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- PDB-3u8v: Three dimensional structure of the Small Metal Binding Protein, SMBP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3u8v
タイトルThree dimensional structure of the Small Metal Binding Protein, SMBP
要素Metal-binding protein smbP
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / four helical bundle / metal chaperone
機能・相同性
機能・相同性情報


periplasmic space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Metal-binding protein SmbP / Small metal-binding protein / IL-4 antagonist (De novo design) like domain / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / Metal-binding protein SmbP
類似検索 - 構成要素
生物種Nitrosomonas europaea (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Allen, J.P. / Francisco, W.A.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Three dimensional structure of the Small Metal Binding Protein, SMBP
著者: Allen, J.P. / Francisco, W.A.
履歴
登録2011年10月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2011年11月9日ID: 3DFB
改定 1.02011年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Metal-binding protein smbP
B: Metal-binding protein smbP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,8403
ポリマ－19,7812
非ポリマー591
水1,74797
1
A: Metal-binding protein smbP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,9492
ポリマ－9,8911
非ポリマー591
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Metal-binding protein smbP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,8911
ポリマ－9,8911
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area810 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area7980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.660, 56.207, 83.923
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Metal-binding protein smbP


分子量: 9890.737 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nitrosomonas europaea (バクテリア) / 参照: UniProt: Q82S91
#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.14 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: The reservoir contained 20% w/v polyethylene glycol 20000, 0.1 M calcium chloride, 0.1M N-[Tris(hydroxymethyl)methyl]-3-aminopropanesulfonic acid, TAPS and 1 mM sodium azide. For ...詳細: The reservoir contained 20% w/v polyethylene glycol 20000, 0.1 M calcium chloride, 0.1M N-[Tris(hydroxymethyl)methyl]-3-aminopropanesulfonic acid, TAPS and 1 mM sodium azide. For crystallization, 1 UL of the protein was mixed with an equal volume of the reservoir. The total volume of the reservoir was 0.5 ml., pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 1.0, 1.48525, 1.48634, 1.40127
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月1日
放射モノクロメーター: graphite crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
21.485251
31.486341
41.401271
反射解像度: 1.9→25 Å / Num. obs: 13646 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.3 % / Rsym value: 0.047 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 4.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Rsym value: 0.28 / % possible all: 97.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SOLVE位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.9→46.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 5.741 / SU ML: 0.089 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / ESU R Free: 0.129 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20533 684 5 %RANDOM
Rwork0.17034 ---
obs0.17206 12927 98.19 %-
all-13646 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.085 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.49 Å20 Å20 Å2
2---0.38 Å20 Å2
3---1.87 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→46.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1244 0 1 97 1342
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.021282
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6381.8831721
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.9485162
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.11425.07765
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.40515218
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.711152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.110.2188
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02966
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2240.2709
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2940.2851
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1720.2110
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.050.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1980.239
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2040.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2261.5826
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.77421271
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.6033478
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.8814.5450
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.272 59 -
Rwork0.193 918 -
obs--98.49 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.8573-0.4139-0.88831.67080.72134.5633-0.02890.1417-0.1890.138-0.0323-0.00980.07780.27410.0612-0.1355-0.0067-0.0108-0.13690.0112-0.0701-0.7389-12.226910.0138
24.1253-1.76130.26115.8558-0.97733.90780.18760.40.1089-0.3167-0.27480.2815-0.09290.07590.0872-0.04230.0251-0.0201-0.1029-0.0613-0.088-15.11094.521412.5569
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 88
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 88

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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