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- PDB-3uaf: Crystal Structure of a TTR-52 mutant of C. elegans -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3uaf
タイトルCrystal Structure of a TTR-52 mutant of C. elegans
要素TTR-52
キーワードPROTEIN BINDING / beta barrel/sandwich / cell engulfment / secreted
機能・相同性
機能・相同性情報


recognition of apoptotic cell / aminophospholipid transport / scavenger receptor binding / apoptotic process involved in development / phosphatidylserine binding / extracellular vesicle / protein-macromolecule adaptor activity / cell surface / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #3330 / Transthyretin-like / Transthyretin-like family / Transthyretin-like superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Transthyretin-like protein 52
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法X線回折 / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.01 Å
データ登録者Kang, Y.Y. / Zhao, D.F. / Liang, H.H. / Liu, B. / Liu, Q.W. / Wang, X.C. / Liu, Y.F.
引用ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2012
タイトル: Structural study of TTR-52 reveals the mechanism by which a bridging molecule mediates apoptotic cell engulfment
著者: Kang, Y.Y. / Zhao, D.F. / Liang, H.H. / Liu, B. / Zhang, Y. / Liu, Q.W. / Wang, X.C. / Liu, Y.F.
履歴
登録2011年10月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年10月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TTR-52


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,0431
ポリマ－13,0431
非ポリマー00
水2,126118
1
A: TTR-52

A: TTR-52


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,0852
ポリマ－26,0852
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area1400 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area12400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.321, 33.368, 49.265
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.83, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-216-

HOH

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要素

#1: タンパク質 TTR-52


分子量: 13042.625 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 21-135 / 変異: E50A,D51A,S52A,L53A,P54A,L55A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G5ED35
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.23 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 4.5
詳細: 0.2M ammonium sulfate, 0.1M soldium acetate, 35% PEGME2000, pH 4.5, EVAPORATION, temperature 289K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来タイプID波長 (Å)
回転陽極RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT11.5418
回転陽極RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT21.5418
検出器
タイプID検出器日付
RIGAKU RAXIS IV++1IMAGE PLATE2007年8月8日
RIGAKU RAXIS IV++2IMAGE PLATE2007年9月10日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SI200SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SI200SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.01→50 Å / Num. obs: 7360 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Biso Wilson estimate: 19.23 Å2
反射 シェル
解像度 (Å)Diffraction-ID% possible all
2.01-2.081,297.4
2.08-2.171,298
2.17-2.261,298.5
2.26-2.381,298.5
2.38-2.531,299.2
2.53-2.731,299.1
2.73-31,299.5
3-3.441,2100
3.44-4.331,2100
4.33-501,299.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SHARP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.01→33.655 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8704 / SU ML: 0.22 / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.11 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2214 713 9.69 %RANDOM
Rwork0.1728 6647 --
obs0.1776 7360 98.7 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 49.481 Å2 / ksol: 0.38 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 69.79 Å2 / Biso mean: 21.2378 Å2 / Biso min: 8.23 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.9106 Å20 Å2-2.2315 Å2
2---0.842 Å2-0 Å2
3---1.7526 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.01→33.655 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数915 0 0 118 1033
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007942
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1051286
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078142
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005170
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.065339
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.0101-2.16530.251430.18141294143797
2.1653-2.38310.22441190.16461317143698
2.3831-2.72790.23651310.17631339147099
2.7279-3.43630.24511540.178813271481100
3.4363-33.65970.19341660.167913701536100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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