PDB-3txz: OYE1-W116Q complexed with R-carvone

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3txz

タイトル

OYE1-W116Q complexed with R-carvone

要素

NADPH dehydrogenase 1

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Enantioselectivity / Alkene Reductase / Enone reductase / OYE Old yellow enzyme / TIM Barrel / NAD(P)H Oxidoreductase / Flavin mononucleotide / Nicotinamide adenine dinucleotide

機能・相同性

機能・相同性情報

NADPH dehydrogenase / : / NADPH dehydrogenase activity / FMN binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces pastorianus (酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Sullivan, B. / Pompeu, Y.A. / Stewart, J.D.

引用

ジャーナル: ACS CATALYSIS / 年: 2013
タイトル: X‑ray Crystallography Reveals How Subtle Changes Control the Orientation of Substrate Binding in an Alkene Reductase
著者: Pompeu, Y.A. / Sullivan, B. / Stewart, J.D.

履歴

登録	2011年9月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年9月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年10月9日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3txz.cif.gz	105.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3txz.ent.gz	78.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3txz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3txz_validation.pdf.gz	788.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3txz_full_validation.pdf.gz	789.8 KB	表示
XML形式データ	3txz_validation.xml.gz	19.7 KB	表示
CIF形式データ	3txz_validation.cif.gz	30.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tx/3txz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tx/3txz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4gbuC 4ge8C 4gweC 4gxmC 4h6kC 4k7vC 4k7yC 4k8eC 4k8hC 3rnd 3tx9 4h4i C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3tx9-d 4gwe-d 4gxm-d 1bwl-d 5xkx-d 1oyb-d 4k7y-d 4k7v-d 4gbu-d 1k03-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: NADPH dehydrogenase 1

ヘテロ分子

45.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	141.362, 141.362, 42.687
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-852- HOH

#1: タンパク質	NADPH dehydrogenase 1 / Old yellow enzyme 1 分子量: 45013.562 Da / 分子数: 1 / 変異: W116Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Saccharomyces pastorianus (酵母) / 遺伝子: OYE1 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q02899, NADPH dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN 分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P
#3: 化合物	ChemComp-07V / (5R)-2-methyl-5-(prop-1-en-2-yl)cyclohex-2-en-1-one / R-carvone / (-)-カルボン分子量: 150.218 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄O
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 368 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.03 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.3 詳細: 0.2M MgCl2, 0.1M HEPES, 30-40% PEG400, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 0.99 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月15日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→45 Å / Num. obs: 48165 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 3 / R_sym value: 0.065
反射シェル	最高解像度: 1.7 Å / 冗長度: 9.5 % / R_merge(I) obs: 0.065 / Mean I/σ(I) obs: 41 / R_sym value: 0.58 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データ収集
AMoRE		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.2_862)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.7→45 Å / SU ML: 0.37 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 16.94 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1858	4817	10 %
R_work	0.161	-	-
obs	0.1635	48163	99.99 %

溶媒の処理

減衰半径: 1.11 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 55.915 Å² / k_sol: 0.377 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.7283 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.7283 Å²	-0 Å²
3-	-	-	5.4565 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→45 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3173	0	43	368	3584

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3380
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.005	4601
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.681	1273
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.076	476
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	605

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7003-1.7196	0.3074	160	0.2401	1441	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7196-1.7399	0.2344	156	0.2107	1398	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7399-1.7611	0.2554	157	0.206	1414	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7611-1.7834	0.2111	160	0.1906	1441	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7834-1.8069	0.2384	154	0.1853	1393	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8069-1.8316	0.2093	159	0.1734	1420	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8316-1.8578	0.2022	160	0.1663	1451	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8578-1.8855	0.203	155	0.1508	1399	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8855-1.915	0.2064	160	0.1585	1431	X-RAY DIFFRACTION	100
1.915-1.9464	0.2017	160	0.1534	1445	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9464-1.9799	0.1817	155	0.153	1397	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9799-2.0159	0.1895	161	0.153	1448	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0159-2.0547	0.2014	158	0.1521	1417	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0547-2.0967	0.1888	157	0.1522	1419	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0967-2.1422	0.1954	163	0.1487	1458	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1422-2.1921	0.175	156	0.1466	1407	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1921-2.2469	0.1706	163	0.1431	1468	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2469-2.3076	0.2049	156	0.1523	1406	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3076-2.3756	0.1777	161	0.1507	1443	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3756-2.4522	0.1708	158	0.1471	1431	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4522-2.5399	0.1797	163	0.1494	1460	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5399-2.6416	0.1829	161	0.1475	1451	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6416-2.7618	0.1772	160	0.1418	1433	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7618-2.9074	0.1929	161	0.1518	1456	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9074-3.0895	0.171	164	0.1559	1467	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0895-3.328	0.1852	162	0.1512	1464	X-RAY DIFFRACTION	100
3.328-3.6628	0.155	164	0.1522	1474	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6628-4.1926	0.1695	166	0.1523	1492	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1926-5.2813	0.1584	169	0.1599	1518	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2813-50.0006	0.2345	178	0.2176	1604	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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