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Yorodumi- PDB-3u7i: The crystal structure of FMN-dependent NADH-azoreductase 1 (GBAA0... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3u7i | ||||||
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Title | The crystal structure of FMN-dependent NADH-azoreductase 1 (GBAA0966) from Bacillus anthracis str. Ames Ancestor | ||||||
Components | FMN-dependent NADH-azoreductase 1 | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / structural genomics / The Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID | ||||||
Function / homology | Function and homology information FMN-dependent NADH-azoreductase / Oxidoreductases; Acting on NADH or NADPH; With a quinone or similar compound as acceptor / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H as acceptor / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / FMN binding / electron transfer activity Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Bacillus anthracis (anthrax bacterium) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.75 Å | ||||||
Authors | Zhang, R. / Gu, M. / Tan, K. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: The crystal structure of FMN-dependent NADH-azoreductase 1 (GBAA0966) from Bacillus anthracis str. Ames Ancestor Authors: Zhang, R. / Gu, M. / Tan, K. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3u7i.cif.gz | 384 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3u7i.ent.gz | 318.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3u7i.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3u7i_validation.pdf.gz | 470 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3u7i_full_validation.pdf.gz | 477.5 KB | Display | |
Data in XML | 3u7i_validation.xml.gz | 47.6 KB | Display | |
Data in CIF | 3u7i_validation.cif.gz | 66.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u7/3u7i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u7/3u7i | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 25997.270 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bacillus anthracis (anthrax bacterium) / Strain: Ames Ancestor Gene: azoR1, Bacillus anthracis, BAS0908, BA_0966, GBAA_0966 Plasmid: pMCSG7 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): ML21(DE3)majic References: UniProt: Q81UB2, Oxidoreductases; Acting on other nitrogenous compounds as donors #2: Chemical | ChemComp-CL / #3: Chemical | ChemComp-GOL / #4: Chemical | ChemComp-PEG / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.56 Å3/Da / Density % sol: 51.86 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: 0.16M MgCl, 0.08M Tris, 24% PEG4000, 20% Glycerol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97917 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jun 7, 2010 / Details: Mirror |
Radiation | Monochromator: Si 111 crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97917 Å / Relative weight: 1 |
Reflection twin | Operator: -h,-k,l / Fraction: 0.223 |
Reflection | Resolution: 1.75→31 Å / Num. all: 105368 / Num. obs: 105368 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.114 / Net I/σ(I): 17 |
Reflection shell | Resolution: 1.75→1.78 Å / Redundancy: 4.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 99.3 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.75→30.916 Å / σ(F): 1.35 / Phase error: 23.56 / Stereochemistry target values: TWIN_LSQ_F
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.61 Å / VDW probe radii: 0.9 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 59.735 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.75→30.916 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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