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- PDB-3u2r: Crystal structure of MarR transcription factor from Planctomyces ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3u2r
タイトルCrystal structure of MarR transcription factor from Planctomyces limnophilus
要素Regulatory protein MarR
キーワードtranscription regulator / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / helix-turn-helix
機能・相同性
機能・相同性情報


response to stress / DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能
: / MarR family / MarR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix multiple antibiotic resistance protein / MarR-type HTH domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Regulatory protein MarR
類似検索 - 構成要素
生物種Planctomyces limnophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Michalska, K. / Li, H. / Bearden, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of MarR transcription factor from Planctomyces limnophilus
著者: Michalska, K. / Li, H. / Bearden, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
履歴
登録2011年10月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Regulatory protein MarR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,8971
ポリマ－19,8971
非ポリマー00
水36020
1
A: Regulatory protein MarR

A: Regulatory protein MarR

A: Regulatory protein MarR

A: Regulatory protein MarR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,5884
ポリマ－79,5884
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z1
Buried area9530 Å2
ΔGint-88 kcal/mol
Surface area29610 Å2
手法PISA
2
A: Regulatory protein MarR

A: Regulatory protein MarR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,7942
ポリマ－39,7942
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
Buried area3550 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area16020 Å2
手法PISA
3
A: Regulatory protein MarR

A: Regulatory protein MarR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,7942
ポリマ－39,7942
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z1
Buried area1020 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area18550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.970, 64.970, 87.260
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212

-
要素

#1: タンパク質 Regulatory protein MarR / MarR transcription factor


分子量: 19897.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Planctomyces limnophilus (バクテリア)
株: DSM 3776 / 遺伝子: Plim_0262 / プラスミド: PMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) Magic / 参照: UniProt: D5SNV8
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.84 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.64 M malonic acid, 0.0875 M monoammonium malate, 0.14 M sodium acetate, 0.175 M sodium formate, 0.056 M ammonium tartrate, pH 7.0, 0.1 M Bis-Tris propane:NaOH, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, ...詳細: 0.64 M malonic acid, 0.0875 M monoammonium malate, 0.14 M sodium acetate, 0.175 M sodium formate, 0.056 M ammonium tartrate, pH 7.0, 0.1 M Bis-Tris propane:NaOH, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97929 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月3日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97929 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→40 Å / Num. all: 10039 / Num. obs: 9939 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 48.26 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.619 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 993 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
SHELXモデル構築
MLPHARE位相決定
直接法モデル構築
ARP/wARPモデル構築
Cootモデル構築
BUSTER2.10.0精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
SHELX位相決定
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.2→32.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9335 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8937 / SU R Cruickshank DPI: 0.511 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: HYDROGEN ATOMS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2533 993 10.03 %RANDOM
Rwork0.2012 ---
all0.2062 9900 --
obs0.2062 9900 99.01 %-
原子変位パラメータBiso mean: 60.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.1149 Å20 Å20 Å2
2---5.1149 Å20 Å2
3---10.2298 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.303 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→32.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1113 0 0 20 1133
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0142256HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.154081HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d656SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes34HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes326HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2256HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.62
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion3.23
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion144SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2530SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.46 Å / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2301 297 10.84 %
Rwork0.1847 2443 -
all0.19 2740 -
obs-2740 99.01 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.41510.6965-2.91043.6832-1.22593.32270.1911-0.54420.34470.3984-0.0557-0.1573-0.30390.2407-0.1354-0.02290.04190.0116-0.0489-0.0256-0.079730.743636.231417.7741
22.67740.5546-0.20975.3999-2.91046.35050.1520.0288-0.05940.342-0.20760.0224-0.22930.26740.0556-0.0939-0.10330.0357-0.03220.0293-0.048119.126816.262923.7424
34.32821.2362.63352.87740.11016.85750.2003-0.54420.22980.4385-0.14230.0306-0.16180.0764-0.058-0.0276-0.12390.075-0.0208-0.0239-0.080615.291112.972432.7917
42.5622.7983-1.80815.3229-2.65733.1426-0.06710.15760.1005-0.10260.21830.25850.1627-0.3003-0.1512-0.0641-0.00550.0025-0.01920.0067-0.136325.349628.84267.1204
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{A|9 - A|32}A9 - 32
2X-RAY DIFFRACTION2{A|33 - A|67}A33 - 67
3X-RAY DIFFRACTION3{A|68 - A|110}A68 - 110
4X-RAY DIFFRACTION4{A|111 - A|146}A111 - 146

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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