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- PDB-3u0d: The structure of human Siderocalin bound to the bacterial siderop... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3u0d
タイトルThe structure of human Siderocalin bound to the bacterial siderophore 2,3-DHBA
要素Neutrophil gelatinase-associated lipocalin
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / siderophore / beta-barrel / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of iron ion import across plasma membrane / positive regulation of hippocampal neuron apoptotic process / positive regulation of endothelial tube morphogenesis / negative regulation of hippocampal neuron apoptotic process / positive regulation of cell projection organization / Metal sequestration by antimicrobial proteins / siderophore transport / response to kainic acid / response to mycotoxin / response to blue light ...positive regulation of iron ion import across plasma membrane / positive regulation of hippocampal neuron apoptotic process / positive regulation of endothelial tube morphogenesis / negative regulation of hippocampal neuron apoptotic process / positive regulation of cell projection organization / Metal sequestration by antimicrobial proteins / siderophore transport / response to kainic acid / response to mycotoxin / response to blue light / cellular response to increased oxygen levels / response to fructose / cellular response to X-ray / short-term memory / cellular response to interleukin-6 / iron ion sequestering activity / enterobactin binding / response to herbicide / response to iron(II) ion / positive regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / cellular response to interleukin-1 / long-term memory / cellular response to nutrient levels / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / positive regulation of endothelial cell migration / acute-phase response / Iron uptake and transport / cellular response to nerve growth factor stimulus / response to virus / specific granule lumen / cellular response to hydrogen peroxide / cellular response to amyloid-beta / cellular response to tumor necrosis factor / positive regulation of cold-induced thermogenesis / cellular response to lipopolysaccharide / protease binding / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / cellular response to hypoxia / defense response to bacterium / iron ion binding / response to xenobiotic stimulus / innate immune response / Neutrophil degranulation / positive regulation of gene expression / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Neutrophil gelatinase-associated lipocalin/epididymal-specific lipocalin-12 / Lipocalin / Lipocalin family conserved site / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Lipocalin signature. / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2,3-DIHYDROXY-BENZOIC ACID / : / Neutrophil gelatinase-associated lipocalin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.51 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2012
タイトル: Siderocalin/Lcn2/NGAL/24p3 does not drive apoptosis through gentisic acid mediated iron withdrawal in hematopoietic cell lines.
著者: Correnti, C. / Richardson, V. / Sia, A.K. / Bandaranayake, A.D. / Ruiz, M. / Suryo Rahmanto, Y. / Kovacevic, Z. / Clifton, M.C. / Holmes, M.A. / Kaiser, B.K. / Barasch, J. / Raymond, K.N. / ...著者: Correnti, C. / Richardson, V. / Sia, A.K. / Bandaranayake, A.D. / Ruiz, M. / Suryo Rahmanto, Y. / Kovacevic, Z. / Clifton, M.C. / Holmes, M.A. / Kaiser, B.K. / Barasch, J. / Raymond, K.N. / Richardson, D.R. / Strong, R.K.
履歴
登録2011年9月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月9日Group: Database references
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neutrophil gelatinase-associated lipocalin
B: Neutrophil gelatinase-associated lipocalin
C: Neutrophil gelatinase-associated lipocalin
D: Neutrophil gelatinase-associated lipocalin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,57123
ポリマ－90,3924
非ポリマー2,17919
水3,315184
1
A: Neutrophil gelatinase-associated lipocalin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,1526
ポリマ－22,5981
非ポリマー5545
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Neutrophil gelatinase-associated lipocalin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,1526
ポリマ－22,5981
非ポリマー5545
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Neutrophil gelatinase-associated lipocalin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,1165
ポリマ－22,5981
非ポリマー5184
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Neutrophil gelatinase-associated lipocalin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,1526
ポリマ－22,5981
非ポリマー5545
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)117.476, 116.452, 120.194
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細C107S mutant forces monomer

-
要素

#1: タンパク質
Neutrophil gelatinase-associated lipocalin / NGAL / 25 kDa alpha-2-microglobulin-related subunit of MMP-9 / Lipocalin-2 / Oncogene 24p3 / p25


分子量: 22597.963 Da / 分子数: 4 / 変異: C107S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LCN2, HNL, NGAL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3+RIL / 参照: UniProt: P80188
#2: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物
ChemComp-DBH / 2,3-DIHYDROXY-BENZOIC ACID


分子量: 154.120 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O4
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 184 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.95 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: HosaA.18070.a at 10mg/ml. 1.3M Ammonium sulfate, 0.2M Lithium sulfate, 50mM sodium chloride, 0.1M sodium acetate, pH 4.5. Cryo protection 15% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月1日
放射モノクロメーター: Asymmetric curved crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.428
11K, H, -L20.572
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 55324 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.118 / Χ2: 1.027 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.5-2.546.20.47927571199.7
2.54-2.596.20.40927531.04199.8
2.59-2.646.20.37827721.093199.6
2.64-2.696.20.33527441.095199.5
2.69-2.756.20.28127491.086199.5
2.75-2.826.20.23827981.053199.4
2.82-2.896.20.22527211.085199.3
2.89-2.966.20.18627771.091199.4
2.96-3.056.20.15827511.033199.2
3.05-3.156.20.14627430.994198.7
3.15-3.266.20.13227710.975199.1
3.26-3.396.20.11927820.961199
3.39-3.556.20.11127320.973198.5
3.55-3.736.20.11127601.014198.3
3.73-3.976.20.10527760.983198.4
3.97-4.276.20.1127481.079197.8
4.27-4.76.20.11827541.031197.9
4.7-5.386.10.11427751.027197.1
5.38-6.7860.08827930.948196.5
6.78-506.10.07528680.972194.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.51 Å42.01 Å
Translation2.51 Å42.01 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.3.0位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1L6M

1l6m


解像度: 2.51→42.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.902 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.877 / WRfactor Rfree: 0.3074 / WRfactor Rwork: 0.2604 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.7615 / SU B: 13.648 / SU ML: 0.156 / SU R Cruickshank DPI: 0.0639 / SU Rfree: 0.0541 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.054 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2882 5498 9.9 %RANDOM
Rwork0.2469 ---
obs0.251 55279 97.17 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 85.97 Å2 / Biso mean: 41.7926 Å2 / Biso min: 19.78 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.58 Å20 Å20 Å2
2--3.6 Å20 Å2
3----7.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.51→42.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5550 0 139 184 5873
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.025845
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023914
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4811.9847947
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9573.0029541
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8715698
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.93724.574258
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.64915939
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.8211520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2846
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0216480
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021212
LS精密化 シェル解像度: 2.512→2.577 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.367 352 -
Rwork0.285 2906 -
all-3258 -
obs--78.64 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.41141.9357-0.25851.6337-0.91060.82770.00530.2139-0.0634-0.109-0.0441-0.08970.0130.18860.03880.1959-0.00620.03240.13950.02890.150928.39597.4253-4.4102
21.2912-0.5005-0.64461.0749-0.0112.1838-0.0036-0.13390.10790.06990.00160.0846-0.0964-0.18040.00190.17310.0179-0.01040.1055-0.02320.204212.911714.2834.2774
31.61680.3109-0.57231.9497-0.74421.48790.0074-0.00010.01660.0247-0.0335-0.0081-0.04810.03350.02620.1830.0108-0.03140.1138-0.01250.154819.388511.9649-2.1981
40.76360.4129-1.11541.6639-0.55671.994-0.1244-0.1755-0.13110.0528-0.113-0.06130.01080.08660.23730.17610.0398-0.03540.17870.01930.167222.88025.840411.0686
55.5676-0.1969-0.42533.4211-1.87953.4987-0.27270.2379-0.24810.0470.24290.1339-0.0990.01610.02980.22770.02720.07590.13260.04670.211716.7224-4.9241-27.4144
61.3985-0.15220.08551.3303-0.19272.28830.01810.07810.1048-0.1067-0.08810.1132-0.1806-0.10280.070.14860.02120.00110.0791-0.01020.166816.760915.7495-32.9009
72.79470.7407-1.20391.793-0.8662.39920.0165-0.09210.020.0818-0.02730.02010.0382-0.02790.01080.19510.0146-0.02090.065-0.03640.115417.261910.8804-25.2149
81.6594-0.0245-0.35271.3627-0.47131.4759-0.04440.062-0.0666-0.1752-0.1143-0.00140.09620.04440.15870.19720.00520.00450.0693-0.04960.134821.7936.2188-38.3163
91.76250.5906-0.4393.70120.36750.90280.2216-0.08880.11690.1422-0.24030.00890.0122-0.14110.01870.2373-0.0751-0.03280.1615-0.0340.147-0.9758-18.8462-9.2058
101.93390.8888-0.59951.5418-0.29973.11410.11380.12220.0271-0.0884-0.10920.12790.0059-0.3817-0.00460.2357-0.0221-0.00790.1205-0.00390.2065-0.0891-12.4825-19.5787
112.52341.04620.42592.6180.22751.15380.197-0.1253-0.00620.0348-0.16240.00970.0099-0.0816-0.03460.2324-0.06510.01760.1233-0.00750.16890.1586-18.7143-10.4936
122.07711.4869-0.44553.0366-1.60721.94280.1657-0.255-0.30760.1106-0.3428-0.6415-0.065-0.00270.17710.2423-0.077-0.02370.15850.02330.23969.3602-22.6106-9.5495
138.6648-0.84245.93093.39320.551610.3239-0.1378-0.06980.08520.04430.25950.0374-0.1283-0.4443-0.12180.2627-0.1760.04870.3249-0.04570.275961.174534.4514-19.2797
142.21560.5403-0.84222.33870.14941.0875-0.21220.0567-0.17230.01760.22080.0637-0.0406-0.0289-0.00860.2776-0.08160.00640.1823-0.01430.18945.360425.7115-19.6573
151.12790.5026-0.29431.282-0.89172.3395-0.1552-0.05110.12780.14480.18140.1659-0.4398-0.1014-0.02620.23920.0163-0.00570.16520.01130.227540.379230.4427-10.8862
162.32680.88070.09591.59990.10580.7785-0.14660.1448-0.1256-0.12470.1505-0.0746-0.1280.0719-0.00390.1864-0.07350.00980.10870.00340.151749.279625.6132-19.4508
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 21
2X-RAY DIFFRACTION2A22 - 86
3X-RAY DIFFRACTION3A87 - 143
4X-RAY DIFFRACTION4A144 - 178
5X-RAY DIFFRACTION5B3 - 15
6X-RAY DIFFRACTION6B16 - 87
7X-RAY DIFFRACTION7B88 - 127
8X-RAY DIFFRACTION8B128 - 177
9X-RAY DIFFRACTION9C5 - 43
10X-RAY DIFFRACTION10C44 - 101
11X-RAY DIFFRACTION11C102 - 149
12X-RAY DIFFRACTION12C150 - 178
13X-RAY DIFFRACTION13D5 - 15
14X-RAY DIFFRACTION14D16 - 48
15X-RAY DIFFRACTION15D49 - 99
16X-RAY DIFFRACTION16D100 - 178

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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