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- PDB-3u75: Structure of E230A-fructofuranosidase from Schwanniomyces occiden... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3u75
タイトルStructure of E230A-fructofuranosidase from Schwanniomyces occidentalis complexed with fructosylnystose
要素Fructofuranosidase
キーワードHYDROLASE / Glycosidase GH32 / Beta-Propeller / Carbohydrate/Sugar Binding / Glycosylations
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-fructofuranosidase / sucrose alpha-glucosidase activity / sucrose catabolic process / fungal-type vacuole / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 32, active site / Glycosyl hydrolases family 32 active site. / Glycosyl hydrolase family 32, C-terminal / Glycosyl hydrolases family 32 C terminal / Exo-inulinase; domain 1 / Glycoside hydrolase, family 32 / Glycosyl hydrolase family 32, N-terminal / Glycosyl hydrolases family 32 N-terminal domain / Glycosyl hydrolases family 32 / Glycosyl hydrolase domain; family 43 ...Glycoside hydrolase, family 32, active site / Glycosyl hydrolases family 32 active site. / Glycosyl hydrolase family 32, C-terminal / Glycosyl hydrolases family 32 C terminal / Exo-inulinase; domain 1 / Glycoside hydrolase, family 32 / Glycosyl hydrolase family 32, N-terminal / Glycosyl hydrolases family 32 N-terminal domain / Glycosyl hydrolases family 32 / Glycosyl hydrolase domain; family 43 / 5 Propeller / Tachylectin-2; Chain A / Glycosyl hydrolase, five-bladed beta-propellor domain superfamily / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Fructofuranosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Schwanniomyces occidentalis (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.68 Å
データ登録者Sainz-Polo, M.A. / Sanz-Aparicio, J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Structural and kinetic insights reveal that the amino acid pair GLN228/ASN254 modulates the transfructosylating specificity of Schwanniomyces occidentalis beta-fructofuranosidase, an ...タイトル: Structural and kinetic insights reveal that the amino acid pair GLN228/ASN254 modulates the transfructosylating specificity of Schwanniomyces occidentalis beta-fructofuranosidase, an enzyme that produces prebiotics.
著者: Sainz-Polo, M.A. / Gonzalez-Perez, D. / Gonzalez, B. / Plou, F.J. / Fernandez-Lobato, M. / Sanz-Aparicio, J.
履歴
登録2011年10月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年4月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年5月2日Group: Database references
改定 1.22013年7月10日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 2.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fructofuranosidase
B: Fructofuranosidase
C: Fructofuranosidase
D: Fructofuranosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)249,16315
ポリマ－244,2994
非ポリマー4,86311
水5,026279
1
A: Fructofuranosidase
B: Fructofuranosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,4717
ポリマ－122,1502
非ポリマー2,3215
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Fructofuranosidase
D: Fructofuranosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,6928
ポリマ－122,1502
非ポリマー2,5426
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)65.207, 92.663, 117.753
Angle α, β, γ (deg.)89.91, 82.96, 85.82
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 27 - 535 / Label seq-ID: 27 - 535

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質
Fructofuranosidase


分子量: 61074.867 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Schwanniomyces occidentalis (菌類) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E5D0X5*PLUS, beta-fructofuranosidase
#2: 多糖
alpha-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D-fructofuranose-(2-1)-beta-D-fructofuranose-(2-1)-beta-D- ...alpha-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D-fructofuranose-(2-1)-beta-D-fructofuranose-(2-1)-beta-D-fructofuranose-(2-1)-beta-D-fructofuranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 828.719 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpa1-2DFrufb2-1DFrufb2-1DFrufb2-1DFrufbGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,5,4/[a2122h-1a_1-5][ha122h-2b_2-5]/1-2-2-2-2/a1-b2_b1-c2_c1-d2_d1-e2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Fruf]{[(2+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 279 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細FRUCTOSYLNYSTOSE IS COMPOSED OF FRU 1000-1003 AND GLC 1004
配列の詳細THE SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR THIS PROTEIN, UNIPROT P24133 HAS BEEN SUPERSEEDED BY CQ890277 ...THE SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR THIS PROTEIN, UNIPROT P24133 HAS BEEN SUPERSEEDED BY CQ890277 ON THE GENBANK, WHICH CONTAINS THE UPDATED SEQUENCE. IN ADDITION, THIS ENTRY CONTAINS THE MUTATION E230A

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.33 %
結晶化温度: 293 K / 手法: liquid diffusion / pH: 6
詳細: 16% PEG 6K, 3% MPD, 0.2M MgCl2, 0.1M Mes pH 6, LIQUID DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.68→116.86 Å / Num. all: 74146 / Num. obs: 74146 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Rmerge(I) obs: 0.22 / Rsym value: 0.22

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0088精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3KF3

3kf3


解像度: 2.68→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.893 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.82 / SU B: 17.917 / SU ML: 0.369 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / σ(I): 1 / ESU R Free: 0.419 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.30798 3720 5 %RANDOM
Rwork0.24147 ---
all0.24483 74146 --
obs0.24483 70238 96.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.34 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.66 Å20.67 Å2-1.76 Å2
2---2.03 Å20.22 Å2
3----4.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.68→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16608 0 322 279 17209
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.02217636
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.821.9624076
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.94552044
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.34625.289900
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.412152704
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.7911544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1090.22636
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02113608
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5491.510220
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.025216644
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.47137416
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.4624.57428
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 4130 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
tight positional0.050.05
tight thermal0.10.5
LS精密化 シェル解像度: 2.683→2.753 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.453 233 -
Rwork0.37 4558 -
obs--85.16 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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