PDB-3u0o: The crystal structure of selenophosphate synthetase from E. coli

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3u0o

タイトル

The crystal structure of selenophosphate synthetase from E. coli

要素

Selenide, water dikinase

キーワード

TRANSFERASE / ATP binding protein / selenophosphate synthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

tRNA seleno-modification / selenide, water dikinase / selenide, water dikinase activity / selenocysteine biosynthetic process / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / ATP binding / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Noinaj, N. / Wattanasak, R. / Wally, J. / Stadtman, T. / Buchanan, S.K.

引用

ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2012
タイトル: Structural insights into the catalytic mechanism of Escherichia coli selenophosphate synthetase.
著者: Noinaj, N. / Wattanasak, R. / Lee, D.Y. / Wally, J.L. / Piszczek, G. / Chock, P.B. / Stadtman, T.C. / Buchanan, S.K.

履歴

登録	2011年9月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年3月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3u0o.cif.gz	248.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3u0o.ent.gz	201.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3u0o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3u0o_validation.pdf.gz	442.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3u0o_full_validation.pdf.gz	463.3 KB	表示
XML形式データ	3u0o_validation.xml.gz	26.6 KB	表示
CIF形式データ	3u0o_validation.cif.gz	36 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u0/3u0o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u0/3u0o	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2zodS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6sjp-d 6sj8-d 2i6r-1 6sjr-d 6sjs-d 2yxz-2 2z1t-1 3wjr-1 3q2g-d 2rb9-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (9)

登録構造単位

A: Selenide, water dikinase

B: Selenide, water dikinase

ヘテロ分子

73.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	102.347, 102.347, 140.669
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Selenide, water dikinase / Selenium donor protein / Selenophosphate synthase 分子量: 36724.176 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: selD, fdhB, b1764, JW1753 / プラスミド: pGP1-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P16456, selenide, water dikinase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.52 %
結晶化	温度: 298 K / pH: 7.5 詳細: 50 mM Tris-HCl, 50 mM MgCl2, 32% PEG MME 550, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月28日
放射	モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.25→30 Å / Num. obs: 40980 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 7.4 % / R_sym value: 0.056 / Net I/σ(I): 32.7
反射シェル	解像度: 2.25→2.49 Å / 冗長度: 5.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / R_sym value: 0.555 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SERGUI		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.2_865)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2ZOD

2zod

解像度: 2.25→28.983 Å / SU ML: 0.34 / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 30.48 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2639	2055	5.01 %
R_work	0.2218	-	-
obs	0.2239	40980	99.85 %
all	-	41016	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 78.237 Å² / k_sol: 0.314 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	8.2865 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	8.2865 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-16.5729 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.25→28.983 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4567	0	2	52	4621

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	4648
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.522	6337
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.272	1605
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.094	752
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.011	843

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2497-2.302	0.416	130	0.4074	2548	X-RAY DIFFRACTION	99
2.302-2.3595	0.4049	127	0.3765	2561	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3595-2.4233	0.3273	131	0.3268	2594	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4233-2.4945	0.3502	124	0.2905	2571	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4945-2.575	0.3001	122	0.2711	2566	X-RAY DIFFRACTION	100
2.575-2.667	0.2988	144	0.2674	2564	X-RAY DIFFRACTION	100
2.667-2.7737	0.3128	153	0.2643	2564	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7737-2.8998	0.3728	120	0.2544	2596	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8998-3.0525	0.3427	154	0.2597	2573	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0525-3.2435	0.3384	126	0.2435	2569	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2435-3.4936	0.2749	148	0.2364	2591	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4936-3.8445	0.2352	162	0.2069	2585	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8445-4.3991	0.2128	140	0.1818	2621	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3991-5.5361	0.2392	145	0.1776	2651	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5361-28.9855	0.2362	129	0.2102	2771	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.054	-2.088	-1.7267	8.9297	0.0081	2.3317	0.094	0.2993	-0.1098	0.0355	-0.2103	0.2163	0.2427	-0.3901	0.1015	0.3313	0.0096	-0.0068	1.1202	-0.1177	0.478	40.1437	32.9366	7.9637
2	2.477	-1.0592	0.2623	1.3265	-0.3795	2.7401	-0.0283	-0.1932	-0.4332	0.0669	0.2778	0.4487	0.3782	-0.8476	-0.2225	0.3985	-0.0611	-0.0527	1.1494	-0.0105	0.6806	26.0134	31.2403	22.5617
3	8.2783	-0.2425	7.8897	8.1382	0.3853	8.6261	-0.5038	1.6421	-0.3837	-1.1824	-0.1532	-1.1869	0.8175	1.2061	0.1758	0.939	-0.077	0.1521	1.6422	0.0534	0.8064	57.2422	24.405	0.8497
4	2.7043	-1.8175	0.0461	4.9342	-1.9256	3.5759	0.2782	0.5766	0.2213	-0.316	-0.1995	-0.2181	0.2015	0.2638	-0.1082	0.3201	-0.0008	0.0289	0.9497	-0.0735	0.4354	51.3458	37.6459	7.9368
5	5.624	0.3448	-0.6924	2.5475	1.2923	0.8307	-0.1402	0.5335	0.9213	-0.8361	0.6476	0.5448	-0.46	-0.7599	-0.4825	0.5837	0.0245	-0.0393	0.9287	0.0415	0.5284	50.6563	48.3147	-3.6877
6	4.3802	0.31	1.0982	4.2292	1.4006	6.3179	0.0777	0.107	0.3598	-0.5926	0.2475	-0.6803	-0.5402	2.0088	-0.2433	0.5833	-0.1674	0.0982	1.1781	-0.0293	0.5866	67.3672	41.6587	-7.6161

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 29:147)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 148:345)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resseq 13:33)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resseq 34:147)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resseq 148:172)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resseq 173:347)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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