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- PDB-3u6h: Crystal structure of c-Met in complex with pyrazolone inhibitor 26 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3u6h
タイトルCrystal structure of c-Met in complex with pyrazolone inhibitor 26
要素Hepatocyte growth factor receptor
キーワードtransferase/transferase inhibitor / kinase domain / phosphotransferase / cancer / hepatocyte growth factor / HGF / transferase-transferase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of guanyl-nucleotide exchange factor activity / Drug-mediated inhibition of MET activation / MET activates STAT3 / negative regulation of hydrogen peroxide-mediated programmed cell death / MET Receptor Activation / MET interacts with TNS proteins / endothelial cell morphogenesis / semaphorin receptor activity / MET receptor recycling / pancreas development ...negative regulation of guanyl-nucleotide exchange factor activity / Drug-mediated inhibition of MET activation / MET activates STAT3 / negative regulation of hydrogen peroxide-mediated programmed cell death / MET Receptor Activation / MET interacts with TNS proteins / endothelial cell morphogenesis / semaphorin receptor activity / MET receptor recycling / pancreas development / MET activates PTPN11 / MET activates RAP1 and RAC1 / Sema4D mediated inhibition of cell attachment and migration / MET activates PI3K/AKT signaling / negative regulation of stress fiber assembly / positive regulation of endothelial cell chemotaxis / MET activates PTK2 signaling / branching morphogenesis of an epithelial tube / positive chemotaxis / negative regulation of Rho protein signal transduction / negative regulation of thrombin-activated receptor signaling pathway / semaphorin-plexin signaling pathway / establishment of skin barrier / MET activates RAS signaling / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in cell cycle and proliferation / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / positive regulation of microtubule polymerization / negative regulation of autophagy / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / liver development / molecular function activator activity / InlB-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cell / basal plasma membrane / excitatory postsynaptic potential / placental growth factor receptor activity / insulin receptor activity / vascular endothelial growth factor receptor activity / hepatocyte growth factor receptor activity / macrophage colony-stimulating factor receptor activity / platelet-derived growth factor alpha-receptor activity / platelet-derived growth factor beta-receptor activity / stem cell factor receptor activity / boss receptor activity / protein tyrosine kinase collagen receptor activity / brain-derived neurotrophic factor receptor activity / transmembrane-ephrin receptor activity / GPI-linked ephrin receptor activity / epidermal growth factor receptor activity / fibroblast growth factor receptor activity / insulin-like growth factor receptor activity / Negative regulation of MET activity / receptor protein-tyrosine kinase / neuron differentiation / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / PIP3 activates AKT signaling / RAF/MAP kinase cascade / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / protein tyrosine kinase activity / protein phosphatase binding / receptor complex / cell surface receptor signaling pathway / postsynapse / cell surface / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular region / ATP binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase, HGF/MSP receptor / Plexin family / Plexin repeat / Plexin repeat / Sema domain / semaphorin domain / Sema domain / Sema domain superfamily / Sema domain profile. / IPT/TIG domain ...Tyrosine-protein kinase, HGF/MSP receptor / Plexin family / Plexin repeat / Plexin repeat / Sema domain / semaphorin domain / Sema domain / Sema domain superfamily / Sema domain profile. / IPT/TIG domain / ig-like, plexins, transcription factors / IPT domain / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Immunoglobulin E-set / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-03X / Hepatocyte growth factor receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Bellon, S.F. / Whittington, D.A. / Long, A.L.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2012
タイトル: Structure-based design of novel class II c-Met inhibitors: 1. Identification of pyrazolone-based derivatives.
著者: Norman, M.H. / Liu, L. / Lee, M. / Xi, N. / Fellows, I. / D'Angelo, N.D. / Dominguez, C. / Rex, K. / Bellon, S.F. / Kim, T.S. / Dussault, I.
履歴
登録2011年10月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年5月23日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hepatocyte growth factor receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7442
ポリマ－35,2161
非ポリマー5291
水4,630257
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Hepatocyte growth factor receptor
ヘテロ分子

A: Hepatocyte growth factor receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,4884
ポリマ－70,4312
非ポリマー1,0572
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area1760 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area25860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.610, 81.970, 127.038
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-241-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Hepatocyte growth factor receptor / HGF receptor / HGF/SF receptor / Proto-oncogene c-Met / Scatter factor receptor / SF receptor / ...HGF receptor / HGF/SF receptor / Proto-oncogene c-Met / Scatter factor receptor / SF receptor / Tyrosine-protein kinase Met


分子量: 35215.715 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 1048-1351 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MET / プラスミド: pFastBac1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P08581, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-03X / N-{4-[(6,7-dimethoxyquinolin-4-yl)oxy]-3-fluorophenyl}-1,5-dimethyl-3-oxo-2-phenyl-2,3-dihydro-1H-pyrazole-4-carboxamide


分子量: 528.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H25FN4O5
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 257 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.53 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5
詳細: 12% PEG 6000, 1.0 M lithium chloride, 0.1 M sodium citrate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年2月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→20 Å / Num. all: 116897 / Num. obs: 23515 / % possible obs: 91.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.97 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Χ2: 1.721 / Net I/σ(I): 41.6
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2-2.070.2614341.943157.5
2.07-2.150.20918891.911174.5
2.15-2.250.18123351.881191.8
2.25-2.370.14324691.789197.9
2.37-2.520.11125051.746198.7
2.52-2.710.08425381.783199.2
2.71-2.990.06425341.748199.4
2.99-3.420.05125601.716199.6
3.422-4.30.04525701.556199.2
4.302-200.04626811.608199

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
CrystalClearデータ収集
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 2RFN

2rfn


解像度: 2→19.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / WRfactor Rfree: 0.2783 / WRfactor Rwork: 0.2194 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8187 / SU B: 4.768 / SU ML: 0.134 / SU R Cruickshank DPI: 0.2188 / SU Rfree: 0.2014 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.201 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2737 2314 9.8 %RANDOM
Rwork0.2149 ---
obs0.2207 21192 91.87 %-
all-23067 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 64.28 Å2 / Biso mean: 31.4478 Å2 / Biso min: 12.75 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.76 Å20 Å20 Å2
2---2.95 Å20 Å2
3---1.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→19.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2228 0 39 257 2524
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0222335
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2021.9763169
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.7175280
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.19523.53599
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.30815397
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.5951512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2349
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.021751
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1810.21095
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.30.21589
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1230.2219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.150.241
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1090.215
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.72721440
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.27732270
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.21731039
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.9596898
LS精密化 シェル解像度: 2→2.051 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.413 90 -
Rwork0.305 920 -
all-1010 -
obs--55.01 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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