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- PDB-3u53: Crystal structure of human Ap4A hydrolase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3u53
タイトルCrystal structure of human Ap4A hydrolase
要素Bis(5'-nucleosyl)-tetraphosphatase [asymmetrical]
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


bis(5'-nucleosyl)-tetraphosphatase (asymmetrical) / bis(5'-nucleosyl)-tetraphosphatase (symmetrical) activity / AMP biosynthetic process / bis(5'-nucleosyl)-tetraphosphatase (asymmetrical) activity / ATP biosynthetic process / nucleobase-containing compound metabolic process / Detoxification of Reactive Oxygen Species / cellular response to oxidative stress / mitochondrial matrix / apoptotic process / GTP binding
類似検索 - 分子機能
Bis(5'-nucleosyl)-tetraphosphatase / : / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / NUDIX hydrolase, conserved site / Nudix box signature. / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / NUDIX domain / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily ...Bis(5'-nucleosyl)-tetraphosphatase / : / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / NUDIX hydrolase, conserved site / Nudix box signature. / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / NUDIX domain / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Bis(5'-nucleosyl)-tetraphosphatase [asymmetrical]
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.705 Å
データ登録者Ge, H.H. / Teng, M.K.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2013
タイトル: Crystal structure of wild-type and mutant human Ap4A hydrolase
著者: Ge, H.H. / Chen, X.F. / Yang, W.L. / Niu, L.W. / Teng, M.K.
履歴
登録2011年10月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年3月20日Group: Database references
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bis(5'-nucleosyl)-tetraphosphatase [asymmetrical]
B: Bis(5'-nucleosyl)-tetraphosphatase [asymmetrical]
C: Bis(5'-nucleosyl)-tetraphosphatase [asymmetrical]
D: Bis(5'-nucleosyl)-tetraphosphatase [asymmetrical]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,41522
ポリマ－71,6904
非ポリマー1,72518
水2,666148
1
A: Bis(5'-nucleosyl)-tetraphosphatase [asymmetrical]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,3035
ポリマ－17,9221
非ポリマー3804
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Bis(5'-nucleosyl)-tetraphosphatase [asymmetrical]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,3075
ポリマ－17,9221
非ポリマー3844
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Bis(5'-nucleosyl)-tetraphosphatase [asymmetrical]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,4036
ポリマ－17,9221
非ポリマー4805
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Bis(5'-nucleosyl)-tetraphosphatase [asymmetrical]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,4036
ポリマ－17,9221
非ポリマー4805
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.485, 72.485, 133.491
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ARG / Beg label comp-ID: ARG / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 4 - 147 / Label seq-ID: 4 - 147

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD

-
要素

#1: タンパク質
Bis(5'-nucleosyl)-tetraphosphatase [asymmetrical] / asymmetrical diadenosine tetraphosphate hydrolase / Ap4A hydrolase / Ap4Aase / Nudix hydrolase


分子量: 17922.385 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NUDT2 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P50583, bis(5'-nucleosyl)-tetraphosphatase (asymmetrical)
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.71 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate, 1.2M Lithium sulfate, 0.2M Ammonium sulfate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BSRF / ビームライン: 3W1A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.705→50 Å / Num. all: 18871 / Num. obs: 17881 / Observed criterion σ(F): 2.6 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.0983
反射 シェル解像度: 2.705→2.775 Å / Rmerge(I) obs: 0.3756 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 1312 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0110精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1KT9

1kt9


解像度: 2.705→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.883 / SU B: 31.636 / SU ML: 0.295 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.405 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28427 969 5.1 %RANDOM
Rwork0.21297 ---
obs0.21654 17881 99.99 %-
all-18867 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 55.676 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.19 Å20 Å20 Å2
2--1.19 Å20 Å2
3----2.39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.705→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4539 0 91 148 4778
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0214710
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6091.9696402
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6035576
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.04524.629229
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.27415772
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.9471527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.2694
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0213580
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.111.52870
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.58724575
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.31231840
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.5464.51825
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 1086 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
Amedium positional0.480.5
Bmedium positional0.480.5
Cmedium positional0.540.5
Dmedium positional0.520.5
Amedium thermal4.372
Bmedium thermal5.122
Cmedium thermal5.012
Dmedium thermal4.342
LS精密化 シェル解像度: 2.705→2.775 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.336 74 -
Rwork0.329 1312 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1-1.6945-0.6812-0.62436.2614-1.7283-0.3345-0.28420.00590.019-0.14030.53170.2591-0.19310.0494-0.24750.02970.01510.04020.01650.02270.09047.001-8.8078-16.2044
22.0387-1.893-0.29771.08950.9731-0.2546-0.28370.11320.23450.35210.55610.14440.09080.2986-0.27230.06530.14810.03010.09010.1015-0.00614.4085-12.5713-12.3758
32.3263-5.49815.33253.5531-6.70516.3804-0.4782-0.05450.47310.08570.0287-0.7732-0.27190.16720.44950.0894-0.0272-0.02630.07420.00240.094916.43080.965-21.6007
4-0.0415-0.9548-0.19621.4124-0.63340.841-0.0024-0.0032-0.0174-0.03340.020.1108-0.0730.0088-0.01760.0509-0.0147-0.00140.04820.01160.06237.3125-1.2764-21.5601
51.70580.3154-0.62421.13340.55320.2319-0.1159-0.19320.00110.13740.11790.03160.10080.1703-0.00210.04230.07710.00960.06070.018-0.001912.3307-6.2199-12.4052
62.4058-0.4609-1.0038-1.1976-0.78931.17850.2240.10920.13810.0388-0.21550.07260.2544-0.0706-0.00850.07080.0540.06740.01360.02530.035947.241125.4745-2.3916
72.218629.3745-1.808910.3136-29.56723.4754-3.0077-1.2847-2.0545-4.15281.5185-0.23613.1548-1.73561.48910.893-0.12230.320.1280.09710.463138.53911.8233-0.0807
81.7119-0.4203-0.71270.0254-0.34891.15820.0359-0.12750.0818-0.0507-0.0375-0.01690.0568-0.01890.00160.0638-0.01580.00480.056-0.0140.028637.581629.95358.289
91.0945-0.56460.02480.339-0.16140.90660.2081-0.00930.0157-0.0994-0.14610.04070.0610.0026-0.06210.05140.0182-0.00050.0252-0.00260.034340.830522.31611.1134
100.98843.17051.54625.06880.0030.68330.20180.1982-0.0765-0.087-0.139-0.00270.08490.0402-0.06280.04250.07580.03080.0520.0680.046238.984629.8347-9.3444
110.7655-0.0373-0.62350.7173-0.1303-0.32540.0530.1073-0.0745-0.0410.032-0.2214-0.139-0.0321-0.0850.0859-0.0479-0.03790.01550.0010.104247.158249.369520.909
123.32153.04572.25771.59163.45470.3971-0.28320.10610.1333-0.2581-0.05220.3412-0.17870.10240.33540.1292-0.0402-0.04860.0506-0.007-0.014735.719850.898710.3274
132.4350.01980.474-0.15421.0641-0.23970.19640.0779-0.175-0.2108-0.13330.0452-0.1542-0.2387-0.06320.10920.03850.03650.05060.00230.023332.870745.97718.1557
141.389-2.0656-0.0879-1.13660.6627-0.3797-0.31970.029-0.2592-0.03730.2923-0.30670.23740.0090.02750.0484-0.04460.0804-0.004-0.03370.074349.014246.417713.9445
151.75130.26710.8661.9614-1.1041-0.9025-0.0082-0.21430.1425-0.02250.03380.0890.0326-0.0138-0.02570.0948-0.03560.00350.0178-0.03510.00741.689150.812523.2835
162.3451.0681-0.4320.40230.8097-0.5208-0.0972-0.0934-0.0808-0.03320.05470.1902-0.22530.02610.04250.10090.0447-0.05170.00750.00780.0799-11.143113.0668-4.0185
172.5933-1.82850.59511.2277-2.46710.2019-0.3519-0.2720.04120.07610.1809-0.2937-0.2416-0.22020.1710.11520.0386-0.04530.0783-0.0102-0.00820.502914.64836.7663
18-0.1178-0.47990.6066-0.0449-0.87270.18950.2025-0.1019-0.1923-0.0368-0.08840.0455-0.03360.1506-0.11410.0547-0.00680.01540.0321-0.01150.05361.30178.8802-0.8711
190.8288-1.878-0.25052.66190.2672-1.33620.03640.01230.3718-0.06190.1827-0.07950.01640.0024-0.21910.04130.029-0.00650.03720.01250.0217-7.562119.1265-2.5329
200.5571-0.6122-0.61643.0829-0.1198-0.20550.32310.3311-0.05160.0944-0.3057-0.0301-0.1684-0.0592-0.01740.03480.0729-0.01940.0416-0.02520.0271-6.07074.6361-10.8115
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 16
2X-RAY DIFFRACTION2A17 - 34
3X-RAY DIFFRACTION3A35 - 46
4X-RAY DIFFRACTION4A47 - 102
5X-RAY DIFFRACTION5A103 - 147
6X-RAY DIFFRACTION6B4 - 33
7X-RAY DIFFRACTION7B34 - 38
8X-RAY DIFFRACTION8B39 - 78
9X-RAY DIFFRACTION9B79 - 126
10X-RAY DIFFRACTION10B127 - 147
11X-RAY DIFFRACTION11C4 - 32
12X-RAY DIFFRACTION12C33 - 66
13X-RAY DIFFRACTION13C67 - 93
14X-RAY DIFFRACTION14C94 - 105
15X-RAY DIFFRACTION15C106 - 147
16X-RAY DIFFRACTION16D4 - 32
17X-RAY DIFFRACTION17D33 - 67
18X-RAY DIFFRACTION18D68 - 99
19X-RAY DIFFRACTION19D100 - 131
20X-RAY DIFFRACTION20D132 - 147

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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