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万見
- PDB-3u4h: CD38 structure-based inhibitor design using the N1-cyclic inosine... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3u4h
タイトルCD38 structure-based inhibitor design using the N1-cyclic inosine 5'-diphosphate ribose template
要素ADP-ribosyl cyclase 1
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / non-hydrolyzable inhibitor / two domains / cADPR cyclization / hydrolysis / 8-amino-N1-cIDPR / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


2'-phospho-ADP-ribosyl cyclase/2'-phospho-cyclic-ADP-ribose transferase / phosphorus-oxygen lyase activity / artery smooth muscle contraction / Nicotinate metabolism / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / NAD+ nucleosidase activity / NAD metabolic process / NAD+ nucleotidase, cyclic ADP-ribose generating / negative regulation of bone resorption / long-term synaptic depression ...2'-phospho-ADP-ribosyl cyclase/2'-phospho-cyclic-ADP-ribose transferase / phosphorus-oxygen lyase activity / artery smooth muscle contraction / Nicotinate metabolism / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / NAD+ nucleosidase activity / NAD metabolic process / NAD+ nucleotidase, cyclic ADP-ribose generating / negative regulation of bone resorption / long-term synaptic depression / response to hydroperoxide / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / B cell proliferation / response to retinoic acid / positive regulation of B cell proliferation / positive regulation of vasoconstriction / response to interleukin-1 / response to progesterone / female pregnancy / apoptotic signaling pathway / B cell receptor signaling pathway / positive regulation of insulin secretion / negative regulation of neuron projection development / response to estradiol / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / transferase activity / positive regulation of cell growth / basolateral plasma membrane / nuclear membrane / response to hypoxia / response to xenobiotic stimulus / negative regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / cell surface / signal transduction / extracellular exosome / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
ADP Ribosyl Cyclase; Chain A, domain 1 / ADP Ribosyl Cyclase; Chain A, domain 1 / ADP-ribosyl cyclase (CD38/157) / ADP-ribosyl cyclase / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
8-Amino-N1-Cyclic Inosine 5'-Diphosphoribose / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.878 Å
データ登録者Liu, Q. / Hao, Q. / Lee, H.C. / Graeff, R.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: CD38 Structure-Based Inhibitor Design Using the N1-Cyclic Inosine 5'-Diphosphate Ribose Template
著者: Moreau, C. / Liu, Q. / Graeff, R. / Wagner, G.K. / Thomas, M.P. / Swarbrick, J.M. / Shuto, S. / Lee, H.C. / Hao, Q. / Potter, B.V.L.
履歴
登録2011年10月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月24日Group: Database references
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ADP-ribosyl cyclase 1
B: ADP-ribosyl cyclase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,8754
ポリマ－60,7612
非ポリマー1,1152
水4,522251
1
A: ADP-ribosyl cyclase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,9382
ポリマ－30,3801
非ポリマー5571
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: ADP-ribosyl cyclase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,9382
ポリマ－30,3801
非ポリマー5571
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.713, 51.459, 67.755
Angle α, β, γ (deg.)72.85, 89.13, 83.18
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 ADP-ribosyl cyclase 1 / Cyclic ADP-ribose hydrolase 1 / cADPr hydrolase 1 / T10


分子量: 30380.393 Da / 分子数: 2 / 断片: extracellular domain, enzymatic domain / 変異: Q49T, N100D, N164D, N209D, N219D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD38 / 発現宿主: Pichia Pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P28907, NAD+ glycohydrolase
#2: 化合物 ChemComp-C8R / 8-Amino-N1-Cyclic Inosine 5'-Diphosphoribose / 1,5-[1-デオキシ-β-D-リボフラノ-ス-1,5-O-ジイル(ヒドロキシホスフィニリデン)オキシ(ヒドロキシホス(以下略)


分子量: 557.300 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H21N5O14P2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 251 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.83 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 100mM MES, 12% PEG 4000, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.9778 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月4日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9778 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.87→50 Å / Num. all: 38912 / Num. obs: 38912 / % possible obs: 90.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 1.87→1.94 Å / % possible all: 64.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6_289)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2PGJ

2pgj


解像度: 1.878→25.246 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.25 / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 27.4 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2416 1948 5.01 %RANDOM
Rwork0.1858 ---
all0.1886 38873 --
obs0.1886 38873 89.1 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 60.098 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 167.58 Å2 / Biso mean: 47.2435 Å2 / Biso min: 9.54 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--9.9843 Å2-0.2757 Å21.571 Å2
2---0.7623 Å2-7.141 Å2
3---10.7467 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.878→25.246 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4032 0 72 251 4355
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074223
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1255724
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072618
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004726
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.9021564
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8777-1.92460.3575830.24781391147447
1.9246-1.97660.27481000.22442058215869
1.9766-2.03480.30831150.21282259237477
2.0348-2.10040.27161320.21432461259383
2.1004-2.17550.26181330.19842684281790
2.1755-2.26250.24921530.1942780293394
2.2625-2.36540.25151330.19262864299797
2.3654-2.490.26031730.18792902307598
2.49-2.64590.21151570.18172877303498
2.6459-2.84990.27621440.1882939308398
2.8499-3.13620.26291510.18452913306499
3.1362-3.58890.20711680.17422914308299
3.5889-4.51740.19721570.15512939309699
4.5174-25.24790.23031490.17972944309399
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.59450.72360.34811.4410.41750.850.2309-0.0378-0.95460.0772-0.0333-0.22450.13290.0081-0.11180.1388-0.0085-0.06110.07070.05090.3978-1.1939-13.54764.3522
20.68640.6953-0.00481.67850.41380.22090.07280.0332-0.2455-0.11760.004-0.27090.0969-0.0094-0.06360.17480.03210.01420.07830.02910.10829.04933.1432-3.4854
32.3966-0.68070.02450.74120.33670.42510.21820.0593-0.8379-0.0069-0.12580.21790.0232-0.0695-0.06260.1383-0.001-0.0410.06920.01150.3265-9.1828-9.6914-0.2796
41.3225-0.0343-0.20621.22060.69130.62070.06130.07540.088-0.0745-0.14980.14420.0346-0.12050.0930.1260.0036-0.00350.11680.00490.1060.7310.65471.0198
51.00620.51130.25880.3744-0.04060.50410.2926-0.37391.05080.1117-0.1950.2839-0.3879-0.4269-0.04760.19140.1674-0.0592-0.00720.17980.1585-0.575620.6396-2.0826
61.8399-0.59650.12060.93390.61390.62780.0370.81560.1341-0.4676-0.0687-0.4828-0.01220.3251-0.02930.39110.01930.1550.43120.1110.199116.265111.616-14.6477
72.0166-0.1896-1.55520.8252-0.18122.44180.395-0.79280.92640.0752-0.07960.2466-0.31390.4695-0.33130.1736-0.14050.13820.4078-0.32340.4407-19.94122.773322.0216
82.09920.5745-0.71320.4762-0.48620.51240.5643-0.76450.07670.5826-0.20540.15730.02731.6548-0.2910.3928-0.11250.02841.1123-0.30450.0467-22.78259.002637.8183
93.85211.0369-1.16280.59530.0571.04330.31-0.76080.4681-0.0074-0.06130.11080.01380.3368-0.19410.1205-0.00540.01980.2626-0.10160.2062-18.27514.455216.5636
101.580.8261-0.52741.6254-0.75920.48830.2449-0.8662-0.10040.0942-0.6543-0.29590.15091.13230.20880.3470.0097-0.04781.3207-0.04190.1023-12.6586-1.025936.3922
110.5808-0.0394-0.72460.0465-0.28893.196-0.14670.6775-0.14690.0594-0.04290.3879-0.17990.94510.06390.44720.05170.11040.9713-0.23920.2748-30.5556-1.737446.5876
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and (resseq 48:117)A48 - 117
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and (resseq 118:146)A118 - 146
3X-RAY DIFFRACTION3chain A and (resseq 147:193)A147 - 193
4X-RAY DIFFRACTION4chain A and (resseq 194:244)A194 - 244
5X-RAY DIFFRACTION5chain A and (resseq 250:275)A250 - 275
6X-RAY DIFFRACTION6chain A and (resseq 276:296)A276 - 296
7X-RAY DIFFRACTION7chain B and (resseq 48:117)B48 - 117
8X-RAY DIFFRACTION8chain B and (resseq 118:146)B118 - 146
9X-RAY DIFFRACTION9chain B and (resseq 147:193)B147 - 193
10X-RAY DIFFRACTION10chain B and (resseq 194:275)B194 - 275
11X-RAY DIFFRACTION11chain B and (resseq 276:296)B276 - 296

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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