PDB-3tyf: Crystal structure of a CD1d-lysophosphatidylcholine reactive iNKT TCR

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3tyf

タイトル

Crystal structure of a CD1d-lysophosphatidylcholine reactive iNKT TCR

要素

iNKT Cell Receptor Alpha Chain
iNKT Cell Receptor Beta Chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Immunoglobulin-like / Antigen recognition / CD1d / Membrane

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.806 Å

データ登録者

Lopez-Sagaseta, J. / Adams, E.J.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2012
タイトル: Lysophospholipid presentation by CD1d and recognition by a human Natural Killer T-cell receptor.
著者: Lopez-Sagaseta, J. / Sibener, L.V. / Kung, J.E. / Gumperz, J. / Adams, E.J.

履歴

登録	2011年9月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年4月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3tyf.cif.gz	352.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3tyf.ent.gz	301.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3tyf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3tyf_validation.pdf.gz	476 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3tyf_full_validation.pdf.gz	495.8 KB	表示
XML形式データ	3tyf_validation.xml.gz	34.6 KB	表示
CIF形式データ	3tyf_validation.cif.gz	45.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ty/3tyf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ty/3tyf	HTTPS FTP

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関連構造データ

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類似構造データ	2eyr-d 6ovo-d 3utp-1 6q3s-2 3dx9-2 6fr9-d 6fup-d 3qjh-1 6eh6-d 6fr4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: iNKT Cell Receptor Alpha Chain

B: iNKT Cell Receptor Beta Chain

C: iNKT Cell Receptor Alpha Chain

D: iNKT Cell Receptor Beta Chain

ヘテロ分子

106 kDa, 4 ポリマー
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1

A: iNKT Cell Receptor Alpha Chain

B: iNKT Cell Receptor Beta Chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
53.2 kDa, 2 ポリマー
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2

C: iNKT Cell Receptor Alpha Chain

D: iNKT Cell Receptor Beta Chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
53.1 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	64.602, 65.755, 66.993
Angle α, β, γ (deg.)	103.89, 106.32, 100.84
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	C
1	2	B
2	2	D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	CHAIN A AND (RESSEQ 1:95 )	A	1 - 95
2	1	1	CHAIN C AND (RESSEQ 1:95 )	C	1 - 95
1	1	2	CHAIN B AND (RESSEQ 3:55 )	B	3 - 55
2	1	2	CHAIN D AND (RESSEQ 3:55 )	D	3 - 55

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	iNKT Cell Receptor Alpha Chain 分子量: 23598.057 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質	iNKT Cell Receptor Beta Chain 分子量: 29183.504 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 80

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.07 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1 M Hepes, 17% PEG 4000, 0.1 M BaCl2, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.03322 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年8月15日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.03322 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→20.019 Å / Num. obs: 22562 / B_iso Wilson estimate: 44.96 Å²
反射シェル	解像度: 2.8→2.9338 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.7_650	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.806→20 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.7642 / SU ML: 0.4 / σ(F): 0.1 / 位相誤差: 30.6 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2721	1159	5.14 %	RANDOM
R_work	0.2172	-	-	-
obs	0.22	22562	93.66 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 25.498 Å² / k_sol: 0.307 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 191.96 Å² / B_iso mean: 58.5629 Å² / B_iso min: 9.71 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.2116 Å²	-1.2878 Å²	2.4205 Å²
2-	-	1.8677 Å²	9.8101 Å²
3-	-	-	2.3439 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.806→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6862	0	54	36	6952

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	7084
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.776	9603
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	1056
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1244
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.95	2528

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	732	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.021
1	2	C	732	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.021
2	1	B	431	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.067
2	2	D	431	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.067

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.806-2.9338	0.4292	117	0.3196	2299	2416	80
2.9338-3.088	0.3448	140	0.2764	2548	2688	90
3.088-3.2807	0.291	132	0.24	2696	2828	94
3.2807-3.5327	0.2949	149	0.2309	2731	2880	96
3.5327-3.8858	0.262	142	0.2084	2786	2928	97
3.8858-4.4428	0.2684	155	0.1766	2778	2933	98
4.4428-5.5773	0.2113	154	0.1729	2808	2962	98
5.5773-20.0195	0.2643	170	0.2392	2757	2927	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2948	0.0492	-0.0981	0.0451	-0.0351	0.0414	0.215	0.051	-0.0738	-0.1449	0.0293	-0.0347	0.0138	-0.0335	0.351	0.2914	-0.0507	0.0092	0.1507	-0.201	0.1847	-12.3778	-20.9032	2.2415
2	0.1514	-0.0673	0.1794	0.2501	0.0023	0.1706	-0.0179	-0.2302	-0.0036	0.1717	0.2129	-0.0294	0.1057	-0.2366	0.1302	0.2825	-0.1255	-0.0966	0.3814	0.0548	0.3618	-18.8786	-26.1175	8.371
3	0.0408	-0.0169	0.0522	0.0437	-0.0366	0.0546	0.0416	0.1717	-0.0447	0.1296	0.0794	0.5834	0.2891	-0.3875	0.0125	0.3816	-0.1061	-0.0963	0.4887	0.0303	0.5242	-24.7425	-21.8286	7.6278
4	0.1192	0.1395	-0.1239	0.5507	0.0432	0.1463	0.1343	0.0566	-0.2704	-0.1209	0.243	0.1293	0.2199	-0.2158	0.2355	0.344	-0.0494	-0.16	0.2528	-0.0268	0.3794	-15.2692	-30.1816	7.2626
5	0.0721	-0.045	-0.01	0.4878	0.203	0.3035	-0.0669	-0.1089	-0.052	-0.3627	-0.0149	0.0823	-0.0906	-0.0449	-0.0877	0.6141	-0.2284	0.0381	0.4186	0.0126	0.227	1.4365	1.297	24.9607
6	0.0029	0.0039	-0.0051	0.0033	-0.01	0.0072	-0.1063	-0.0211	0.0502	0.0141	0.0418	-0.0492	0.1045	0.0133	-0.0001	0.5595	-0.0194	0.0856	0.4079	0.1086	0.2982	7.7067	-2.2801	24.266
7	0.0041	-0.0096	0.0105	0.0452	-0.0481	0.037	-0.2367	0.2016	0.1045	0.0834	0.1836	-0.0244	-0.1602	-0.269	-0.0003	0.5914	-0.0474	-0.1177	0.4778	-0.0275	0.3722	5.328	-4.6405	13.9027
8	0.0855	-0.0503	0.0893	0.326	-0.1281	0.31	-0.2845	0.1865	-0.0394	-0.0536	0.2688	0.0777	-0.1089	0.1113	0.4409	0.2421	-0.066	-0.0768	0.3145	-0.0087	0.1298	0.0077	-5.6261	22.502
9	0.0037	0.0059	0.0002	0.0078	0.0037	0.0063	-0.0815	-0.0843	0.0227	-0.0489	0.058	-0.0929	-0.0335	0.0155	0.0001	0.3957	-0.1262	-0.0037	0.7523	0.2375	0.5723	-11.0345	-34.8158	28.0995
10	0.0113	-0.0075	0.0197	0.0089	0.0049	0.0294	-0.0522	-0.3437	-0.4879	-0.0396	0.1429	-0.0462	0.1933	0.0094	-0	0.5032	0.074	-0.1057	0.3759	0.0889	0.6548	4.4519	-38.4931	25.0562
11	0.0345	0.0464	-0.1035	0.0682	-0.1495	0.3141	0.1	-0.1475	-0.2029	-0.0191	0.0453	0.1651	0.1517	-0.1512	0.2294	0.6393	-0.2539	-0.2269	0.3583	0.3113	0.7417	-13.8665	-40.5827	22.1647
12	0.0073	-0.0008	0.0085	0.0006	-0.0015	0.0082	0.0913	-0.0339	-0.0211	-0.0123	0.1018	-0.0163	0.009	0.0797	-0.0008	0.994	-0.2194	-0.0847	0.5713	0.0075	0.764	-3.3864	-31.3748	10.1062
13	0.1344	-0.0528	-0.1436	0.0202	0.0542	0.1449	0.1211	-0.0633	0.0158	-0.1464	0.0265	-0.0492	0.0269	-0.0355	0.08	0.8271	-0.4267	-0.2971	0.37	0.4854	0.8366	-12.2786	-47.2601	16.2146
14	0.0337	-0.0033	-0.0107	0.0719	-0.0235	0.0171	0.0022	-0.0119	-0.015	-0.0932	-0.0234	-0.0292	0.0857	0.0161	0.1294	0.5861	-0.0917	-0.184	0.294	0.3987	1.146	-6.1212	-48.5634	20.4099
15	0.0899	-0.0632	-0.1305	0.1154	0.106	0.1893	-0.117	-0.0456	-0.0398	-0.0076	-0.0277	0.0507	0.2107	-0.0619	-0.2338	0.7109	-0.293	-0.2416	0.5753	0.411	0.8582	-10.6462	-46.2568	27.0363
16	0.0014	-0.002	-0.0019	0.002	0.0017	0.0011	0.092	-0.0141	-0.0685	-0.0251	0.0582	-0.0299	0.0322	-0.0019	0.0003	1.063	-0.0205	0.3074	0.4247	-0.1457	1.0271	6.9202	-43.8499	17.1652
17	0.5895	0.1576	0.1607	0.0931	0.041	0.3361	0.0725	0.0165	0.0025	-0.106	0.0966	0.0042	0.2523	-0.3035	-0.2416	0.705	-0.2284	-0.1312	0.1775	0.09	0.4117	-12.1714	-37.5605	17.6838
18	0.3259	-0.1608	-0.2171	0.2224	0.2702	0.3212	0.0149	-0.1334	-0.0197	0.1154	0.1166	0.1342	0.0823	-0.0452	0.1091	0.425	-0.1113	-0.0958	0.3132	0.1544	0.3112	-15.0696	-34.3072	19.2569
19	0.0148	-0.0032	0.0096	0.0385	-0.0266	0.0162	-0.1459	-0.1746	-0.1515	-0.0811	0.2217	-0.1173	0.0384	0.2598	0	0.4389	0.0144	0.1888	0.4002	-0.0306	0.386	13.0156	-31.3703	23.285
20	0.9698	-0.676	0.0818	0.6663	0.2807	0.5814	-0.2086	0.0597	-0.1711	-0.0493	-0.0448	-0.0687	-0.094	-0.0964	-0.2937	0.2603	0.185	0.0088	0.1779	-0.1658	0.2247	7.8943	-7.0549	33.3806
21	0.2682	-0.037	-0.0392	0.7684	-0.1726	0.2646	-0.0227	-0.0575	0.0626	0.1502	-0.0929	-0.1281	-0.2896	0.3127	-0.1188	0.3117	0.014	-0.0021	0.1298	-0.0172	0.0897	2.1672	-1.9148	29.7793
22	0.5583	0.4445	-0.3816	0.4234	-0.1941	0.3526	-0.1732	0.1529	-0.1624	-0.3107	0.0397	-0.3598	-0.1614	-0.0418	-0.4732	0.1929	0.0685	0.0389	0.0246	-0.1665	0.0882	-1.5191	-16.9455	30.999
23	0.3396	-0.1943	0.0995	0.2355	0.1345	0.3403	-0.0187	-0.0265	-0.0455	-0.1465	-0.126	-0.1133	-0.1482	0.1557	-0.2816	0.7462	-0.1032	0.3297	0.3696	0.0143	0.4345	12.2509	-19.6741	17.7112
24	0.2798	0.2072	-0.1517	0.1829	0.0521	0.4089	-0.253	0.1965	-0.071	-0.1148	-0.0245	-0.1013	-0.1633	-0.017	-1.0305	0.2821	0.0658	0.0147	-0.0733	-0.2839	-0.1499	-0.0091	-8.7767	35.1245
25	0.1028	-0.131	0.0012	0.1588	-0.0441	0.2126	-0.178	-0.0088	-0.2797	-0.1253	-0.0797	-0.3409	0.1198	0.0886	-0.38	0.1675	0.1811	0.0955	0.3672	-0.039	0.3598	15.381	-33.3565	32.721
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESSEQ 1:13)	A	1 - 13
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESSEQ 14:50)	A	14 - 50
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESSEQ 51:84)	A	51 - 84
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESSEQ 85:112)	A	85 - 112
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN A AND (RESSEQ 113:130)	A	113 - 130
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN A AND (RESSEQ 133:139)	A	133 - 139
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN A AND (RESSEQ 140:154)	A	140 - 154
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN A AND (RESSEQ 155:181)	A	155 - 181
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN B AND (RESSEQ 3:7)	B	3 - 7
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN B AND (RESSEQ 8:21)	B	8 - 21
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN B AND (RESSEQ 22:36)	B	22 - 36
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN B AND (RESSEQ 37:43)	B	37 - 43
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN B AND (RESSEQ 44:55)	B	44 - 55
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN B AND (RESSEQ 63:68)	B	63 - 68
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN B AND (RESSEQ 69:77)	B	69 - 77
16	X-RAY DIFFRACTION	16	CHAIN B AND (RESSEQ 78:85)	B	78 - 85
17	X-RAY DIFFRACTION	17	CHAIN B AND (RESSEQ 86:99)	B	86 - 99
18	X-RAY DIFFRACTION	18	CHAIN B AND (RESSEQ 103:112)	B	103 - 112
19	X-RAY DIFFRACTION	19	CHAIN B AND (RESSEQ 113:126)	B	113 - 126
20	X-RAY DIFFRACTION	20	CHAIN B AND (RESSEQ 127:134)	B	127 - 134
21	X-RAY DIFFRACTION	21	CHAIN B AND (RESSEQ 135:153)	B	135 - 153
22	X-RAY DIFFRACTION	22	CHAIN B AND (RESSEQ 154:175)	B	154 - 175
23	X-RAY DIFFRACTION	23	CHAIN B AND (RESSEQ 176:190)	B	176 - 190
24	X-RAY DIFFRACTION	24	CHAIN B AND (RESSEQ 191:217)	B	191 - 217
25	X-RAY DIFFRACTION	25	CHAIN B AND (RESSEQ 218:235)	B	218 - 235
26	X-RAY DIFFRACTION	26	CHAIN B AND (RESSEQ 236:247)	B	236 - 247
27	X-RAY DIFFRACTION	27	CHAIN C AND (RESSEQ 1:17)	C	1 - 17
28	X-RAY DIFFRACTION	28	CHAIN C AND (RESSEQ 18:37)	C	18 - 37
29	X-RAY DIFFRACTION	29	CHAIN C AND (RESSEQ 38:60)	C	38 - 60
30	X-RAY DIFFRACTION	30	CHAIN C AND (RESSEQ 61:76)	C	61 - 76
31	X-RAY DIFFRACTION	31	CHAIN C AND (RESSEQ 77:96)	C	77 - 96
32	X-RAY DIFFRACTION	32	CHAIN C AND (RESSEQ 98:102)	C	98 - 102
33	X-RAY DIFFRACTION	33	CHAIN C AND (RESSEQ 103:112)	C	103 - 112
34	X-RAY DIFFRACTION	34	CHAIN C AND (RESSEQ 113:117)	C	113 - 117
35	X-RAY DIFFRACTION	35	CHAIN C AND (RESSEQ 118:130)	C	118 - 130
36	X-RAY DIFFRACTION	36	CHAIN C AND (RESSEQ 133:137)	C	133 - 137
37	X-RAY DIFFRACTION	37	CHAIN C AND (RESSEQ 138:142)	C	138 - 142
38	X-RAY DIFFRACTION	38	CHAIN C AND (RESSEQ 143:147)	C	143 - 147
39	X-RAY DIFFRACTION	39	CHAIN C AND (RESSEQ 148:150)	C	148 - 150
40	X-RAY DIFFRACTION	40	CHAIN C AND (RESSEQ 152:157)	C	152 - 157
41	X-RAY DIFFRACTION	41	CHAIN C AND (RESSEQ 158:165)	C	158 - 165
42	X-RAY DIFFRACTION	42	CHAIN C AND (RESSEQ 166:174)	C	166 - 174
43	X-RAY DIFFRACTION	43	CHAIN C AND (RESSEQ 175:180)	C	175 - 180
44	X-RAY DIFFRACTION	44	CHAIN C AND (RESSEQ 182:186)	C	182 - 186
45	X-RAY DIFFRACTION	45	CHAIN C AND (RESSEQ 187:196)	C	187 - 196
46	X-RAY DIFFRACTION	46	CHAIN C AND (RESSEQ 197:202)	C	197 - 202
47	X-RAY DIFFRACTION	47	CHAIN D AND (RESSEQ 3:7)	D	3 - 7
48	X-RAY DIFFRACTION	48	CHAIN D AND (RESSEQ 8:21)	D	8 - 21
49	X-RAY DIFFRACTION	49	CHAIN D AND (RESSEQ 22:31)	D	22 - 31
50	X-RAY DIFFRACTION	50	CHAIN D AND (RESSEQ 32:43)	D	32 - 43
51	X-RAY DIFFRACTION	51	CHAIN D AND (RESSEQ 44:49)	D	44 - 49
52	X-RAY DIFFRACTION	52	CHAIN D AND (RESSEQ 50:58)	D	50 - 58
53	X-RAY DIFFRACTION	53	CHAIN D AND (RESSEQ 65:92)	D	65 - 92
54	X-RAY DIFFRACTION	54	CHAIN D AND (RESSEQ 93:105)	D	93 - 105
55	X-RAY DIFFRACTION	55	CHAIN D AND (RESSEQ 106:123)	D	106 - 123
56	X-RAY DIFFRACTION	56	CHAIN D AND (RESSEQ 124:164)	D	124 - 164
57	X-RAY DIFFRACTION	57	CHAIN D AND (RESSEQ 165:192)	D	165 - 192
58	X-RAY DIFFRACTION	58	CHAIN D AND (RESSEQ 193:235)	D	193 - 235
59	X-RAY DIFFRACTION	59	CHAIN D AND (RESSEQ 236:247)	D	236 - 247

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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