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- PDB-3u0z: Tetramerization dynamics of the C-terminus underlies isoform-spec... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3u0z
タイトルTetramerization dynamics of the C-terminus underlies isoform-specific cAMP-gating in HCN channels
要素Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 1
キーワードTRANSPORT PROTEIN / helix / beta sheet / cNMP binding
機能・相同性
機能・相同性情報


HCN channels / intracellular cAMP-activated cation channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / positive regulation of membrane hyperpolarization / general adaptation syndrome, behavioral process / HCN channel complex / retinal cone cell development / intracellularly cAMP-activated cation channel activity / negative regulation of action potential / regulation of membrane depolarization / apical dendrite ...HCN channels / intracellular cAMP-activated cation channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / positive regulation of membrane hyperpolarization / general adaptation syndrome, behavioral process / HCN channel complex / retinal cone cell development / intracellularly cAMP-activated cation channel activity / negative regulation of action potential / regulation of membrane depolarization / apical dendrite / maternal behavior / apical protein localization / response to L-glutamate / voltage-gated monoatomic cation channel activity / voltage-gated sodium channel activity / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / regulation of postsynaptic membrane potential / voltage-gated potassium channel activity / neuronal action potential / cellular response to interferon-beta / cAMP binding / presynaptic active zone membrane / axon terminus / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / potassium ion transmembrane transport / dendrite membrane / cellular response to cAMP / dendritic shaft / response to calcium ion / basolateral plasma membrane / protein homotetramerization / postsynaptic membrane / axon / neuronal cell body / dendrite / glutamatergic synapse / cell surface / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Helix hairpin bin / Ion transport N-terminal / Ion transport protein N-terminal / : / Potassium channel, voltage-dependent, EAG/ELK/ERG / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. ...Helix hairpin bin / Ion transport N-terminal / Ion transport protein N-terminal / : / Potassium channel, voltage-dependent, EAG/ELK/ERG / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Ion transport domain / Ion transport protein / Helix Hairpins / Jelly Rolls / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE / Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Lolicato, M. / Nardini, M. / Gazzarrini, S. / Moller, S. / Bertinetti, D. / Herberg, F.W. / Bolognesi, M. / Martin, H. / Fasolini, M. / Bertrand, J.A. ...Lolicato, M. / Nardini, M. / Gazzarrini, S. / Moller, S. / Bertinetti, D. / Herberg, F.W. / Bolognesi, M. / Martin, H. / Fasolini, M. / Bertrand, J.A. / Arrigoni, C. / Thiel, G. / Moroni, A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Tetramerization dynamics of C-terminal domain underlies isoform-specific cAMP gating in hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channels.
著者: Lolicato, M. / Nardini, M. / Gazzarrini, S. / Moller, S. / Bertinetti, D. / Herberg, F.W. / Bolognesi, M. / Martin, H. / Fasolini, M. / Bertrand, J.A. / Arrigoni, C. / Thiel, G. / Moroni, A.
履歴
登録2011年9月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月10日Group: Database references
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 1
B: Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,7214
ポリマ－49,0622
非ポリマー6582
水88349
1
A: Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 1
ヘテロ分子

A: Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 1
ヘテロ分子

A: Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 1
ヘテロ分子

A: Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,4418
ポリマ－98,1244
非ポリマー1,3174
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_445-x-1,-y-1,z1
crystal symmetry operation3_455-y-1,x,z1
crystal symmetry operation4_545y,-x-1,z1
Buried area11250 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area40580 Å2
手法PISA
2
B: Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 1
ヘテロ分子

B: Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 1
ヘテロ分子

B: Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 1
ヘテロ分子

B: Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,4418
ポリマ－98,1244
非ポリマー1,3174
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
Buried area11280 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area40620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.670, 97.670, 113.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: 2 / Auth seq-ID: 390 - 588 / Label seq-ID: 8 - 206

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 1 / Brain cyclic nucleotide-gated channel 1 / BCNG-1 / Hyperpolarization-activated cation channel 2 / HAC-2


分子量: 24531.117 Da / 分子数: 2 / 断片: C-TERMINAL DOMAIN (UNP RESIDUES 390-592) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Hcn1, Bcng1, Hac2 / プラスミド: modified pET-24 with LIC cloning cassette / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): K12 Rosetta codon plus / 参照: UniProt: O88704
#2: 化合物 ChemComp-CMP / ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE / CYCLIC AMP / CAMP / cAMP


分子量: 329.206 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12N5O6P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.29 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5
詳細: 20-22% PEG 3350, 0.4M Sodium Acetate buffer (pH 5.0), VAPOR DIFFUSION, temperature 278K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97238 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月26日
放射モノクロメーター: Si(311) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97238 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→43.78 Å / Num. obs: 11821 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 12.5 / Observed criterion σ(I): 12.5 / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.12
反射 シェル解像度: 2.9→3.06 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.485 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1Q43

1q43


解像度: 2.9→43.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.857 / SU B: 16.696 / SU ML: 0.312 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R Free: 0.444 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27497 560 4.7 %RANDOM
Rwork0.20496 ---
all0.20812 ---
obs0.20812 11258 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.646 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.05 Å20 Å20 Å2
2---0.05 Å20 Å2
3---0.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→43.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3278 0 44 49 3371
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0223399
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7081.9784570
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1785397
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.04223.22177
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.15115632
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.41533
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1120.2478
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212573
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6581.51981
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.35923195
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.00431418
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4924.51374
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
794tight positional0.020.05
836medium positional0.030.5
794tight thermal0.170.5
836medium thermal0.222
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.975 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.484 47 -
Rwork0.3 828 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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