PDB-3u2f: ATP synthase c10 ring in proton-unlocked conformation at PH 8.3

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3u2f

タイトル

ATP synthase c10 ring in proton-unlocked conformation at PH 8.3

要素

ATP synthase subunit C, mitochondrial

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / F1FO ATP synthase / proton pore / c10 ring

機能・相同性

機能・相同性情報

proton-transporting ATP synthase complex / proton transmembrane transporter activity / proton motive force-driven ATP synthesis / : / mitochondrial intermembrane space / mitochondrial inner membrane / lipid binding / mitochondrion / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Symersky, J. / Pagadala, V. / Osowski, D. / Krah, A. / Meier, T. / Faraldo-Gomez, J. / Mueller, D.M.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Structure of the c(10) ring of the yeast mitochondrial ATP synthase in the open conformation.
著者: Symersky, J. / Pagadala, V. / Osowski, D. / Krah, A. / Meier, T. / Faraldo-Gomez, J.D. / Mueller, D.M.

履歴

登録	2011年10月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年2月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年4月18日	Group: Database references
改定 1.2	2012年6月13日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.4	2024年11月27日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3u2f.cif.gz	143.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3u2f.ent.gz	116.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3u2f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u2/3u2f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u2/3u2f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3u2yC 3u32C 3ud0C 2xokS 2wgm 2x2v 2xqu S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3ud0-1 3u2y-1 3zry-2 5bqj-1 4uuy-d 5bps-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#219 - 2018年3月液胞型ATPアーゼ (Vacuolar ATPase) 類似性 (7) #72 - 2005年12月 ATP合成酵素 (ATP Synthase) 類似性 (7)

登録構造単位

K: ATP synthase subunit C, mitochondrial

L: ATP synthase subunit C, mitochondrial

M: ATP synthase subunit C, mitochondrial

N: ATP synthase subunit C, mitochondrial

O: ATP synthase subunit C, mitochondrial

39 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

K: ATP synthase subunit C, mitochondrial

L: ATP synthase subunit C, mitochondrial

M: ATP synthase subunit C, mitochondrial

N: ATP synthase subunit C, mitochondrial

O: ATP synthase subunit C, mitochondrial

K: ATP synthase subunit C, mitochondrial

L: ATP synthase subunit C, mitochondrial

M: ATP synthase subunit C, mitochondrial

N: ATP synthase subunit C, mitochondrial

O: ATP synthase subunit C, mitochondrial

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
77.9 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.184, 54.184, 245.977
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	93
Space group name H-M	P4₂22

#1: タンパク質	ATP synthase subunit C, mitochondrial / Lipid-binding protein 分子量: 7790.385 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P61829
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.92 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.3 詳細: 68% MPD, 8% PROPYLENE GLYCOL, 0.3M NACL, 0.1M MALONATE PH 7.0, 2MM MGSO4, 50MM BICINE, PH 8.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 294K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→50 Å / Num. obs: 25587 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.6 % / B_iso Wilson estimate: 20 Å² / R_merge(I) obs: 0.08 / R_sym value: 0.08 / Net I/σ(I): 13.8
反射シェル	解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 7.7 % / R_merge(I) obs: 0.276 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 2438 / R_sym value: 0.276 / % possible all: 96.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2XOK, CHAINS K,L,M,N,O

2xok

解像度: 2→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / SU B: 6.522 / SU ML: 0.085 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.183 / ESU R Free: 0.151 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21618	1296	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19192	-	-	-
all	0.19316	24159	-	-
obs	0.19316	24159	97.79 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.728 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.7 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.7 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.4 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2643	0	0	67	2710

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	2792
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.042	2.002	3822
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.521	5	416
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.953	23.231	65
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.202	15	447
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	8.197	15	5
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.07	0.2	495
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	1976
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.413	1.5	1894
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.761	2	3034
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.68	3	898
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.773	4.5	763

LS精密化シェル

解像度: 1.999→2.051 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.24	99	-
R_work	0.197	1666	-
obs	-	1666	95.46 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6356	0.0215	-2.1573	0.3874	-1.4781	17.62	0.0411	-0.1183	0.0215	0.1145	0.0233	-0.0285	-0.0939	0.1308	-0.0644	0.075	-0.0153	-0.0137	0.0466	-0.0106	0.1179	34.9029	10.9289	32.5729
2	0.4062	0.1169	-1.8347	0.683	-1.5597	21.2646	0.0962	-0.1704	0.0311	0.2174	-0.0694	0.0296	-0.7809	0.7658	-0.0268	0.1243	-0.0322	-0.0137	0.1141	-0.0194	0.1687	35.1182	19.2157	27.2296
3	0.5656	0.1643	-0.7504	0.7152	-2.6994	17.5799	0.1258	-0.0832	0.0713	0.1468	0.0578	0.0224	-0.248	-0.185	-0.1836	0.0615	-0.0055	0.0039	0.0284	-0.0075	0.0956	26.9761	13.2859	31.6498
4	0.0822	-0.1608	-0.1359	0.8358	-2.0317	19.4315	-0.0272	-0.0586	0.0262	0.2633	-0.019	-0.0225	-0.9266	0.1467	0.0461	0.1351	-0.0198	0.0013	0.1152	-0.0164	0.155	22.4677	20.3271	27.7969
5	0.4448	0.0515	0.9845	1.0197	-3.1034	17.5269	0.085	-0.101	0.0244	0.1742	0.046	0.0626	-0.1789	-0.3367	-0.131	0.0478	-0.0051	0.015	0.0544	-0.0095	0.0992	19.1879	10.6255	31.6234
6	0.5043	0.0826	1.2716	0.5568	-2.0413	23.193	-0.0244	-0.1741	0.0788	0.206	-0.0112	0.0969	-0.938	-0.6097	0.0356	0.1228	0.0359	0.0234	0.1474	-0.0333	0.1687	11.4006	13.7979	28.3351
7	0.4182	-0.0991	2.5108	0.734	-1.6014	19.4751	0.0755	-0.0979	-0.0074	0.1715	0.1113	0.0751	-0.0456	-0.3548	-0.1867	0.0744	-0.0177	0.0211	0.0754	-0.009	0.1108	14.4468	3.9992	32.3733
8	0.8645	-0.1263	2.8092	0.4968	-1.3162	21.2986	-0.0524	-0.2652	0.0446	0.1915	0.0816	0.0536	-0.553	-1.1502	-0.0291	0.0901	0.0234	0.0346	0.1808	-0.0097	0.1773	6.3848	2.0092	27.9717
9	0.6765	-0.1268	2.6482	0.448	0.0174	19.3893	0.1015	-0.136	-0.063	0.1272	0.1048	0.0409	0.26	-0.3093	-0.2063	0.0813	-0.0089	0.0148	0.0664	0.0012	0.0955	14.4236	-4.2866	32.0474
10	0.921	0.1944	3.232	0.2972	0.6511	24.0195	0.0279	-0.2822	-0.0226	0.1446	-0.0825	0.1252	0.1749	-1.2312	0.0546	0.0968	-0.0284	0.029	0.1673	0.0037	0.181	9.11	-10.7193	27.9546

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	K	1 - 41
2	X-RAY DIFFRACTION	2	K	42 - 74
3	X-RAY DIFFRACTION	3	L	1 - 41
4	X-RAY DIFFRACTION	4	L	42 - 74
5	X-RAY DIFFRACTION	5	M	1 - 41
6	X-RAY DIFFRACTION	6	M	42 - 75
7	X-RAY DIFFRACTION	7	N	1 - 41
8	X-RAY DIFFRACTION	8	N	42 - 74
9	X-RAY DIFFRACTION	9	O	1 - 41
10	X-RAY DIFFRACTION	10	O	42 - 74

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)