PDB-3u3l: Crystal structure of the selenomethionine derivative of tablysin-15

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3u3l

タイトル

Crystal structure of the selenomethionine derivative of tablysin-15

要素

Tablysin 15

キーワード

PROTEIN BINDING / CAP domain / alphaVbeta3 integrin / salivary gland

機能・相同性

機能・相同性情報

toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Tabanus yao (昆虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.57 Å

データ登録者

Andersen, J.F. / Xu, X. / Ribeiro, J.M.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Structure of protein having inhibitory disintegrin and leukotriene scavenging functions contained in single domain.
著者: Xu, X. / Francischetti, I.M. / Lai, R. / Ribeiro, J.M. / Andersen, J.F.

履歴

登録	2011年10月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年2月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年5月23日	Group: Database references
改定 1.2	2012年10月17日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3u3l.cif.gz	113 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3u3l.ent.gz	85.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3u3l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u3/3u3l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u3/3u3l	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3u3nC 3u3uC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3u3n-d 6hl1-d 3hc6-d 5y49-1 3bej-1 5q0t-d 2wfg-d 3u3u-d 2wfe-2 2wfe-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (1) #100 - 2008年4月アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors) 類似性 (1) #164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (1) #171 - 2014年3月神経伝達物質輸送体 (Neurotransmitter Transporters) 類似性 (1) #27 - 2002年3月バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#147 - 2012年3月
ロドプシン (Rhodopsin)
類似性 (1)
#100 - 2008年4月
アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors)
類似性 (1)
#164 - 2013年8月
セロトニン受容体 (Serotonin Receptor)
類似性 (1)
#171 - 2014年3月
神経伝達物質輸送体 (Neurotransmitter Transporters)
類似性 (1)
#27 - 2002年3月
バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin)
類似性 (1)

登録構造単位

C: Tablysin 15

ヘテロ分子

27 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.556, 69.556, 86.209
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-342- HOH
2	1	C-346- HOH

#1: タンパク質	Tablysin 15 分子量: 26170.412 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 24-255 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Tabanus yao (昆虫) / プラスミド: pET17b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysE / 参照: UniProt: F8QQG5
#2: 化合物	ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸分子量: 256.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₂O₂
#3: 化合物	ChemComp-PR / PRASEODYMIUM ION 分子量: 140.908 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Pr
#4: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 202 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.53 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 10 % PEG 6000, 100 mM citrate, 13 mM praseodymium (III) acetate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-BM / 波長: 0.97625 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月14日

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97625 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.57→50 Å / Num. all: 34232 / Num. obs: 34232 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 15.9 % / B_iso Wilson estimate: 15.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.06 / Χ²: 2.092 / Net I/σ(I): 18

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.57-1.6	12.6	0.327	1557	0.957	1	91.1
1.6-1.63	14.8	0.284	1698	0.972	1	100
1.63-1.66	16.1	0.249	1694	1.008	1	100
1.66-1.69	16.2	0.218	1686	1.017	1	100
1.69-1.73	16.2	0.19	1710	1.074	1	100
1.73-1.77	16.2	0.159	1695	1.143	1	99.9
1.77-1.81	16.2	0.137	1672	1.229	1	100
1.81-1.86	16.2	0.118	1713	1.377	1	100
1.86-1.92	16.3	0.111	1720	1.538	1	100
1.92-1.98	16.4	0.093	1711	1.761	1	100
1.98-2.05	16.5	0.08	1710	1.844	1	100
2.05-2.13	16.6	0.073	1689	2.102	1	100
2.13-2.23	16.7	0.071	1715	2.37	1	100
2.23-2.35	16.8	0.067	1723	2.744	1	100
2.35-2.49	16.9	0.06	1717	2.819	1	100
2.49-2.68	16.9	0.059	1739	3.097	1	100
2.68-2.95	16.6	0.06	1733	3.566	1	100
2.95-3.38	16.1	0.055	1746	3.988	1	100
3.38-4.26	13.7	0.044	1765	3.482	1	99.4
4.26-50	14.7	0.04	1839	3.257	1	98.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.7.1_743	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
SHELXE		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.57→28.736 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.38 / SU ML: 0.32 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.07 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2106	1728	5.06 %	Random
R_work	0.1847	-	-	-
obs	0.186	34179	99.75 %	-
all	-	34179	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 42.262 Å² / k_sol: 0.407 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 74 Å² / B_iso mean: 22.2755 Å² / B_iso min: 6.98 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.5251 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.5251 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.0503 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.57→28.736 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1801	0	45	202	2048

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	1919
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.035	2608
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.07	270
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	341
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.788	742

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.5694-1.6156	0.2527	138	0.2151	2655	2793	99
1.6156-1.6677	0.2379	129	0.1955	2687	2816	100
1.6677-1.7273	0.2214	149	0.1851	2660	2809	100
1.7273-1.7965	0.2112	117	0.1743	2680	2797	100
1.7965-1.8782	0.195	167	0.178	2709	2876	100
1.8782-1.9772	0.2264	160	0.1802	2641	2801	100
1.9772-2.1011	0.2013	144	0.1872	2688	2832	100
2.1011-2.2632	0.1871	143	0.1858	2685	2828	100
2.2632-2.4909	0.2174	126	0.1833	2721	2847	100
2.4909-2.851	0.2364	150	0.2008	2739	2889	100
2.851-3.5909	0.2145	160	0.188	2726	2886	100
3.5909-28.7411	0.1926	145	0.1734	2860	3005	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.3169	-0.5793	-0.5822	4.1715	1.1876	3.9272	0.016	0.097	0.1952	-0.2194	-0.0279	-0.1135	-0.457	0.2297	0.0224	0.0944	-0.0018	0.0026	0.088	0.0077	0.061	20.066	10.9368	-10.6774
2	3.4393	-2.1257	1.1432	2.9002	-1.4941	2.9004	-0.1366	-0.3617	0.1524	0.1822	0.3633	-0.0906	-0.2076	-0.2242	-0.2053	0.1167	0.0504	-0.0096	0.1561	-0.0573	0.145	16.1066	15.4517	10.0321
3	2.2093	-0.4434	0.1385	3.4278	-0.0403	2.0641	-0.0452	-0.2958	-0.1433	0.2018	0.1175	-0.0895	0.4571	0.0454	-0.0571	0.1613	0.039	-0.0598	0.1538	0.0126	0.0976	28.8624	-9.4548	9.0003
4	3.0846	-2.2183	-0.8819	2.795	1.9613	3.8279	0.001	0.0988	0.0152	-0.0528	-0.0671	0.0469	-0.1103	-0.1124	0.0306	0.0758	-0.0109	0.0075	0.0581	0.0148	0.0545	20.8488	5.8155	-2.6625
5	1.3382	-0.4521	-0.6765	1.3049	0.9121	2.3828	-0.1404	-0.4374	0.053	0.4019	0.1969	0.0552	-0.09	-0.3178	0.0251	0.1802	0.0869	0.0422	0.2595	0.006	0.001	13.765	4.2697	14.1987
6	3.2012	1.9282	0.691	5.31	2.0355	2.3639	0.0087	-0.5462	-0.4317	0.8033	-0.084	0.0894	0.5734	-0.5078	0.067	0.3352	0.0623	0.0822	0.3603	0.1152	0.1219	17.74	-5.2369	15.9691
7	1.1316	0.4999	-0.1014	2.4605	0.4571	1.8643	0.0993	0.01	-0.598	0.1001	-0.0258	0.7861	0.5174	-0.3702	0.1219	0.3477	-0.2375	-0.2231	0.0744	0.0931	0.67	13.5631	-17.2003	1.922
8	1.5392	-1.4938	-0.3444	2.0371	0.6229	1.162	-0.0327	-0.2586	-0.0274	0.1016	0.1174	0.0166	0.0279	-0.1765	0.0113	0.0702	0.0255	0.0045	0.1305	0.0043	0.03	17.9719	1.1726	7.1534
9	1.7029	-0.7174	0.2793	1.0968	-0.1374	0.9907	0.3961	0.2119	-0.6528	-0.1382	-0.1185	0.2314	0.6586	0.1435	-0.1859	0.3539	0.0583	-0.1312	0.117	-0.0693	0.2001	24.8706	-17.1063	-2.3561
10	1.2007	-1.0378	1.355	1.0939	-1.8072	3.7013	0.0972	0.1568	-0.0523	-0.018	-0.2497	-0.4223	0.3494	0.6071	0.1063	0.2013	0.057	-0.0653	0.2083	0.0236	0.1841	35.7028	-12.6346	0.9924

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'C' and (resseq 1:20)	C	1 - 20
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'C' and (resseq 21:36)	C	21 - 36
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'C' and (resseq 37:73)	C	37 - 73
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'C' and (resseq 74:103)	C	74 - 103
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'C' and (resseq 104:117)	C	104 - 117
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'C' and (resseq 118:134)	C	118 - 134
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resseq 135:153)	C	135 - 153
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resseq 154:188)	C	154 - 188
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resseq 189:208)	C	189 - 208
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resseq 209:232)	C	209 - 232

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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