PDB-3uam: Crystal structure of a chitin binding domain from Burkholderia ps...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3uam

タイトル

Crystal structure of a chitin binding domain from Burkholderia pseudomallei

要素

Chitin binding domain

キーワード

PROTEIN BINDING / SSGCID / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

chitin-binding protein cbp21 / : / Cellulose/chitin-binding protein, N-terminal / Lytic polysaccharide mono-oxygenase, cellulose-degrading / Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1 / Distorted Sandwich / Immunoglobulin E-set / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)

手法

X線回折 /

分子置換,

分子置換 /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of a chitin binding domain from Burkholderia pseudomallei
著者: Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) / Fox III, D. / Gardberg, A. / Armour, B. / Staker, B. / Stewart, L.

履歴

登録	2011年10月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年11月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3uam.cif.gz	479.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3uam.ent.gz	393.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3uam.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3uam_validation.pdf.gz	474.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3uam_full_validation.pdf.gz	478 KB	表示
XML形式データ	3uam_validation.xml.gz	61.1 KB	表示
CIF形式データ	3uam_validation.cif.gz	82.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ua/3uam ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ua/3uam	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2bemS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4i31-1 4i33-1 4nwl-1 2pd1-2 1mxe-2 3hbh-d 4u01-7 6k0o-d 3cm3-d 4u01-5 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: BupsA.17478.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Chitin binding domain

B: Chitin binding domain

C: Chitin binding domain

D: Chitin binding domain

E: Chitin binding domain

F: Chitin binding domain

ヘテロ分子

146 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Chitin binding domain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Chitin binding domain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Chitin binding domain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24.3 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Chitin binding domain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24.3 kDa, 1 ポリマー
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5

E: Chitin binding domain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24.3 kDa, 1 ポリマー
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6

F: Chitin binding domain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.920, 74.780, 74.770
Angle α, β, γ (deg.)	120.04, 98.04, 102.98
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Chitin binding domain 分子量: 24191.709 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌) 株: 1710b / 遺伝子: BURPS1710b_0114 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q3JY22
#2: 化合物	ChemComp-NO3 / NITRATE ION 分子量: 62.005 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO₃
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 939 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.07 %
結晶化	温度: 290 K / pH: 6.77 詳細: Internal tracking number 225965. PACT optimization screen F5 well F8. 0.1M Bis Tris propane pH 6.77, 200mM sodium nitrate, 20.54% w/v PEG3500, 20% Ethylene Glycol Cryo. BupsA.17478.a.A1 ...詳細: Internal tracking number 225965. PACT optimization screen F5 well F8. 0.1M Bis Tris propane pH 6.77, 200mM sodium nitrate, 20.54% w/v PEG3500, 20% Ethylene Glycol Cryo. BupsA.17478.a.A1 PW31202 21mg/ml, vapor diffusion, sitting drop, temperature 290K

結晶

マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.07 %

結晶化

温度: 290 K / pH: 6.77
詳細: Internal tracking number 225965. PACT optimization screen F5 well F8. 0.1M Bis Tris propane pH 6.77, 200mM sodium nitrate, 20.54% w/v PEG3500, 20% Ethylene Glycol Cryo. BupsA.17478.a.A1 ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→45.013 Å / Num. obs: 82444 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 19.42 Å² / R_merge(I) obs: 0.118 / Net I/σ(I): 14.42
反射シェル	解像度: 2→2.05 Å / R_merge(I) obs: 0.437 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / % possible all: 93.5

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	5 Å	23.42 Å
Translation	5 Å	23.42 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	5.6.0117	精密化
PDB_EXTRACT	3.004	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換,

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2BEM

2bem

解像度: 2→45.013 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.918 / SU B: 6.773 / SU ML: 0.101 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.188 / ESU R Free: 0.158 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.211	4105	5 %	RANDOM
R_work	0.173	-	-	-
obs	0.175	82443	98.65 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.5 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.3 Å²	0.09 Å²	0.13 Å²
2-	-	-0.34 Å²	-0.13 Å²
3-	-	-	-0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→45.013 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9403	0	38	939	10380

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.02	9810
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	6595
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.367	1.93	13428
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.852	3	15909
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.405	5	1197
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.816	23.406	505
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.124	15	1397
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.651	15	77
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	1374
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	11211
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2162
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.271	298	-
R_work	0.205	5489	-
obs	-	-	93.84 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8949	-0.1461	-0.1005	0.9172	-0.3185	1.1626	0.0235	0.0544	-0.0208	-0.0439	-0.0018	0.0064	-0.0405	0.045	-0.0217	0.0086	-0.0035	-0.0018	0.0228	-0.0141	0.0132	0.6614	-0.7346	1.8296
2	1.0514	-0.0987	0.0817	1.01	-0.0592	0.9009	-0.0114	0.0906	-0.1084	-0.0052	0.0158	0	-0.0288	0.0346	-0.0044	0.0049	-0.01	0.0063	0.0446	-0.0203	0.0183	26.831	-2.1893	27.8881
3	0.4666	-0.0025	-0.3512	1.3439	0.3678	1.3755	0.0223	0.0101	0.0681	-0.0415	0.0083	0.1245	0.0389	-0.0301	-0.0306	0.0107	0.005	-0.0076	0.0291	0.0138	0.0565	4.1914	-35.8008	17.0162
4	0.6972	0.0924	-0.0714	0.9108	-0.3055	1.243	-0.017	0.0055	0.1034	-0.0835	-0.0124	0.0716	-0.0499	-0.0462	0.0294	0.0271	0.0046	-0.0167	0.0138	-0.0141	0.0403	39.0878	-3.3243	-8.6135
5	0.7288	-0.3637	-0.4626	1.6164	0.6773	1.3038	0.0108	-0.0648	-0.0456	0.2179	-0.0676	-0.0453	0.0619	0.033	0.0569	0.0361	-0.0185	-0.0093	0.0227	0.0201	0.0413	25.7988	29.7252	6.0891
6	1.2513	-1.066	-0.2595	2.4867	0.7354	0.6696	-0.1667	-0.2639	-0.0376	0.2914	0.2043	-0.088	0.1317	0.0703	-0.0376	0.0789	0.03	-0.004	0.0821	0.0107	0.0107	13.898	-29.6115	-19.6661

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	17 - 214
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	17 - 214
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	23 - 214
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	16 - 214
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	23 - 214
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	16 - 214

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