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- PDB-3u51: Src in complex with DNA-templated macrocyclic inhibitor MC1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3u51
タイトルSrc in complex with DNA-templated macrocyclic inhibitor MC1
要素
  • Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src
  • macrocyclic inhibitor MC1
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / protein kinase / Src-like inactive conformation / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Signaling by ERBB2 / Nuclear signaling by ERBB4 / Signaling by SCF-KIT / Regulation of KIT signaling / Signaling by EGFR / GAB1 signalosome / Regulation of gap junction activity / FCGR activation / PECAM1 interactions / Co-stimulation by CD28 ...Signaling by ERBB2 / Nuclear signaling by ERBB4 / Signaling by SCF-KIT / Regulation of KIT signaling / Signaling by EGFR / GAB1 signalosome / Regulation of gap junction activity / FCGR activation / PECAM1 interactions / Co-stimulation by CD28 / Co-inhibition by CTLA4 / EPHA-mediated growth cone collapse / Ephrin signaling / G alpha (i) signalling events / GP1b-IX-V activation signalling / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / VEGFR2 mediated cell proliferation / RET signaling / Receptor Mediated Mitophagy / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / RAF activation / PIP3 activates AKT signaling / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / Activated NTRK3 signals through PI3K / Downstream signal transduction / Downregulation of ERBB4 signaling / Cyclin D associated events in G1 / Regulation of RUNX3 expression and activity / MAP2K and MAPK activation / Integrin signaling / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / DCC mediated attractive signaling / MET activates PTK2 signaling / Extra-nuclear estrogen signaling / EPHB-mediated forward signaling / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / VEGFA-VEGFR2 Pathway / connexin binding / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / progesterone receptor signaling pathway / immune system process / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / non-specific protein-tyrosine kinase / epidermal growth factor receptor signaling pathway / cell-cell junction / cell junction / protein tyrosine kinase activity / protein phosphatase binding / cell differentiation / cytoskeleton / endosome membrane / mitochondrial inner membrane / regulation of cell cycle / cell adhesion / signaling receptor binding / focal adhesion / heme binding / perinuclear region of cytoplasm / protein-containing complex / ATP binding / nucleus / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. ...: / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(2S,5S,8S,13S,16Z)-5-(cyclohexylmethyl)-3,6,9,15,18-pentaoxo-2-(3-phenylprop-2-en-1-yl)-8-{3-[(pyrazin-2-ylcarbonyl)amino]propyl}-1,4,7,10,14-pentaazacyclooctadec-16-ene-13-carboxamide / Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.241 Å
データ登録者Seeliger, M.A. / Liu, D.R. / Georghiou, G. / Kleiner, R.E. / Pulkoski-Gross, M.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2012
タイトル: Highly specific, bisubstrate-competitive Src inhibitors from DNA-templated macrocycles.
著者: Georghiou, G. / Kleiner, R.E. / Pulkoski-Gross, M. / Liu, D.R. / Seeliger, M.A.
履歴
登録2011年10月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年3月7日Group: Database references
改定 1.22012年4月4日Group: Database references
改定 1.32012年12月12日Group: Other
改定 1.42020年9月23日Group: Derived calculations / カテゴリ: struct_conn
Item: _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag ..._struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.52023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_torsion / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 2.12024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src
B: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src
C: macrocyclic inhibitor MC1
D: macrocyclic inhibitor MC1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,6364
ポリマ－64,6364
非ポリマー00
水2,198122
1
A: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src
C: macrocyclic inhibitor MC1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3182
ポリマ－32,3182
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src
D: macrocyclic inhibitor MC1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3182
ポリマ－32,3182
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.166, 117.250, 62.762
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.080, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLUGLUGLYGLYchain A and (resseq 261:406 or resseq 425:533 )AA261 - 4063 - 148
12PROPROLEULEUchain A and (resseq 261:406 or resseq 425:533 )AA425 - 533167 - 275
21GLUGLUGLYGLYchain B and (resseq 261:406 or resseq 425:533 )BB261 - 4063 - 148
22PROPROLEULEUchain B and (resseq 261:406 or resseq 425:533 )BB425 - 533167 - 275

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要素

#1: タンパク質 Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src / c-Src kinase / Proto-oncogene c-Src / pp60c-src / p60-Src


分子量: 31557.336 Da / 分子数: 2 / 断片: Src kinase domain (UNP residues 259-533) / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: as published in Protein Science 14(12):3135-3139 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: SRC / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P00523, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: タンパク質・ペプチド macrocyclic inhibitor MC1


タイプ: Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 760.859 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
参照: (2S,5S,8S,13S,16Z)-5-(cyclohexylmethyl)-3,6,9,15,18-pentaoxo-2-(3-phenylprop-2-en-1-yl)-8-{3-[(pyrazin-2-ylcarbonyl)amino]propyl}-1,4,7,10,14-pentaazacyclooctadec-16-ene-13-carboxamide
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.96 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M Bis-Tris, pH 6.5, 12% PEG3350, 1% Tacsimate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月8日
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double crystal sagittal focusing
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-k,-l / Fraction: 0.382
反射解像度: 2.24→50 Å / Num. all: 29255 / Num. obs: 27792 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル
解像度 (Å)Diffraction-ID% possible all
2.24-2.32187
2.32-2.41193
2.41-2.52192.6
2.52-2.66192.9
2.66-2.82193.8
2.82-3.04196.7
3.04-3.35197.5
3.35-3.83198.3
3.83-4.82198.8
4.82-50199

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.6_289精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
CBASSデータ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1Y57

1y57


解像度: 2.241→34.978 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7134 / σ(F): 0 / 位相誤差: 35.03 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2364 2104 7.58 %
Rwork0.1987 25742 -
obs0.2001 27767 94.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 36.026 Å2 / ksol: 0.353 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 168.47 Å2 / Biso mean: 52.29 Å2 / Biso min: 15.03 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.345 Å20 Å2-1.4975 Å2
2--20.3688 Å20 Å2
3----17.0238 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.241→34.978 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4215 0 0 122 4337
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0044320
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8275843
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06623
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003753
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.2421629
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A2048X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.05
12B2048X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.05
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.241-2.29310.37741210.33231502162377
2.2931-2.35040.29231290.30771654178385
2.3504-2.4140.31391290.29831659178886
2.414-2.4850.31531330.29861704183787
2.485-2.56510.28531250.27541636176186
2.5651-2.65680.2721320.27171690182286
2.6568-2.76310.30331340.26421690182486
2.7631-2.88880.32781300.24081710184089
2.8888-3.0410.28051390.22611763190290
3.041-3.23140.27361410.21541750189190
3.2314-3.48060.24411420.17861787192991
3.4806-3.83040.18571400.16311783192391
3.8304-4.38360.20771400.13781783192392
4.3836-5.51880.18581460.15111792193891
5.5188-33.18010.19541400.17131839197992
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1112-0.25790.1040.485-0.4480.43340.0478-0.2632-0.3589-0.110.01390.08360.14460.0777-0.03370.51680.08420.02260.50930.12620.4667-16.87888.38265.9818
20.38680.1302-0.23590.2841-0.2860.3752-0.07750.0412-0.011-0.0698-0.0021-0.03530.18160.08760.02760.19820.0182-0.00330.2674-0.02080.1377-13.514522.1379-2.4452
30.1658-0.0373-0.10860.16550.13440.13910.0471-0.1213-0.0392-0.0076-0.13710.15730.0432-0.18790.05260.067-0.01990.02520.5395-0.00280.2164-27.039333.85160.7692
40.00370.0170.01710.101-0.05370.3011-0.00620.05450.1823-0.0125-0.05940.0402-0.0868-0.0480.01220.0723-0.0073-0.0150.434700.2206-18.036140.7048-9.7195
50.14040.2343-0.26620.512-0.14241.24720.05260.15240.0404-0.1531-0.0383-0.0209-0.3762-0.25060.03120.68890.040.1030.5967-0.08330.4817-15.234864.6092-22.2946
60.4680.0412-0.05480.277-0.13120.0679-0.0047-0.13580.01960.4013-0.0147-0.0630.00480.05680.00590.57010.0721-0.07210.5614-0.25180.4013-11.787464.2386-24.5384
70.733-0.09590.34571.648-0.39973.66420.1992-0.20670.4323-0.13320.3364-0.2814-0.13430.0739-0.48610.8622-0.13130.06791.0797-0.14020.9764-1.108465.2945-33.7227
81.1605-0.4235-0.13690.3023-0.36281.20710.0571-0.1558-0.02530.09760.18230.0356-0.3124-0.1657-0.17030.41140.02290.03190.4883-0.0140.3472-11.274962.7279-34.2724
90.3183-0.01810.11070.18730.16260.34430.0427-0.15860.0470.02860.0516-0.0581-0.0845-0.15490.06170.09160.0117-0.01150.33-0.00940.1551-14.799447.7442-33.8665
100.10930.03370.21210.1010.0430.4047-0.046-0.1046-0.08860.00280.0153-0.04140.0081-0.1623-0.0030.1219-0.0455-0.00280.38940.01570.2294-1.989340.3262-31.8207
110.23090.15940.04950.20130.11480.10950.0304-0.1281-0.05470.0743-0.0211-0.09210.061-0.104-0.04670.0270.0065-0.10450.52670.03790.1539-0.139529.9068-29.7019
120.3168-0.25250.09780.26670.00230.32350.10310.33790.0325-0.0533-0.0891-0.07830.04160.04220.02470.1266-0.014-0.01650.4755-0.05170.1969-10.345333.4331-43.127
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 261:316)A261 - 316
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 317:402)A317 - 402
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 403:476)A403 - 476
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 477:533)A477 - 533
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resseq 261:286)B261 - 286
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resseq 287:303)B287 - 303
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resseq 304:316)B304 - 316
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resseq 317:333)B317 - 333
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resseq 334:402)B334 - 402
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resseq 403:467)B403 - 467
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resseq 468:488)B468 - 488
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resseq 489:533)B489 - 533

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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