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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3u0v | ||||||
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タイトル | Crystal Structure Analysis of human LYPLAL1 | ||||||
要素 | Lysophospholipase-like protein 1 | ||||||
キーワード | HYDROLASE / alpha / beta hydrolase fold | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 palmitoyl[protein] hydrolase / palmitoyl-(protein) hydrolase activity / lysophospholipase activity / carboxylic ester hydrolase activity / hydrolase activity, acting on ester bonds / negative regulation of cGAS/STING signaling pathway / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.72 Å | ||||||
データ登録者 | Burger, M. / Zimmermann, T.J. / Kondoh, Y. / Stege, P. / Watanabe, N. / Osada, H. / Waldmann, H. / Vetter, I.R. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Lipid Res. / 年: 2012 タイトル: Crystal structure of the predicted phospholipase LYPLAL1 reveals unexpected functional plasticity despite close relationship to acyl protein thioesterases 著者: Burger, M. / Zimmermann, T.J. / Kondoh, Y. / Stege, P. / Watanabe, N. / Osada, H. / Waldmann, H. / Vetter, I.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3u0v.cif.gz | 61.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3u0v.ent.gz | 43.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3u0v.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3u0v_validation.pdf.gz | 437.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3u0v_full_validation.pdf.gz | 441.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3u0v_validation.xml.gz | 12.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3u0v_validation.cif.gz | 17.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u0/3u0v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u0/3u0v | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1fj2S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26521.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LYPLAL1 / プラスミド: pGEX 4T1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Codon +RIL 参照: UniProt: Q5VWZ2, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3価のアルコールのエステル加水分解酵素 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
配列の詳細 | THE SEQUENCE IS BASED ON REF 1 AND 3 OF DATABASE UNIPROTKB/SWISSPROT Q5VWZ2 (LYPL1_HUMAN). I131M IS ...THE SEQUENCE IS BASED ON REF 1 AND 3 OF DATABASE UNIPROTKB/SWISSPROT Q5VWZ2 (LYPL1_HUMAN). I131M IS NATURAL VARIANT. |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.36 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 25% w/v PEG 3350, 0.1M Bis-Tris pH 5.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9786 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年10月6日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: SI(111) MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9786 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.72→33.73 Å / Num. obs: 23960 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 25.419 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 17.54 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1fj2 解像度: 1.72→33.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / WRfactor Rfree: 0.1909 / WRfactor Rwork: 0.1582 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.47 / FOM work R set: 0.8823 / SU B: 1.941 / SU ML: 0.064 / SU R Cruickshank DPI: 0.1099 / SU Rfree: 0.1088 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.109 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 67.48 Å2 / Biso mean: 19.6591 Å2 / Biso min: 5.66 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.72→33.73 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.72→1.765 Å / Total num. of bins used: 20
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