PDB-3u7s: HIV PR drug resistant patient's variant in complex with darunavir

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3u7s

タイトル

HIV PR drug resistant patient's variant in complex with darunavir

要素

Pol polyprotein

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / darunvir / resistance / mutation score / HIV protease / TMC-114 / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency ...
類似検索 - 分子機能

Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

フーリエ合成 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Saskova, K.G. / Rezacova, P. / Konvalinka, J. / Brynda, J. / Kozisek, M.

引用

ジャーナル: J.Virol. / 年: 2009
タイトル: Molecular characterization of clinical isolates of human immunodeficiency virus resistant to the protease inhibitor darunavir.
著者: Saskova, K.G. / Kozisek, M. / Rezacova, P. / Brynda, J. / Yashina, T. / Kagan, R.M. / Konvalinka, J.

履歴

登録	2011年10月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2012年1月18日	ID: 3GGT
改定 1.0	2012年1月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年3月14日	Group: Advisory / Database references カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif Item: _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3u7s.cif.gz	98.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3u7s.ent.gz	77.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3u7s.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3u7s_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3u7s_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	3u7s_validation.xml.gz	13.6 KB	表示
CIF形式データ	3u7s_validation.cif.gz	18.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u7/3u7s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u7/3u7s	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3gguC 1ggu C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1d4h-d 1g2k-d 5tys-d 3ggv-3 1eby-d 3ggu-d 2zye-d 4tvh-d 2hs2-d 2bpz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#226 - 2018年10月アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #252 - 2020年12月 C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase) 類似性 (1) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#226 - 2018年10月
アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance)
類似性 (1)
#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#252 - 2020年12月
C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase)
類似性 (1)
#9 - 2000年9月
リゾチーム (Lysozyme)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Pol polyprotein

B: Pol polyprotein

ヘテロ分子

22.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.540, 62.540, 82.640
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

#1: タンパク質	Pol polyprotein / HIV protease 分子量: 10839.683 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 9-107 変異: T12V, I13V, I15V, K20M, V32I, L33F, K43T, I54L, K55N, I62V, L63P, A71V, I72V, G73S, V77I, V82L, I84V, L89V, L90M 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: refolding from inclusion bodies 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 遺伝子: pol / プラスミド: pET24a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) RIL 参照: UniProt: Q993Q5, UniProt: P35963*PLUS, HIV-1 retropepsin
#2: 化合物	ChemComp-017 / (3R,3AS,6AR)-HEXAHYDROFURO[2,3-B]FURAN-3-YL(1S,2R)-3-[[(4-AMINOPHENYL)SULFONYL](ISOBUTYL)AMINO]-1-BENZYL-2-HYDROXYPROPYLCARBAMATE / Darunavir / TMC114 / UIC-94017 / ダルナビル分子量: 547.664 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₇N₃O₇S / コメント: 薬剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 173 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.84 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: protein at 5mg/ml, inhibitor:protein = 5:1, reservoir: 0.6M NaCl, 0.1M MES, drops: 2+1ul, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 120 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年11月12日
放射	モノクロメーター: Ni filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→45.3 Å / Num. all: 11987 / Num. obs: 11575 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.8 % / R_merge(I) obs: 0.067
反射シェル	解像度: 2.05→2.16 Å / 冗長度: 5.6 % / R_merge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345dtb		データ収集
REFMAC	5.2.0019	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
REFMAC	5.2.0019	位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 2.05→45.3 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.882 / SU B: 10.913 / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.281 / ESU R Free: 0.228 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26772	553	4.8 %	RANDOM
R_work	0.19022	-	-	-
obs	0.19391	10994	99.92 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.841 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→45.3 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1518	0	82	173	1773

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	1707
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.787	2.027	2338
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	11.756	5	215
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	42.789	24.921	63
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.443	15	275
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.438	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.115	0.2	275
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1267
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.227	0.2	850
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.31	0.2	1142
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.187	0.2	159
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.223	0.2	54
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.174	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.942	1.5	1062
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.187	2	1693
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.842	3	728
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.587	4.5	642
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.31	37	-
R_work	0.22	813	-
obs	-	-	99.65 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2429	0.5545	-1.8282	0.7488	-1.2822	8.0029	0.2068	-0.0052	0.2568	0.1274	0.0644	0.2402	-0.6528	-0.4232	-0.2712	-0.0196	0.0163	0.0249	-0.0356	0.0148	-0.0564	-19.01	27.379	25.855
2	6.0431	1.3593	0.3159	1.3493	1.0758	2.6167	0.0492	0.0326	-0.0692	-0.0971	-0.1033	0.1539	0.033	-0.0868	0.054	-0.0746	0.0001	-0.0102	-0.054	0.0059	-0.1112	-20.485	16.875	18.294
3	5.3988	-1.9917	1.7798	3.7893	-0.3104	6.235	0.3186	0.7302	-0.816	-0.2771	-0.0185	0.1392	0.7511	0.135	-0.3001	0.047	-0.009	-0.038	0.0842	-0.1667	0.0763	-11.794	9.801	13.176
4	1.4451	0.9178	-1.3632	0.9116	-1.424	8.2175	0.0739	0.0931	0.3575	0.0738	-0.0513	0.0543	-0.6645	-0.3648	-0.0226	-0.0173	0.0296	0.0096	-0.0284	0.0132	-0.0327	-14.226	30.186	28.386
5	4.7464	2.987	0.3198	3.6294	-0.2789	2.1524	-0.0685	-0.0415	0.1079	0.1231	0.0144	-0.0787	-0.0852	0.0852	0.0542	-0.0545	-0.0125	-0.0115	-0.0847	-0.0188	-0.1252	-4.342	26.164	35.973
6	1.5102	2.1637	3.9146	3.4159	5.4882	10.1935	-0.0803	0.3068	-0.1777	-0.5154	1.0062	-0.6286	-0.5796	1.6594	-0.9259	0.0032	0.0109	0.0263	0.0096	0.0466	0.0609	-2.239	15.145	40.757

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 9
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	86 - 99
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	10 - 32
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	63 - 85
5	X-RAY DIFFRACTION	3	A	33 - 62
6	X-RAY DIFFRACTION	4	B	1 - 9
7	X-RAY DIFFRACTION	4	B	86 - 99
8	X-RAY DIFFRACTION	5	B	10 - 32
9	X-RAY DIFFRACTION	5	B	63 - 85
10	X-RAY DIFFRACTION	6	B	33 - 62

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)