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- PDB-3u7z: Crystal structure of a putative metal binding protein RUMGNA_0085... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3u7z
タイトルCrystal structure of a putative metal binding protein RUMGNA_00854 (ZP_02040092.1) from Ruminococcus gnavus ATCC 29149 at 1.30 A resolution
要素putative metal binding protein RUMGNA_00854
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / THE BINDING PROTEIN / TRANSPORT PROTEIN / STRUCTURAL GENOMICS / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI-BIOLOGY
機能・相同性Ferric Hydroxamate Uptake Protein; Chain A, domain 1 - #30 / Domain of unknown function DUF4430 / Domain of unknown function (DUF4430) / Ferric Hydroxamate Uptake Protein; Chain A, domain 1 / Beta Complex / Mainly Beta / metal ion binding / Transcobalamin-like C-terminal domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Ruminococcus gnavus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a putative metal binding protein RUMGNA_00854 (ZP_02040092.1) from Ruminococcus gnavus ATCC 29149 at 1.30 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2011年10月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年11月16日Group: Structure summary
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.32018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.42023年2月1日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年9月20日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: putative metal binding protein RUMGNA_00854
B: putative metal binding protein RUMGNA_00854
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,12722
ポリマ－22,1492
非ポリマー97720
水3,009167
1
A: putative metal binding protein RUMGNA_00854
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,50110
ポリマ－11,0751
非ポリマー4279
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: putative metal binding protein RUMGNA_00854
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,62612
ポリマ－11,0751
非ポリマー55111
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)29.685, 30.474, 47.156
Angle α, β, γ (deg.)73.130, 83.790, 89.300
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 putative metal binding protein RUMGNA_00854


分子量: 11074.715 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ruminococcus gnavus (バクテリア)
株: ATCC 29149 / 遺伝子: RUMGNA_00854 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: A7AZY1
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 167 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE CONSTRUCT (RESIDUES 32-131) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG ...THE CONSTRUCT (RESIDUES 32-131) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.85 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.9
詳細: 34.0% polyethylene glycol 400, 0.20M calcium acetate, 0.1M HEPES pH 7.9, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月23日 / 詳細: double crystal monochromator
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→29.504 Å / Num. all: 36776 / Num. obs: 36776 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 2.5 % / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 2.5 %

解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.3-1.330.5891.2675426540.58992.2
1.33-1.370.4961.4655525810.49692.4
1.37-1.410.4211.7646125400.42193.1
1.41-1.450.3392.1619324400.33993.4
1.45-1.50.2742.6611224100.27493.9
1.5-1.550.2083.5596623520.20894.5
1.55-1.610.1684.2565622200.16894.7
1.61-1.680.1425553421850.14295
1.68-1.750.116.3537421160.1195.7
1.75-1.840.0868508520120.08695.7
1.84-1.940.0729484819090.07296.2
1.94-2.060.0610.4462018240.0696.5
2.06-2.20.05610.9435817210.05697
2.2-2.370.05710.3408716130.05797.3
2.37-2.60.05511.3373914840.05597.6
2.6-2.910.05410.9340013480.05498.1
2.91-3.360.0511.3305112060.0598.4
3.36-4.110.0451224819940.04598
4.11-5.810.0451219147680.04597.1
5.81-29.5040.04712.29833990.04791.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MolProbity3beta29モデル構築
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MOLREP位相決定
SCALA3.3.15データスケーリング
REFMAC5.5.0110精密化
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2BB6

2bb6


解像度: 1.3→29.504 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 1.805 / SU ML: 0.034 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.058 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1. ETHYLENE GLYCOL, CALCIUM MODELED IS PRESENT IN CRYO/CRYSTALLIZATION CONDITIONS. 2. THERE IS SOME UNEXPLAINED,UNUSUAL DENSITY BETWEEN THE CYS100/SG AND LYS128/NZ. 3. HYDROGENS HAVE BEEN ...詳細: 1. ETHYLENE GLYCOL, CALCIUM MODELED IS PRESENT IN CRYO/CRYSTALLIZATION CONDITIONS. 2. THERE IS SOME UNEXPLAINED,UNUSUAL DENSITY BETWEEN THE CYS100/SG AND LYS128/NZ. 3. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1887 1824 5 %RANDOM
Rwork0.1379 ---
obs0.1404 36769 95.03 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 50.64 Å2 / Biso mean: 16.8017 Å2 / Biso min: 6.53 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20.13 Å2-0.09 Å2
2--0.06 Å2-0.14 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→29.504 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1504 0 44 167 1715
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0221655
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021060
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7141.952258
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.05332634
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9365220
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.66427.63493
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.33915275
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1060.2250
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021912
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02296
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.7313997
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.6733417
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.90251629
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.8075658
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.8778615
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.17732715
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free9.4343186
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded4.22532681
LS精密化 シェル解像度: 1.3→1.334 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.333 124 -
Rwork0.231 2526 -
all-2650 -
obs--92.14 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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