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- PDB-3u3m: Crystal structure of Human SULT1A1 bound to PAP and 3-Cyano-7-hyd... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3u3m
タイトルCrystal structure of Human SULT1A1 bound to PAP and 3-Cyano-7-hydroxycoumarin
要素Sulfotransferase 1A1
キーワードTRANSFERASE / Arylsulfotransferase / 3-CYANO-7-HYDROXYCUMARIN
機能・相同性
機能・相同性情報


flavonol 3-sulfotransferase activity / aryl sulfotransferase / steroid sulfotransferase activity / 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate binding / aryl sulfotransferase activity / Cytosolic sulfonation of small molecules / thyroid hormone metabolic process / 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate metabolic process / flavonoid metabolic process / sulfation ...flavonol 3-sulfotransferase activity / aryl sulfotransferase / steroid sulfotransferase activity / 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate binding / aryl sulfotransferase activity / Cytosolic sulfonation of small molecules / thyroid hormone metabolic process / 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate metabolic process / flavonoid metabolic process / sulfation / sulfotransferase activity / ethanol catabolic process / dopamine catabolic process / amine metabolic process / Paracetamol ADME / estrogen metabolic process / xenobiotic metabolic process / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Sulfotransferase domain / Sulfotransferase domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
7-hydroxy-2-oxo-2H-chromene-3-carbonitrile / ADENOSINE-3'-5'-DIPHOSPHATE / Sulfotransferase 1A1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Guttman, C. / Berger, I. / Aharoni, A. / Zarivach, R.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2011
タイトル: The molecular basis for the broad substrate specificity of human sulfotransferase 1A1.
著者: Berger, I. / Guttman, C. / Amar, D. / Zarivach, R. / Aharoni, A.
履歴
登録2011年10月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年4月11日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sulfotransferase 1A1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0063
ポリマ－36,3921
非ポリマー6142
水1,49583
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.634, 122.781, 44.764
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Sulfotransferase 1A1 / ST1A1 / Aryl sulfotransferase 1 / HAST1/HAST2 / Phenol sulfotransferase 1 / Phenol-sulfating phenol ...ST1A1 / Aryl sulfotransferase 1 / HAST1/HAST2 / Phenol sulfotransferase 1 / Phenol-sulfating phenol sulfotransferase 1 / P-PST 1 / ST1A3 / Thermostable phenol sulfotransferase / Ts-PST


分子量: 36391.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 株: Homo sapiens / 遺伝子: hSULT1A1, OK/SW-cl.88, STP, STP1, SULT1A1 / プラスミド: pET32tr / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P50225, aryl sulfotransferase
#2: 化合物 ChemComp-A3P / ADENOSINE-3'-5'-DIPHOSPHATE / アデノシン3′,5′-ビスりん酸


タイプ: RNA linking / 分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2
#3: 化合物 ChemComp-3QV / 7-hydroxy-2-oxo-2H-chromene-3-carbonitrile / 2-オキソ-7-ヒドロキシ-2H-1-ベンゾピラン-3-カルボニトリル


分子量: 187.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H5NO3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THESE CONFLICTS ARISE FROM POLYMORPHISM OF THE HSULT1A1 GENE (H213). THE CLOSEST SEQUENCE TO THE ...THESE CONFLICTS ARISE FROM POLYMORPHISM OF THE HSULT1A1 GENE (H213). THE CLOSEST SEQUENCE TO THE CRYSTALLIZED SEQUENCE HAS REFERENCE CODE GENBANK: AAI10888.1

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.15 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.7
詳細: Magnesium chloride, BIS-TRIS, Polyethylene glycol 3,350, pH 6.7, vapor diffusion, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.997 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.997 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 18809 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.109 / Χ2: 31.728 / Net I/σ(I): 17.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.3-2.344.90.3288802.526196.7
2.34-2.385.40.2919572.643199.4
2.38-2.435.90.2779132.845199.9
2.43-2.485.90.2519142.911100
2.48-2.535.90.2479283.001199.9
2.53-2.596.10.2179143.444199.9
2.59-2.666.10.2129353.5281100
2.66-2.736.20.2069206.08199.9
2.73-2.8160.1659414.344199.9
2.81-2.96.20.1569235.399199.9
2.9-36.10.1389355.489199.9
3-3.126.10.1299206.632199.9
3.12-3.266.10.1189538.722199.9
3.26-3.446.10.1059379.0251100
3.44-3.656.10.194611.329199.8
3.65-3.9360.1299400.091199.9
3.93-4.335.90.0995211.889199.9
4.33-4.955.90.09497214.068199.7
4.95-6.245.80.08497711.902199.5
6.24-505.50.088105239.898199.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / WRfactor Rfree: 0.2261 / WRfactor Rwork: 0.1901 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.05 / FOM work R set: 0.8455 / SU B: 11.166 / SU ML: 0.132 / SU R Cruickshank DPI: 0.261 / SU Rfree: 0.2073 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.207 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2352 970 5.2 %RANDOM
Rwork0.1937 ---
obs0.1957 18768 98.77 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 68.31 Å2 / Biso mean: 34.0253 Å2 / Biso min: 16.18 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.68 Å20 Å20 Å2
2---1.98 Å20 Å2
3---3.65 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2359 0 41 83 2483
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0222553
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8081.9793486
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.24339
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.295310
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.74523.913115
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.11315437
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.8841511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1260.2364
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0211963
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0160.026
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9881.51495
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.78822447
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.08331058
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.7224.51031
LS精密化 シェル解像度: 2.279→2.338 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.279 82 -
Rwork0.22 1125 -
all-1207 -
obs--86.83 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8156-0.20370.08740.4316-0.02010.0221-0.03650.02970.00110.00350.0062-0.01920.0006-0.01550.03030.05450.00610.00010.0429-0.00070.030519.5358-21.0637-1.6911
26.48023.5553-0.33126.8386-2.97250.1213-0.0783-0.4501-0.16460.2124-0.1017-0.4782-0.16770.01460.18010.02320.0109-0.09030.0328-0.06080.110837.0115-13.63349.7563
30.6402-0.07810.09370.816-0.258-0.1204-0.02440.14670.3134-0.0320.0012-0.1288-0.1001-0.03720.02320.0637-0.0042-0.00320.01240.02470.07219.9584-6.5239-6.0035
42.6338-1.08980.31681.7326-0.965-0.25590.0649-0.40310.13550.19020.07310.2453-0.0155-0.0356-0.1380.09240.04620.03670.0847-0.0213-0.00525.8848-12.162111.78
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A8 - 203
2X-RAY DIFFRACTION2A204 - 219
3X-RAY DIFFRACTION3A220 - 273
4X-RAY DIFFRACTION4A274 - 295

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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