PDB-3u49: Crystal structure of YwfH, NADPH dependent reductase involved in ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3u49

タイトル

Crystal structure of YwfH, NADPH dependent reductase involved in Bacilysin biosynthesis

要素

Bacilysin biosynthesis oxidoreductase ywfH

キーワード

OXIDOREDUCTASE / NADPH binding motif / Rossmann fold / Short chain Dehydrogenase / reductase / SDR super family / Bacilysin biosynthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity, acting on the CH-CH group of donors, NAD or NADP as acceptor / 酸化還元酵素; CH-CH結合に対し酸化酵素として働く; NADまたはNADPを用いる / antibiotic biosynthetic process / NADP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Rajavel, M. / Gopal, B.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: Structural insights into the role of Bacillus subtilis YwfH (BacG) in tetrahydrotyrosine synthesis
著者: Rajavel, M. / Perinbam, K. / Gopal, B.

履歴

登録	2011年10月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2013年3月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年3月12日	Group: Database references
改定 1.2	2018年2月7日	Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow Item: _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.3	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3u49.cif.gz	394.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3u49.ent.gz	325.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3u49.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3u49_validation.pdf.gz	463.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3u49_full_validation.pdf.gz	487.6 KB	表示
XML形式データ	3u49_validation.xml.gz	41.5 KB	表示
CIF形式データ	3u49_validation.cif.gz	58.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u4/3u49 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u4/3u49	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3u4cC 3u4dC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1onk-d 2r9k-d 1sz6-d 6ely-d 2vlc-2 2rg9-d 1m2t-d 1ce7-d 2mll-d 2vlc-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Bacilysin biosynthesis oxidoreductase ywfH

B: Bacilysin biosynthesis oxidoreductase ywfH

C: Bacilysin biosynthesis oxidoreductase ywfH

D: Bacilysin biosynthesis oxidoreductase ywfH

122 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Bacilysin biosynthesis oxidoreductase ywfH

C: Bacilysin biosynthesis oxidoreductase ywfH

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
60.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Bacilysin biosynthesis oxidoreductase ywfH

D: Bacilysin biosynthesis oxidoreductase ywfH

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
60.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.850, 136.990, 66.700
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 117.99, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Bacilysin biosynthesis oxidoreductase ywfH 分子量: 30465.623 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: 168 / 遺伝子: BSU37680, ipa-86r, ywfH / プラスミド: pET-15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: P39644
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 410 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.71 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M HEPES, 1.4M Tri-sodium citrate dihydrate, pH 7.5, Microbatch, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月24日 / 詳細: bent collimating mirror and toroid
放射	モノクロメーター: Si(111) monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→68.5 Å / Num. all: 103248 / Num. obs: 102319 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 4.1 / 冗長度: 7.6 % / B_iso Wilson estimate: 23.756 Å² / R_merge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 13.4
反射シェル	解像度: 1.75→1.84 Å / 冗長度: 7.6 % / R_merge(I) obs: 0.487 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique all: 15067 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345dtb		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.75→68.5 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.944 / SU B: 5.483 / SU ML: 0.079 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 4.1 / ESU R Free: 0.114 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2218	5117	5 %	RANDOM
R_work	0.18876	-	-	-
all	0.19044	103248	-	-
obs	0.19044	97097	99.03 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.702 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.4 Å²	0 Å²	-0.61 Å²
2-	-	-0.19 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.02 Å²

Refine analyze

Luzzati sigma a obs: 0.2454 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→68.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7519	0	0	410	7929

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.022	7706
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.999	1.945	10399
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.783	5	1004
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.75	25.824	340
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.156	15	1393
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.272	15	33
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	1194
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.021	5749
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.236	1.5	4977
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.312	2	7990
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.883	3	2729
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.904	4.5	2409
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.353	3	7706

LS精密化シェル

解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.292	361	-
R_work	0.248	7271	-
obs	-	15067	99.97 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0459	-0.0122	-0.0107	0.0581	0.0156	0.0355	-0.0002	0.001	-0.0041	0.0039	-0.0005	-0.0023	0.0034	0.0027	0.0007	0.0166	-0.0012	-0.0039	0.0044	-0.0001	0.0067	24.4508	-34.1855	2.6699
2	0.0289	-0.0097	0.0086	0.056	0.0018	0.0609	0.007	0.0066	-0.0009	-0.0042	-0.003	0.0014	0.0047	0.0032	-0.0039	0.0131	0.0015	-0.0058	0.0069	-0.0007	0.0067	11.7403	-23.7379	-24.6106
3	0.0663	-0.0061	-0.0093	0.0511	0.0067	0.054	0.0006	-0.0012	0.0013	0.0009	0.0008	-0.0047	-0.0009	-0.0003	-0.0014	0.0167	-0.0001	-0.0038	0.0035	0.0002	0.0064	22.2307	-2.1722	13.3877
4	0.0415	-0.0231	0.0099	0.067	0.0088	0.0351	-0.0006	0.0001	-0.0028	0.0017	-0.0009	0.0054	-0.0006	0.0003	0.0015	0.0164	0.0006	-0.0024	0.0061	0.0003	0.0055	-0.695	3.3025	-8.1993

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 44
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	45 - 54
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	55 - 166
4	X-RAY DIFFRACTION	1	A	167 - 258
5	X-RAY DIFFRACTION	2	B	3 - 44
6	X-RAY DIFFRACTION	2	B	45 - 54
7	X-RAY DIFFRACTION	2	B	55 - 166
8	X-RAY DIFFRACTION	2	B	167 - 258
9	X-RAY DIFFRACTION	3	C	3 - 44
10	X-RAY DIFFRACTION	3	C	45 - 54
11	X-RAY DIFFRACTION	3	C	55 - 166
12	X-RAY DIFFRACTION	3	C	167 - 258
13	X-RAY DIFFRACTION	4	D	3 - 44
14	X-RAY DIFFRACTION	4	D	45 - 54
15	X-RAY DIFFRACTION	4	D	55 - 166
16	X-RAY DIFFRACTION	4	D	167 - 258

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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