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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3u27 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of ethanolamine utilization protein EutL from Leptotrichia buccalis C-1013-b | ||||||
要素 | Microcompartments protein | ||||||
キーワード | STRUCTURAL PROTEIN / Structural Genomics / PSI-Biology / MCSG / ALPHA-BETA-ALPHA fold / bacterial Microcompartment / SHELL PROTEIN / ETHANOLAMINE / Midwest Center for Structural Genomics | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Leptotrichia buccalis C-1013-b (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.852 Å | ||||||
データ登録者 | Wu, R. / Gu, M. / Kerfeld, C.A. / Salmeen, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of ethanolamine utilization protein EutL from Leptotrichia buccalis C-1013-b 著者: Wu, R. / Gu, M. / Kerfeld, C.A. / Salmeen, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3u27.cif.gz | 501.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3u27.ent.gz | 427.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3u27.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u2/3u27 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u2/3u27 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23022.420 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Leptotrichia buccalis C-1013-b (バクテリア) 株: DSM 1135 / 遺伝子: Lebu_0063 / プラスミド: PMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 MAGIC / 参照: UniProt: C7NCS6 #2: 化合物 | ChemComp-CA / #3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.59 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 4M Na Nitrate, 0.1M BistrisPropane 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298 K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å |
検出器 | タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月10日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.85→42 Å / Num. all: 179843 / Num. obs: 176454 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 21.41 Å2 / Rsym value: 0.1 / Net I/σ(I): 14.58 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 4.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.28 / Rsym value: 0.667 / % possible all: 99.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.852→34.417 Å / SU ML: 0.45 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 16.99 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 44.032 Å2 / ksol: 0.371 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.852→34.417 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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