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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3u84 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Human Menin | ||||||
要素 | Menin | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION / menin / MEN1 / MLL / JunD / LEDGF / TPR / transglutaminase-like / epigenetics / cancer | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Y-form DNA binding / : / negative regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / negative regulation of JNK cascade / T-helper 2 cell differentiation / MLL1/2 complex / osteoblast development / histone methyltransferase complex / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway ...Y-form DNA binding / : / negative regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / negative regulation of JNK cascade / T-helper 2 cell differentiation / MLL1/2 complex / osteoblast development / histone methyltransferase complex / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / cleavage furrow / R-SMAD binding / MLL1 complex / negative regulation of cell cycle / negative regulation of osteoblast differentiation / RHO GTPases activate IQGAPs / response to UV / four-way junction DNA binding / transcription repressor complex / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / negative regulation of protein phosphorylation / response to gamma radiation / Post-translational protein phosphorylation / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / phosphoprotein binding / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / nuclear matrix / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / MAPK cascade / protein-macromolecule adaptor activity / double-stranded DNA binding / chromosome, telomeric region / transcription cis-regulatory region binding / negative regulation of cell population proliferation / endoplasmic reticulum lumen / DNA repair / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA damage response / chromatin binding / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Huang, J. / Wan, B. / Lei, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2012 タイトル: The same pocket in menin binds both MLL and JUND but has opposite effects on transcription. 著者: Huang, J. / Gurung, B. / Wan, B. / Matkar, S. / Veniaminova, N.A. / Wan, K. / Merchant, J.L. / Hua, X. / Lei, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3u84.cif.gz | 200.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3u84.ent.gz | 160.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3u84.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3u84_validation.pdf.gz | 444.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3u84_full_validation.pdf.gz | 469.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3u84_validation.xml.gz | 36 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3u84_validation.cif.gz | 48.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u8/3u84 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u8/3u84 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 61061.234 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MEN1, SCG2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O00255 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.3 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 1.4 M sodium acetate, pH 6.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.07819 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月8日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.07819 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.5→100 Å / Num. obs: 36832 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Χ2: 1.397 / Net I/σ(I): 12 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→40.941 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8302 / SU ML: 0.32 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.87 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 48.25 Å2 / ksol: 0.403 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 140.01 Å2 / Biso mean: 49.4121 Å2 / Biso min: 2.52 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→40.941 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 26
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