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- PDB-3tyt: Crystal structure of a Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein L ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tyt
タイトルCrystal structure of a Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein L (Hnrpl) from Mus musculus at 1.60 A resolution
要素Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein L
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Ferredoxin-like / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-BIOLOGY / Partnership for Stem Cell Biology / Partnership for T-Cell Biology / STEMCELL / TCELL
機能・相同性
機能・相同性情報


Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / mRNA Splicing - Major Pathway / ribonucleoprotein granule / pronucleus / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / pre-mRNA intronic binding / mRNA processing / transcription cis-regulatory region binding / ribonucleoprotein complex / negative regulation of DNA-templated transcription ...Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / mRNA Splicing - Major Pathway / ribonucleoprotein granule / pronucleus / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / pre-mRNA intronic binding / mRNA processing / transcription cis-regulatory region binding / ribonucleoprotein complex / negative regulation of DNA-templated transcription / synapse / chromatin / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
hnRNP-L, RNA recognition motif 3 / hnRNP-L, RNA recognition motif 4 / hnRNP-L, RNA recognition motif 1 / hnRNP-L, RNA recognition motif 2 / : / RRM domain / HnRNP-L/PTB / PTBP1-like, RNA recognition motif 2 / RRM-like domain / RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) ...hnRNP-L, RNA recognition motif 3 / hnRNP-L, RNA recognition motif 4 / hnRNP-L, RNA recognition motif 1 / hnRNP-L, RNA recognition motif 2 / : / RRM domain / HnRNP-L/PTB / PTBP1-like, RNA recognition motif 2 / RRM-like domain / RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein L
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG) / Partnership for Stem Cell Biology (STEMCELL) / Partnership for T-Cell Biology (TCELL)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein L (Hnrpl) from Mus musculus at 1.60 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG) / Partnership for Stem Cell Biology (STEMCELL) / Partnership for T-Cell Biology (TCELL)
履歴
登録2011年9月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年11月23日Group: Structure summary
改定 1.22015年10月21日Group: Structure summary
改定 1.32017年10月25日Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42023年2月1日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_special_symmetry ...database_2 / pdbx_struct_special_symmetry / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,88416
ポリマ－23,0591
非ポリマー82515
水3,891216
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein L
ヘテロ分子

A: Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,76732
ポリマ－46,1182
非ポリマー1,64930
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_545x,x-y-1,-z+2/31
Buried area6220 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area19160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)127.424, 127.424, 80.652
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number181
Space group name H-MP6422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-737-

HOH

詳細ANALYTICAL SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF A MONOMER AS A SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE IN SOLUTION. HOWEVER, THE PROTEIN APPEARS TO HAVE FORMED STABLE DIMERS IN THE CRYSTAL LATTICE.

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要素

#1: タンパク質 Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein L


分子量: 23059.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: BC027206, Hnrnpl, Hnrpl / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q8R081
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 216 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH AN N-TERMINAL PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS ...THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH AN N-TERMINAL PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY RESIDUES 376-579 OF THE TARGET SEQUENCE. NUMBERING IS BASED ON THE UNIPROTKB Q8R081 VERSION 2 SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.99 % / Mosaicity: 0.16 °
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3.6
詳細: 2.0M NaCl, 10.0% PEG-6000, No Buffer pH 3.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, NANODROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 1
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月3日
詳細: Vertical focusing mirror; double crystal Si(111) monochromator
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→41.709 Å / Num. all: 51213 / Num. obs: 51213 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.9 % / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.084 / Rsym value: 0.077 / Net I/av σ(I): 6.044 / Net I/σ(I): 15.4 / Num. measured all: 558136
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) allRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.6-1.6910.91.2811.170.67974173420.3861.2811.172.1100
1.69-1.79110.7650.717651769850.2290.7650.73.5100
1.79-1.91110.4620.4231.87204265680.1380.4620.4235.3100
1.91-2.07110.240.223.46755161450.0720.240.229.5100
2.07-2.26110.1480.1365.36213756410.0440.1480.13614.8100
2.26-2.53110.1010.0937.65673051620.030.1010.09319.1100
2.53-2.92110.0820.0768.45017245700.0240.0820.07624.4100
2.92-3.5810.90.0590.05510.44261639080.0180.0590.05534.6100
3.58-5.0610.70.0470.04313.23308030980.0140.0470.04347.6100
5.06-41.7099.80.0430.03915.11755017940.0130.0430.03945.398.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MolProbity3beta29モデル構築
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MOLREP位相決定
SCALA3.3.15データスケーリング
REFMAC5.5.0110精密化
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.6→41.709 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 2.453 / SU ML: 0.045 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.063 / ESU R Free: 0.066 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. 3. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 4. WATERS WERE ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. 3. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 4. WATERS WERE EXCLUDED FROM AUTOMATIC TLS ASSIGNMENT. 5. CHLORIDE (CL) IONS AND 1,2-ETHANEDIOL (EDO) MOLECULES FROM THE CRYSTALLIZATION/CRYOPROTECTION SOLUTION ARE MODELED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2041 2597 5.1 %RANDOM
Rwork0.1762 48577 --
obs0.1777 51174 99.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 78.52 Å2 / Biso mean: 35.6183 Å2 / Biso min: 17.03 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.06 Å2-0.03 Å20 Å2
2---0.06 Å20 Å2
3---0.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→41.709 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1588 0 48 216 1852
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0221768
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021264
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6231.9682384
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.96133096
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9675236
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.02624.87882
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.68115313
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.522158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2249
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0211989
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02354
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9171.51075
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.4391.5429
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.6421748
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6813692
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2664.5621
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.271 184 -
Rwork0.265 3531 -
all-3715 -
obs--99.92 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 43.21 Å / Origin y: -43.055 Å / Origin z: 9.359 Å
111213212223313233
T0.1071 Å2-0.0999 Å2-0.0283 Å2-0.1121 Å20.0114 Å2--0.0544 Å2
L1.9503 °20.8208 °20.131 °2-1.1535 °2-0.3278 °2--1.6458 °2
S-0.1445 Å °0.1994 Å °0.0898 Å °-0.2223 Å °0.1794 Å °0.1931 Å °0.2325 Å °-0.2669 Å °-0.0349 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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