PDB-3u24: The structure of a putative lipoprotein of unknown function from ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3u24

タイトル

The structure of a putative lipoprotein of unknown function from Shewanella oneidensis.

要素

putative Lipoprotein

キーワード

LIPID BINDING PROTEIN / COG4805 / DUF885 / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / putative lipoprotein

機能・相同性

Protein of unknown function DUF885 / Bacterial protein of unknown function (DUF885) / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / metal ion binding / ACETIC ACID / IMIDAZOLE / DUF885 family lipoprotein

機能・相同性情報

生物種

Shewanella oneidensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Cuff, M.E. / Hatzos-Skintges, C. / Bearden, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: The structure of a putative lipoprotein of unknown function from Shewanella oneidensis.
著者: Cuff, M.E. / Hatzos-Skintges, C. / Bearden, J. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2011年9月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年5月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3u24.cif.gz	249.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3u24.ent.gz	197.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3u24.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3u24_validation.pdf.gz	462.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3u24_full_validation.pdf.gz	464.1 KB	表示
XML形式データ	3u24_validation.xml.gz	28.4 KB	表示
CIF形式データ	3u24_validation.cif.gz	40.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u2/3u24 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u2/3u24	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5txc-1 5jay-d 2bf4-1 1itw-4 5txe-1 6m31-d 1j1w-2 1j1w-4 1itw-2 1r1j-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: apc102173

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #4 - 2000年4月コラーゲン (Collagen) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1) #116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (1) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1) #194 - 2016年2月人工設計インスリン (Designer Insulins) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#4 - 2000年4月
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光化学系I (Photosystem I)
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類似性 (1)
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多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
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インテグリン (Integrin)
類似性 (1)
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RecAとRad51 (RecA and Rad51)
類似性 (1)
#194 - 2016年2月
人工設計インスリン (Designer Insulins)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (1)

登録構造単位

A: putative Lipoprotein

ヘテロ分子

67.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	96.427, 96.427, 133.947
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-975- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	putative Lipoprotein 分子量: 66387.359 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 21-591 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Shewanella oneidensis (バクテリア) 株: MR-1 / 遺伝子: SO_2570 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) magic / 参照: UniProt: Q8EE20

-
非ポリマー , 6種, 405分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸分子量: 60.052 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₄O₂
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物	ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₅N₂
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 380 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.71 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.54 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.2M zinc acetate, 0.1M imidazole pH 8, 20% PEG 3000, 10% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97918 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月24日

放射

モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97918 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 9.2 % / Av σ(I) over netI: 26.23 / 数: 320044 / R_merge(I) obs: 0.101 / Χ²: 1.41 / D res high: 2.25 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 34837 / % possible obs: 99.9

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
6.1	50	99.3	1	0.068	3.593	8.7
4.85	6.1	100	1	0.07	2.372	9.5
4.23	4.85	100	1	0.059	1.926	9.7
3.85	4.23	100	1	0.062	1.835	9.8
3.57	3.85	100	1	0.07	1.762	9.7
3.36	3.57	100	1	0.081	1.598	9.6
3.19	3.36	100	1	0.092	1.441	9.5
3.05	3.19	100	1	0.114	1.283	9.4
2.94	3.05	100	1	0.132	1.202	9.3
2.83	2.94	100	1	0.153	1.125	9.2
2.75	2.83	100	1	0.174	1.025	9.2
2.67	2.75	99.9	1	0.199	1.029	9.2
2.6	2.67	99.9	1	0.24	1.008	9.2
2.53	2.6	99.9	1	0.278	0.98	9.2
2.48	2.53	99.8	1	0.279	0.92	9.2
2.42	2.48	99.9	1	0.308	0.94	9.2
2.38	2.42	99.9	1	0.353	0.936	9.1
2.33	2.38	100	1	0.396	0.904	9.1
2.29	2.33	99.8	1	0.436	0.979	8.3
2.25	2.29	100	1	0.474	1.013	7.6

反射

解像度: 2.25→50 Å / Num. all: 34837 / Num. obs: 34837 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.2 % / R_merge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 9.2

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2.25-2.29	7.6	0.474	1	100
2.29-2.33	8.3	0.436	1	99.8
2.33-2.38	9.1	0.396	1	100
2.38-2.42	9.1	0.353	1	99.9
2.42-2.48	9.2	0.308	1	99.9
2.48-2.53	9.2	0.279	1	99.8
2.53-2.6	9.2	0.278	1	99.9
2.6-2.67	9.2	0.24	1	99.9
2.67-2.75	9.2	0.199	1	99.9
2.75-2.83	9.2	0.174	1	100
2.83-2.94	9.2	0.153	1	100
2.94-3.05	9.3	0.132	1	100
3.05-3.19	9.4	0.114	1	100
3.19-3.36	9.5	0.092	1	100
3.36-3.57	9.6	0.081	1	100
3.57-3.85	9.7	0.07	1	100
3.85-4.23	9.8	0.062	1	100
4.23-4.85	9.7	0.059	1	100
4.85-6.1	9.5	0.07	1	100
6.1-50	8.7	0.068	1	99.3

-
位相決定

位相決定

手法:

単波長異常分散

Phasing MAD

D res high: 2.25 Å / D res low: 50 Å / FOM : 0.264 / FOM acentric: 0.292 / FOM centric: 0 / 反射: 34738 / Reflection acentric: 31329 / Reflection centric: 3409

Phasing MAD set

R cullis acentric: 1.99 / R cullis centric: 1 / 最高解像度: 2.25 Å / 最低解像度: 50 Å / Loc acentric: 0.2 / Loc centric: 0.1 / Power acentric: 0 / Power centric: 0 / Reflection acentric: 31329 / Reflection centric: 3409

Phasing MAD set shell

ID: 1 / R cullis centric: 1 / Power acentric: 0 / Power centric: 0

解像度 (Å)	R cullis acentric	Loc acentric	Loc centric	Reflection acentric	Reflection centric
13.69-50	1.48	0.5	0.3	95	77
7.93-13.69	1.17	0.5	0.3	519	177
5.58-7.93	2.04	0.5	0.2	1278	278
4.31-5.58	1.37	0.4	0.2	2363	386
3.51-4.31	1.38	0.3	0.2	3789	472
2.96-3.51	1.93	0.2	0.1	5559	585
2.56-2.96	2.95	0.2	0.1	7657	665
2.25-2.56	3.37	0.1	0	10069	769

Phasing MAD set site

Atom type symbol: Se / Occupancy iso: 0

ID	B iso	Fract x	Fract y	Fract z	Occupancy
1	34.9179	0.464	0.016	0.07	3.793
2	30.5304	0.311	-0.03	-0.027	3.194
3	27.6052	0.502	-0.088	0.28	3.125
4	30.7357	0.487	-0.263	0.093	2.909
5	30.5601	0.329	-0.013	0.005	2.78
6	25.3649	0.104	-0.197	0.046	3.013
7	36.4372	0.123	-0.348	0.115	3.211
8	24.7069	0.185	-0.112	-0.032	2.878
9	71.6938	0.105	-0.204	-0.02	3.195
10	34.5144	0.413	-0.101	0.037	2.805
11	55.8156	0.033	-0.385	0.039	2.922
12	28.635	0.14	-0.308	0.065	2.409
13	30.5814	0.304	-0.146	0.139	2.648
14	33.4021	0.144	-0.251	0.14	2.154
15	25.9077	0.303	-0.187	-0.001	1.782
16	43.9658	0.052	-0.285	-0.105	1.467
17	36.127	0.565	0.014	0.129	1.324
18	35.3084	0.531	-0.078	0.15	1.346
19	52.5159	0.282	-0.236	0.269	1.363
20	99.7199	0.661	0.147	0.096	1.633
21	30.634	0.153	-0.104	-0.08	0.731
22	48.928	0.327	-0.049	-0.018	0.505

Phasing MAD shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
13.69-50	0.243	0.439	172	95	77
7.93-13.69	0.401	0.538	696	519	177
5.58-7.93	0.441	0.536	1556	1278	278
4.31-5.58	0.429	0.5	2749	2363	386
3.51-4.31	0.405	0.456	4261	3789	472
2.96-3.51	0.329	0.364	6144	5559	585
2.56-2.96	0.221	0.24	8322	7657	665
2.25-2.56	0.128	0.137	10838	10069	769

Phasing dm

手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 34738

Phasing dm shell

解像度 (Å)	Delta phi final	FOM	反射
9.5-100	68	0.547	518
7.5-9.5	65.3	0.872	505
6.39-7.5	60.6	0.848	606
5.66-6.39	64.5	0.873	695
5.13-5.66	59.8	0.896	774
4.73-5.13	60	0.914	830
4.41-4.73	60.8	0.92	895
4.15-4.41	61.5	0.922	950
3.93-4.15	60.5	0.92	993
3.74-3.93	60.6	0.927	1047
3.57-3.74	60	0.913	1107
3.43-3.57	60.7	0.916	1127
3.3-3.43	65.2	0.905	1182
3.19-3.3	63	0.909	1238
3.08-3.19	65.5	0.901	1287
2.99-3.08	64.6	0.895	1313
2.9-2.99	65.2	0.896	1326
2.82-2.9	67.4	0.9	1368
2.75-2.82	70.9	0.911	1436
2.68-2.75	70.6	0.909	1449
2.62-2.68	72.7	0.903	1498
2.56-2.62	72.1	0.901	1554
2.51-2.56	74	0.911	1539
2.46-2.51	76	0.916	1593
2.41-2.46	76	0.91	1588
2.36-2.41	77.2	0.909	1647
2.32-2.36	79.4	0.904	1674
2.25-2.32	80.2	0.87	2999

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MLPHARE		位相決定
直接法	6	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
SHELXD		位相決定
SHELXE		モデル構築
SOLVE		位相決定
RESOLVE		位相決定
ARP/wARP		モデル構築
CCP4		位相決定
O		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.25→39.37 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.936 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 9.287 / SU ML: 0.121 / SU R Cruickshank DPI: 0.2237 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.224 / ESU R Free: 0.177
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20045	1747	5 %	RANDOM
R_work	0.1621	-	-	-
obs	0.16409	33008	99.9 %	-
all	-	34755	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.158 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.12 Å²	-0.06 Å²	0 Å²
2-	-	-0.12 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.18 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.25→39.37 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4412	0	59	380	4851

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.02	4593
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3130
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.494	1.952	6205
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.943	3	7611
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.271	5	552
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.723	24.558	226
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.744	15	797
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.413	15	24
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	657
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	5120
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	962
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.25→2.308 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.264	103	-
R_work	0.192	2256	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5112	-0.1162	-0.0596	0.3762	-0.0558	0.3444	0.0581	-0.0181	-0.0162	0.0288	-0.0674	-0.0733	0.033	0.0305	0.0093	0.1272	-0.0654	-0.0236	0.0708	0.018	0.0928	7.2077	53.8551	6.5653
2	0.9097	0.1384	0.3939	0.6834	0.2198	1.5294	0.0096	-0.0433	0.0486	-0.1521	-0.0047	0.0833	0.0366	-0.3324	-0.0049	0.1055	-0.056	0.0001	0.1023	0.0129	0.1003	-28.0223	70.2795	-5.9462
3	4.038	-0.858	0.0034	0.2642	-0.2717	0.9258	-0.1104	0.678	-0.2972	0.0316	-0.1148	-0.0049	0.0117	-0.0082	0.2252	0.1309	-0.0428	0.0224	0.1721	-0.0835	0.1055	-3.4783	68.082	-13.1143
4	0.679	0.1628	0.5139	0.1353	0.1324	0.5934	-0.0299	0.0288	0.06	0.0008	0.0217	0.0241	-0.0159	-0.0479	0.0082	0.1516	-0.0707	0.0275	0.0595	0.0062	0.1261	-14.7242	71.8874	-2.4485
5	0.9293	0.1003	0.0655	1.4584	-0.3098	0.396	0.0919	-0.1382	0.1082	0.0002	-0.0763	0.069	-0.0414	-0.0499	-0.0156	0.1464	-0.0751	0.0159	0.0713	-0.0284	0.0873	-12.9614	69.2035	10.1803

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	39 - 294
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	295 - 359
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	360 - 404
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	405 - 486
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	487 - 591

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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