PDB-3u84: Crystal Structure of Human Menin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3u84

タイトル

Crystal Structure of Human Menin

要素

Menin

キーワード

TRANSCRIPTION / menin / MEN1 / MLL / JunD / LEDGF / TPR / transglutaminase-like / epigenetics / cancer

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / Y-form DNA binding / MLL1/2 complex / osteoblast development / T-helper 2 cell differentiation / negative regulation of JNK cascade / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / negative regulation of protein phosphorylation / histone methyltransferase complex ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Huang, J. / Wan, B. / Lei, M.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2012
タイトル: The same pocket in menin binds both MLL and JUND but has opposite effects on transcription.
著者: Huang, J. / Gurung, B. / Wan, B. / Matkar, S. / Veniaminova, N.A. / Wan, K. / Merchant, J.L. / Hua, X. / Lei, M.

履歴

登録	2011年10月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年2月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年3月7日	Group: Database references
改定 1.2	2017年6月21日	Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_entry_details ...entity_src_gen / pdbx_entry_details / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif Item: _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_isoform ..._struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_isoform / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end
改定 1.3	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.4	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3u84.cif.gz	200.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3u84.ent.gz	160.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3u84.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u8/3u84 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u8/3u84	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3u85C 3u86C 3u88C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1u0b-d 4fq4-d 4foq-d 3hvd-6 6kd7-2 3ze3-d 4xyx-d 2wg3-1 4yw1-2 4xmi-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (2) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1) #112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (2)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)
#44 - 2003年8月
カルモジュリン (Calmodulin)
類似性 (1)
#196 - 2016年4月
鉛の毒 (Lead Poisoning)
類似性 (1)
#28 - 2002年4月
炭疽毒素 (Anthrax Toxin)
類似性 (1)
#112 - 2009年4月
Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Menin

B: Menin

122 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Menin

登録者が定義した集合体
61.1 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Menin

登録者が定義した集合体
61.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

A: Menin

B: Menin

ソフトウェアが定義した集合体
122 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	139.891, 139.891, 54.146
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	76
Space group name H-M	P4₁

#1: タンパク質	Menin 分子量: 61061.234 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MEN1, SCG2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O00255
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.3 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 1.4 M sodium acetate, pH 6.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.07819 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月8日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.07819 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.5→100 Å / Num. obs: 36832 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 0.096 / Χ²: 1.397 / Net I/σ(I): 12

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.5-2.59	5.5	0.465	3679	1.016	1	100
2.59-2.69	6.6	0.415	3644	1.041	1	100
2.69-2.82	7	0.313	3621	1.088	1	100
2.82-2.96	7.1	0.231	3642	1.16	1	100
2.96-3.15	7.2	0.173	3669	1.265	1	100
3.15-3.39	7.4	0.13	3685	1.449	1	100
3.39-3.73	7.5	0.092	3658	1.572	1	100
3.73-4.27	7.5	0.075	3680	1.735	1	100
4.27-5.39	7.4	0.071	3749	1.896	1	100
5.39-100	7.2	0.049	3805	1.525	1	99.7

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.7_650	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.5→40.941 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8302 / SU ML: 0.32 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.87 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2355	3663	9.99 %
R_work	0.1975	-	-
obs	0.2012	36667	99.92 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 48.25 Å² / k_sol: 0.403 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 140.01 Å² / B_iso mean: 49.4121 Å² / B_iso min: 2.52 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.1376 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	2.1376 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.2752 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→40.941 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7703	0	0	50	7753

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	7877
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.717	10691
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	1199
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1372
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.998	2868

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 26

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.5-2.5329	0.3199	136	0.2627	1237	1373	100
2.5329-2.5676	0.3083	142	0.2544	1255	1397	100
2.5676-2.6043	0.3446	130	0.2603	1271	1401	100
2.6043-2.6431	0.3297	147	0.2711	1234	1381	100
2.6431-2.6844	0.2985	153	0.2616	1263	1416	100
2.6844-2.7284	0.3128	134	0.2696	1255	1389	100
2.7284-2.7755	0.3071	146	0.2507	1248	1394	100
2.7755-2.8259	0.2885	164	0.2579	1239	1403	100
2.8259-2.8803	0.3299	156	0.2508	1236	1392	100
2.8803-2.939	0.3414	121	0.2473	1295	1416	100
2.939-3.0029	0.2786	139	0.2367	1283	1422	100
3.0029-3.0728	0.286	159	0.2316	1208	1367	100
3.0728-3.1496	0.2658	126	0.2218	1282	1408	100
3.1496-3.2347	0.2546	111	0.2094	1301	1412	100
3.2347-3.3299	0.2724	173	0.2158	1248	1421	100
3.3299-3.4373	0.2487	142	0.2029	1241	1383	100
3.4373-3.5601	0.2384	153	0.1963	1272	1425	100
3.5601-3.7025	0.2421	136	0.1877	1267	1403	100
3.7025-3.8709	0.1981	143	0.1686	1297	1440	100
3.8709-4.0748	0.1715	134	0.1617	1251	1385	100
4.0748-4.3298	0.1782	138	0.1485	1277	1415	100
4.3298-4.6637	0.1546	125	0.1448	1321	1446	100
4.6637-5.1323	0.185	131	0.1566	1284	1415	100
5.1323-5.873	0.2023	140	0.1933	1296	1436	100
5.873-7.3923	0.2477	132	0.1936	1313	1445	100
7.3923-40.9469	0.185	152	0.1806	1330	1482	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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