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- PDB-3u07: Crystal Structure of the VPA0106 protein from Vibrio parahaemolyt... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3u07
タイトルCrystal Structure of the VPA0106 protein from Vibrio parahaemolyticus. Northeast Structural Genomics Consortium Target VpR106.
要素uncharacterized protein VPA0106
キーワードStructural Genomics / Unknown Function / PSI-Biology / Protein Structure Initiative / NESG / Northeast Structural Genomics Consortium
機能・相同性
機能・相同性情報


Jelly Rolls - #1600 / Domain of unknown function DUF1254 / Domain of unknown function DUF1254 superfamily / Protein of unknown function (DUF1254) / Domain of unknown function DUF1214 / Protein of unknown function (DUF1214) / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DUF1254 domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio parahaemolyticus (腸炎ビブリオ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.083 Å
データ登録者Vorobiev, S. / Neely, H. / Seetharaman, J. / Patel, P. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Wang, H. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. ...Vorobiev, S. / Neely, H. / Seetharaman, J. / Patel, P. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Wang, H. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the VPA0106 protein from Vibrio parahaemolyticus.
著者: Vorobiev, S. / Neely, H. / Seetharaman, J. / Patel, P. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Wang, H. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F.
履歴
登録2011年9月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: uncharacterized protein VPA0106
B: uncharacterized protein VPA0106
C: uncharacterized protein VPA0106


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)153,4523
ポリマ－153,4523
非ポリマー00
水14,052780
1
A: uncharacterized protein VPA0106


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,1511
ポリマ－51,1511
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: uncharacterized protein VPA0106


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,1511
ポリマ－51,1511
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: uncharacterized protein VPA0106


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,1511
ポリマ－51,1511
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.445, 96.320, 100.540
Angle α, β, γ (deg.)60.610, 80.870, 86.550
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細monomer,55.15 kD,94.5%

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要素

#1: タンパク質 uncharacterized protein VPA0106


分子量: 51150.629 Da / 分子数: 3 / 変異: R60E, I64R / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio parahaemolyticus (腸炎ビブリオ)
株: RIMD 2210633 / Serotype O3:K6 / 遺伝子: VPA0106 / プラスミド: pET21_NESG, VpR106-RM.2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) +Magic / 参照: UniProt: Q87JZ2
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 780 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.95 %
結晶化温度: 291 K / 手法: microbatch crystallization under oil / pH: 6
詳細: 20% PEG 4000, 0.1M sodium nitrate, 0.1M MES, pH 6.0, Microbatch crystallization under oil, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97898 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月18日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97898 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.083→50 Å / Num. all: 198295 / Num. obs: 188380 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.4 % / Biso Wilson estimate: 25.05 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 1.4 % / Rmerge(I) obs: 0.205 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 19654 / % possible all: 79.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.7.1_743精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELXS位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.083→46.958 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.36 / SU ML: 0.6 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.11 / 位相誤差: 21.96 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.216 9413 5 %
Rwork0.194 --
obs0.195 188331 94.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 34.226 Å2 / ksol: 0.351 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 124.28 Å2 / Biso mean: 32.622 Å2 / Biso min: 1.71 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.148 Å20.733 Å20.897 Å2
2--0.266 Å22.341 Å2
3---4.881 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.083→46.958 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9549 0 0 780 10329
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0069789
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.40313255
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1041377
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061741
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.8513633
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.083-2.1070.3071620.263356351853
2.107-2.1310.2962490.2554896514577
2.131-2.1570.3062880.2475558584688
2.157-2.1850.2893040.2345997630196
2.185-2.2140.263110.2416034634597
2.214-2.2440.2433000.2226198649897
2.244-2.2760.2243160.2245983629997
2.276-2.310.2423320.2266083641597
2.31-2.3460.2943300.2226152648297
2.346-2.3840.2683490.2145947629697
2.384-2.4250.2443010.2116241654297
2.425-2.470.2593230.2166016633997
2.47-2.5170.2482690.2136079634897
2.517-2.5680.2313690.2216209657897
2.568-2.6240.2553160.2236022633897
2.624-2.6850.2643080.2136179648797
2.685-2.7530.2493070.2146097640497
2.753-2.8270.243440.2096144648898
2.827-2.910.2563040.2116152645697
2.91-3.0040.2563080.2156191649998
3.004-3.1110.2173640.216080644498
3.111-3.2360.2143120.1976190650298
3.236-3.3830.2153320.1936092642498
3.383-3.5610.193060.1856164647098
3.561-3.7840.1953380.1816142648098
3.784-4.0760.1933480.1636167651598
4.076-4.4860.1583360.146163649998
4.486-5.1350.1433500.146170652098
5.135-6.4670.1763110.186165647698
6.467-46.970.2043260.1926051637796
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.00210.00010.0030.0016-0.00480.00560.01480.0001-0.019-0.00980.0216-0.00580.01660.011300.06570.0196-0.00190.10620.0815-0.0003-0.2691-0.268-0.2038
20.0018-0.00030.00040.00390.0050.002-0.00270.01830.0074-0.0071-0.0146-0.0169-0.0125-0.0085-00.06610.0046-0.00010.0347-0.10220.07930.058940.612126.7507
30.00120.00410.00080.00550.0012-0.001-0.0039-0.00670.01860.0089-0.01070.00650.00140.00980-0.0018-0.04590.0079-0.04180.02350.0454-0.0887-3.003648.7101
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain AA25 - 435
2X-RAY DIFFRACTION2chain BB25 - 435
3X-RAY DIFFRACTION3chain CC25 - 435

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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