-0.0178	0.0267	0.1137	0.3916	0.0759	0.0379	0.5165	0.0366	0.068	-48.8863	37.5405	21.823
6	3.9282	1.3926	-0.9676	8.7674	-3.4603	3.7253	-0.271	0.552	-0.3425	0.4072	0.4829	1.9749	0.0481	-0.8128	-0.2118	0.1956	-0.0251	0.1591	0.3547	-0.0623	0.6876	-69.0938	26.8574	11.0776

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	17 - 107
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	108 - 236
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	237 - 367
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	17 - 70
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	71 - 237
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	247 - 366

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