PDB-3tzt: The structure of a protein in glycosyl transferase family 8 from ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3tzt

タイトル

The structure of a protein in glycosyl transferase family 8 from Anaerococcus prevotii.

要素

Glycosyl transferase family 8

キーワード

TRANSFERASE / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / putative glycosyl transferase / general stress protein

機能・相同性

機能・相同性情報

glycosyltransferase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Anaerococcus prevotii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Cuff, M.E. / Tesar, C. / Bearden, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: The structure of a protein in glycosyl transferase family 8 from Anaerococcus prevotii.
著者: Cuff, M.E. / Tesar, C. / Bearden, J. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2011年9月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年12月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年10月9日	Group: Structure summary
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3tzt.cif.gz	215.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3tzt.ent.gz	172 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3tzt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3tzt_validation.pdf.gz	468 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3tzt_full_validation.pdf.gz	474.1 KB	表示
XML形式データ	3tzt_validation.xml.gz	25.4 KB	表示
CIF形式データ	3tzt_validation.cif.gz	34.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tz/3tzt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tz/3tzt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6qbq-d 6qbr-d 3lez-2 5j1b-d 3p23-5 4eg5-2 6qbp-d 6qbn-d 5vid-2 6qbo-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC100377

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Glycosyl transferase family 8

B: Glycosyl transferase family 8

ヘテロ分子

66.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.498, 99.331, 122.794
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

Likely the AB dimer in the AU.

#1: タンパク質	Glycosyl transferase family 8 分子量: 32823.875 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Anaerococcus prevotii (バクテリア) 株: DSM 20548 / 遺伝子: Apre_0416 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) magic / 参照: UniProt: C7RG54
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 263 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.69 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: 0.2M Amonium citrate dibasic, 20% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918, 0.97929

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月9日

放射

モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97918	1
2	0.97929	1

Reflection

冗長度: 7.1 % / Av σ(I) over netI: 27.44 / 数: 224942 / R_merge(I) obs: 0.062 / Χ²: 0.89 / D res high: 2.1 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 31606 / % possible obs: 99.8

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
5.7	50	97.1	1	0.037	0.836	6.2
4.52	5.7	99.9	1	0.038	0.732	6.7
3.95	4.52	100	1	0.045	0.979	6.8
3.59	3.95	99.9	1	0.049	0.997	7
3.33	3.59	100	1	0.049	0.843	7.1
3.14	3.33	100	1	0.054	0.784	7.2
2.98	3.14	100	1	0.065	0.81	7.2
2.85	2.98	100	1	0.073	0.812	7.3
2.74	2.85	100	1	0.095	0.886	7.3
2.65	2.74	100	1	0.114	0.912	7.3
2.56	2.65	100	1	0.143	0.896	7.3
2.49	2.56	100	1	0.172	0.936	7.3
2.42	2.49	100	1	0.192	0.949	7.3
2.37	2.42	100	1	0.23	0.941	7.3
2.31	2.37	100	1	0.262	0.927	7.2
2.26	2.31	100	1	0.315	0.939	7.3
2.22	2.26	100	1	0.36	0.947	7.2
2.18	2.22	100	1	0.427	0.897	7.3
2.14	2.18	99.9	1	0.51	0.911	7.2
2.1	2.14	99.9	1	0.588	0.897	7.1

反射

解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 31606 / Num. obs: 31606 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.1 % / B_iso Wilson estimate: 25.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.062 / Χ²: 0.892 / Net I/σ(I): 10.4

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.1-2.14	7.1	0.588	1589	0.897	1	99.9
2.14-2.18	7.2	0.51	1520	0.911	1	99.9
2.18-2.22	7.3	0.427	1552	0.897	1	100
2.22-2.26	7.2	0.36	1543	0.947	1	100
2.26-2.31	7.3	0.315	1554	0.939	1	100
2.31-2.37	7.2	0.262	1584	0.927	1	100
2.37-2.42	7.3	0.23	1539	0.941	1	100
2.42-2.49	7.3	0.192	1557	0.949	1	100
2.49-2.56	7.3	0.172	1574	0.936	1	100
2.56-2.65	7.3	0.143	1567	0.896	1	100
2.65-2.74	7.3	0.114	1558	0.912	1	100
2.74-2.85	7.3	0.095	1575	0.886	1	100
2.85-2.98	7.3	0.073	1567	0.812	1	100
2.98-3.14	7.2	0.065	1577	0.81	1	100
3.14-3.33	7.2	0.054	1598	0.784	1	100
3.33-3.59	7.1	0.049	1593	0.843	1	100
3.59-3.95	7	0.049	1598	0.997	1	99.9
3.95-4.52	6.8	0.045	1614	0.979	1	100
4.52-5.7	6.7	0.038	1642	0.732	1	99.9
5.7-50	6.2	0.037	1705	0.836	1	97.1

-
位相決定

位相決定

手法:

多波長異常分散

Phasing MAD

D res high: 2.1 Å / D res low: 50 Å / FOM : 0.347 / FOM acentric: 0.371 / FOM centric: 0.164 / 反射: 30355 / Reflection acentric: 26744 / Reflection centric: 3611

Phasing MAD set

最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 50 Å

ID	R cullis acentric	R cullis centric	Loc acentric	Loc centric	Power acentric	Power centric	Reflection acentric	Reflection centric
1	1.49	1	0.3	0.3	0	0	26744	3611
2	0.97	0.94	37.7	53.2	0.38	0.31	17064	2636

Phasing MAD set shell

ID	解像度 (Å)	R cullis acentric	R cullis centric	Loc acentric	Loc centric	Power acentric	Power centric	Reflection acentric	Reflection centric
1	12.98-50	1.05	1	0.7	0.6	0	0	72	73
1	7.46-12.98	1.14	1	0.9	0.7	0	0	419	182
1	5.23-7.46	1.57	1	0.7	0.4	0	0	1085	304
1	4.03-5.23	1.07	1	0.6	0.5	0	0	2045	419
1	3.28-4.03	1.2	1	0.4	0.3	0	0	3289	524
1	2.76-3.28	1.89	1	0.4	0.2	0	0	4866	643
1	2.39-2.76	2.25	1	0.2	0.1	0	0	6726	746
1	2.1-2.39	1.62	1	0.1	0	0	0	8242	720
2	12.98-50	0.92	0.9	55.6	60.8	0.71	0.63	68	68
2	7.46-12.98	0.91	0.89	54.9	57.3	0.61	0.55	417	178
2	5.23-7.46	0.93	0.87	38	47.6	0.74	0.55	1085	304
2	4.03-5.23	0.96	0.94	50.1	66.2	0.45	0.32	2045	419
2	3.28-4.03	0.98	0.95	44.6	62.5	0.36	0.24	3289	524
2	2.76-3.28	0.98	0.96	33.5	45.7	0.35	0.22	4866	643
2	2.39-2.76	0.99	0.98	30.8	42.9	0.26	0.15	5294	500
2	2.1-2.39	0	0	0	0	0	0	0	0

Phasing MAD set site

Atom type symbol: Se

ID	B iso	Fract x	Fract y	Fract z	Occupancy	Occupancy iso
1	21.7385	0.207	0.4	0.142	7.337	0
2	27.1598	0.037	0.369	0.187	8.417	0
3	19.1715	-0.322	0.409	0.172	6.156	0
4	22.9331	-0.151	0.447	0.131	6.679	0
5	29.882	0.257	0.4	0.017	5.067	0
6	21.0161	-0.438	0.261	0.183	4.799	0
7	34.8677	-0.312	0.247	0.161	4.382	0
8	23.8419	-0.214	0.283	0.242	4.498	0
9	33.9147	0.084	0.492	0.046	4.093	0
10	41.0733	0.122	0.384	0.015	3.72	0
11	39.1673	-0.367	0.156	0.38	4.386	0
12	66.7456	0.272	0.393	-0.095	2.032	0
13	15.7467	0.206	0.399	0.141	4.358	-0.192
14	23.0023	0.037	0.368	0.188	4.795	-0.243
15	16.7049	-0.324	0.407	0.172	3.432	-0.17
16	23.6521	-0.152	0.447	0.132	4.206	-0.226
17	41.5724	0.255	0.398	0.017	2.284	-0.276
18	22.3385	-0.437	0.261	0.18	2.438	-0.243
19	31.451	-0.313	0.247	0.161	2.52	-0.168
20	15.7014	-0.212	0.282	0.241	2.916	-0.114
21	43.6228	0.081	0.492	0.046	3.041	-0.231
22	101.4886	0.124	0.384	0.016	3.095	-0.206
23	39.662	-0.362	0.153	0.382	2.698	-0.193
24	51.364	0.266	0.392	-0.096	1.045	-0.116

Phasing MAD shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
12.98-50	0.443	0.574	0.314	145	72	73
7.46-12.98	0.539	0.642	0.303	601	419	182
5.23-7.46	0.623	0.696	0.364	1389	1085	304
4.03-5.23	0.548	0.609	0.249	2464	2045	419
3.28-4.03	0.535	0.585	0.221	3813	3289	524
2.76-3.28	0.484	0.523	0.193	5509	4866	643
2.39-2.76	0.305	0.33	0.08	7472	6726	746
2.1-2.39	0.105	0.114	0	8962	8242	720

Phasing dm

手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 30355

Phasing dm shell

解像度 (Å)	Delta phi final	FOM	反射
8.43-100	64.6	0.52	508
6.74-8.43	51.8	0.866	506
5.8-6.74	47.7	0.893	566
5.17-5.8	43.8	0.916	639
4.71-5.17	49.4	0.917	694
4.35-4.71	48.6	0.936	766
4.06-4.35	55	0.922	816
3.83-4.06	52.9	0.923	848
3.63-3.83	50.7	0.919	914
3.46-3.63	52	0.908	964
3.31-3.46	57.1	0.9	995
3.18-3.31	54.2	0.899	1031
3.06-3.18	56.5	0.884	1077
2.95-3.06	53.9	0.885	1109
2.86-2.95	56.4	0.889	1135
2.77-2.86	59.3	0.867	1178
2.69-2.77	61	0.854	1230
2.62-2.69	62.5	0.843	1240
2.55-2.62	64.9	0.808	1279
2.49-2.55	64.6	0.823	1300
2.44-2.49	70.1	0.83	1378
2.38-2.44	72.6	0.832	1351
2.33-2.38	75.1	0.811	1387
2.28-2.33	81	0.818	1428
2.24-2.28	78.5	0.813	1375
2.2-2.24	82.4	0.813	1414
2.16-2.2	83	0.774	1324
2.1-2.16	86	0.739	1903

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MLPHARE		位相決定
直接法	6.1	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
SHELXD		位相決定
SHELXE		モデル構築
SOLVE		位相決定
RESOLVE		位相決定
ARP/wARP		モデル構築
CCP4		位相決定
O		モデル構築
COO		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.1→37.84 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.935 / WR_factor R_free: 0.2122 / WR_factor R_work: 0.1592 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / FOM work R set: 0.9134 / SU B: 7.167 / SU ML: 0.096 / SU R Cruickshank DPI: 0.2045 / SU R_free: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.17
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2059	1518	5 %	RANDOM
R_work	0.1594	-	-	-
all	0.1617	30241	-	-
obs	0.1617	30241	96.88 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 113.89 Å² / B_iso mean: 35.7841 Å² / B_iso min: 11.28 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.22 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.09 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.13 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→37.84 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3839	0	41	263	4143

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.02	4028
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2775
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.59	1.99	5451
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.963	3	6736
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.258	5	475
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.748	23.568	199
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.207	15	712
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.638	15	29
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.098	0.2	595
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	4390
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	843

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.234	82	-
R_work	0.19	1598	-
all	-	1680	-
obs	-	-	78.14 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5641	0.5366	-0.2945	1.4463	-0.7739	1.6431	0.0567	-0.05	-0.0746	0.0345	-0.0842	-0.0032	0.024	-0.0041	0.0275	0.0318	0.0356	-0.002	0.0851	-0.0078	0.0965	-2.9698	29.0854	23.2813
2	0.7558	0.5379	-0.331	1.5332	-0.5675	1.1196	0.027	0.0989	0.1187	-0.2249	0.0303	0.1255	-0.1056	-0.1088	-0.0573	0.1211	0.0802	-0.0014	0.1013	0.0031	0.0935	-3.6867	43.3929	8.5227

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-10 - 9999
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	-10 - 9999

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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