PDB-3txx: Crystal structure of putrescine transcarbamylase from Enterococcu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3txx

タイトル

Crystal structure of putrescine transcarbamylase from Enterococcus faecalis

要素

Putrescine carbamoyltransferase

キーワード

TRANSFERASE

機能・相同性

機能・相同性情報

putrescine carbamoyltransferase / putrescine biosynthetic process from arginine via N-carbamoylputrescine / putrescine carbamoyltransferase activity / ornithine carbamoyltransferase activity / arginine biosynthetic process via ornithine / citrulline biosynthetic process / amino acid binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterococcus faecalis (乳酸球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

Shi, D. / Yu, X. / Zhao, G. / Allewell, N.M. / Tuchman, M.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of putrescine transcarbamylase from Enterococcus faecalis: Structural insights into the oligomeric assembly and the active site
著者: Shi, D. / Yu, X. / Zhao, G. / Ho, J. / Lu, S. / Allewell, N.M. / Tuchman, M.

履歴

登録	2011年9月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年2月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3txx.cif.gz	1.6 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3txx.ent.gz	1.3 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3txx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3txx_validation.pdf.gz	595.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3txx_full_validation.pdf.gz	785.5 KB	表示
XML形式データ	3txx_validation.xml.gz	156.4 KB	表示
CIF形式データ	3txx_validation.cif.gz	207 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tx/3txx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tx/3txx	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	4a8h-1 6ovw-1 2otc-2 4jqo-d 4a8p-2 4jhx-d 2otc-1 4am8-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Putrescine carbamoyltransferase

B: Putrescine carbamoyltransferase

C: Putrescine carbamoyltransferase

D: Putrescine carbamoyltransferase

E: Putrescine carbamoyltransferase

F: Putrescine carbamoyltransferase

G: Putrescine carbamoyltransferase

H: Putrescine carbamoyltransferase

I: Putrescine carbamoyltransferase

J: Putrescine carbamoyltransferase

K: Putrescine carbamoyltransferase

L: Putrescine carbamoyltransferase

ヘテロ分子

489 kDa, 12 ポリマー
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1

A: Putrescine carbamoyltransferase

B: Putrescine carbamoyltransferase

C: Putrescine carbamoyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
122 kDa, 3 ポリマー
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2

D: Putrescine carbamoyltransferase

E: Putrescine carbamoyltransferase

F: Putrescine carbamoyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
122 kDa, 3 ポリマー
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3

G: Putrescine carbamoyltransferase

H: Putrescine carbamoyltransferase

I: Putrescine carbamoyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
122 kDa, 3 ポリマー
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4

J: Putrescine carbamoyltransferase

K: Putrescine carbamoyltransferase

L: Putrescine carbamoyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
122 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	273.856, 87.791, 241.299
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 114.080, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F
7	1	G
8	1	H
9	1	I
10	1	J
11	1	K
12	1	L

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	chain A and (resseq 1:78 or resseq 84:235 or resseq 238:339 )	A	1 - 78
1	2	1	chain A and (resseq 1:78 or resseq 84:235 or resseq 238:339 )	A	84 - 235
1	3	1	chain A and (resseq 1:78 or resseq 84:235 or resseq 238:339 )	A	238 - 339
2	1	1	chain B and (resseq 1:78 or resseq 84:235 or resseq 238:339 )	B	1 - 78
2	2	1	chain B and (resseq 1:78 or resseq 84:235 or resseq 238:339 )	B	84 - 235
2	3	1	chain B and (resseq 1:78 or resseq 84:235 or resseq 238:339 )	B	238 - 339
3	1	1	chain C and (resseq 1:78 or resseq 84:235 or resseq 238:339 )	C	1 - 78
3	2	1	chain C and (resseq 1:78 or resseq 84:235 or resseq 238:339 )	C	84 - 235
3	3	1	chain C and (resseq 1:78 or resseq 84:235 or resseq 238:339 )	C	238 - 339
4	1	1	chain D and (resseq 1:78 or resseq 84:235 or resseq 238:339 )	D	1 - 78
4	2	1	chain D and (resseq 1:78 or resseq 84:235 or resseq 238:339 )	D	84 - 235
4	3	1	chain D and (resseq 1:78 or resseq 84:235 or resseq 238:339 )	D	238 - 339
5	1	1	chain E and (resseq 1:78 or resseq 84:235 or resseq 238:339 )	E	1 - 78
5	2	1	chain E and (resseq 1:78 or resseq 84:235 or resseq 238:339 )	E	84 - 235
5	3	1	chain E and (resseq 1:78 or resseq 84:235 or resseq 238:339 )	E	238 - 339
6	1	1	chain F and (resseq 1:78 or resseq 84:235 or resseq 238:339 )	F	1 - 78
6	2	1	chain F and (resseq 1:78 or resseq 84:235 or resseq 238:339 )	F	84 - 235
6	3	1	chain F and (resseq 1:78 or resseq 84:235 or resseq 238:339 )	F	238 - 339
7	1	1	chain G and (resseq 1:78 or resseq 84:235 or resseq 238:339 )	G	1 - 78
7	2	1	chain G and (resseq 1:78 or resseq 84:235 or resseq 238:339 )	G	84 - 235
7	3	1	chain G and (resseq 1:78 or resseq 84:235 or resseq 238:339 )	G	238 - 339
8	1	1	chain H and (resseq 1:78 or resseq 84:235 or resseq 238:339 )	H	1 - 78
8	2	1	chain H and (resseq 1:78 or resseq 84:235 or resseq 238:339 )	H	84 - 235
8	3	1	chain H and (resseq 1:78 or resseq 84:235 or resseq 238:339 )	H	238 - 339
9	1	1	chain I and (resseq 1:78 or resseq 84:235 or resseq 238:339 )	I	1 - 78
9	2	1	chain I and (resseq 1:78 or resseq 84:235 or resseq 238:339 )	I	84 - 235
9	3	1	chain I and (resseq 1:78 or resseq 84:235 or resseq 238:339 )	I	238 - 339
10	1	1	chain J and (resseq 1:78 or resseq 84:235 or resseq 238:339 )	J	1 - 78
10	2	1	chain J and (resseq 1:78 or resseq 84:235 or resseq 238:339 )	J	84 - 235
10	3	1	chain J and (resseq 1:78 or resseq 84:235 or resseq 238:339 )	J	238 - 339
11	1	1	chain K and (resseq 1:78 or resseq 84:235 or resseq 238:339 )	K	1 - 78
11	2	1	chain K and (resseq 1:78 or resseq 84:235 or resseq 238:339 )	K	84 - 235
11	3	1	chain K and (resseq 1:78 or resseq 84:235 or resseq 238:339 )	K	238 - 339
12	1	1	chain L and (resseq 1:78 or resseq 84:235 or resseq 238:339 )	L	1 - 78
12	2	1	chain L and (resseq 1:78 or resseq 84:235 or resseq 238:339 )	L	84 - 235
12	3	1	chain L and (resseq 1:78 or resseq 84:235 or resseq 238:339 )	L	238 - 339

#1: タンパク質	Putrescine carbamoyltransferase / PTC / PTCase / Agmatine catabolism protein B / Putrescine transcarbamoylase / Putrescine transcarbamylase 分子量: 40556.805 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 遺伝子: agcB, argF-2, EF_0732, ptcA / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q837U7, putrescine carbamoyltransferase
#2: 化合物	... ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄

#1: タンパク質

Putrescine carbamoyltransferase / PTC / PTCase / Agmatine catabolism protein B / Putrescine transcarbamoylase / Putrescine transcarbamylase

分子量: 40556.805 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 遺伝子: agcB, argF-2, EF_0732, ptcA / プラスミド: pET28a / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q837U7, putrescine carbamoyltransferase

#2: 化合物

...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン

分子量: 96.063 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.79 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 200 mM Magnesium sulfate, 15-17% PEG 3350 and 100 mM Bis-Tris pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 291 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X29A / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年5月4日 / 詳細: focusing monochrometer and vertical focusing mirror

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3.2→50 Å / Num. all: 86740 / Num. obs: 85439 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.12 / Χ²: 1.017 / Net I/σ(I): 6.4

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
3.2-3.31	2.7	0.468	7503	0.925	1	87.4
3.31-3.45	3.2	0.403	8403	1.039	1	97.8
3.45-3.6	3.6	0.328	8651	1.039	1	100
3.6-3.79	3.7	0.247	8611	1.087	1	100
3.79-4.03	3.8	0.182	8608	1.042	1	100
4.03-4.34	3.8	0.126	8664	0.946	1	100
4.34-4.78	3.7	0.099	8658	1.027	1	100
4.78-5.47	3.7	0.096	8698	1.025	1	100
5.47-6.89	3.7	0.09	8738	1.016	1	100
6.89-50	3.6	0.047	8905	0.99	1	99.7

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.7.1_743	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
CBASS		データ収集
DENZO		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.2→48.17 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8148 / SU ML: 0.9 / σ(F): 1.34 / σ(I): 0 / 位相誤差: 25.27 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2343	1998	2.34 %	Random
R_work	0.1895	-	-	-
all	0.201	85439	-	-
obs	0.1905	85319	98.06 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 55.998 Å² / k_sol: 0.318 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 301.21 Å² / B_iso mean: 82.6604 Å² / B_iso min: 9.05 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-12.729 Å²	0 Å²	11.0771 Å²
2-	-	12.6059 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.123 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.2→48.17 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	32007	0	135	0	32142

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	32676
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.269	44100
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.08	4886
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	5739
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.619	12116

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	2610	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.053
1	2	B	2610	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.053
1	3	C	2607	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.048
1	4	D	2607	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.054
1	5	E	2565	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.054
1	6	F	2600	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.051
1	7	G	2600	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.049
1	8	H	2585	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.048
1	9	I	2556	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.048
1	10	J	2592	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.054
1	11	K	2600	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.054
1	12	L	2600	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.055

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
3.2-3.279	0.4059	118	0.338	4892	5010	81
3.279-3.3676	0.4068	136	0.2814	5701	5837	95
3.3676-3.4667	0.3031	143	0.2492	5983	6126	99
3.4667-3.5785	0.3028	145	0.233	6010	6155	100
3.5785-3.7064	0.3213	143	0.221	6035	6178	100
3.7064-3.8547	0.2353	144	0.2034	6009	6153	100
3.8547-4.0301	0.2608	145	0.193	6046	6191	100
4.0301-4.2424	0.1966	145	0.1646	6048	6193	100
4.2424-4.508	0.1977	145	0.1423	6048	6193	100
4.508-4.8558	0.1683	146	0.131	6077	6223	100
4.8558-5.3439	0.1819	145	0.1576	6071	6216	100
5.3439-6.1158	0.2419	147	0.1941	6103	6250	100
6.1158-7.7002	0.1899	147	0.1736	6111	6258	100
7.7002-48.1759	0.2086	149	0.1846	6187	6336	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7619	0.4705	0.0213	0.4539	0.051	0.2989	0.0601	-0.1661	0.1381	0.1198	-0.0153	-0.0745	-0.1309	0.1069	0.0336	-0.0843	-0.3508	0.0152	0.2596	-0.0002	-0.0028	-38.4271	-3.3327	62.2928
2	1.257	0.2198	-0.3421	1.0622	-0.3194	1.0497	-0.0737	-0.1662	-0.0002	0.1798	0.1155	0.0824	-0.0758	0.0411	-0.0084	0.061	-0.1853	0.0313	0.1197	0.1689	0.0315	-71.9715	-19.921	52.4452
3	1.2194	-0.3534	0.4158	1.4318	-0.3396	0.8242	0.0077	-0.1654	0.3077	0.084	0.0408	0.1685	-0.236	-0.0821	-0.0385	0.2886	-0.3645	0.0359	0.3335	0.0475	0.1871	-61.9037	12.9271	37.0162
4	0.5746	0.0422	0.0231	1.364	-0.2832	0.5991	0.0355	-0.0141	0.2245	-0.0277	0.0335	-0.019	-0.1838	0.1194	0.031	0.327	-0.1658	0.0876	-0.0268	-0.0991	0.2522	-121.2092	27.4494	50.9856
5	0.8984	0.0979	-0.0687	0.7988	0.2124	0.5569	0.094	-0.06	0.0264	-0.1213	-0.024	-0.0367	-0.1028	0.1436	0.011	0.0614	-0.2149	-0.1049	-0.0643	0.0145	0.0499	-106.1693	-7.7918	52.5325
6	1.6157	-0.025	0.1602	1.8974	-0.0257	0.9389	0.0211	-0.2833	0.3985	0.2383	0.0057	-0.5811	-0.2264	0.496	-0.0042	0.5032	-0.4215	0.0065	0.4259	-0.2377	0.384	-94.9339	18.4283	77.1968
7	2.1017	0.8056	0.2733	1.768	0.1272	1.261	0.1846	-0.365	-0.1283	0.1192	-0.0607	0.4001	0.1893	-0.1091	-0.1207	0.2464	0.0818	0.004	0.3151	0.0051	0.2946	-123.8286	9.374	-20.868
8	0.9033	-0.2112	-0.3061	1.0623	0.2739	1.4839	0.1393	-0.4372	0.2144	0.4676	-0.0276	0.2774	-0.0853	0.0695	-0.0423	0.364	-0.1077	0.256	0.4498	-0.1658	0.1688	-104.6729	30.4889	4.6183
9	1.1565	-0.183	0.136	1.5657	-0.4018	1.0353	0.1244	-0.3224	-0.115	0.3528	-0.0829	-0.0056	0.2454	0.1149	-0.0169	0.3125	0.1194	-0.056	0.4105	-0.0554	0.0278	-90.0548	-2.4038	-8.1994
10	0.1556	0.0997	-0.1632	0.4178	0.1207	0.3499	0.0066	0.0631	0.2358	0.0305	-0.0004	0.3056	-0.1768	-0.194	-0.0016	0.2295	0.0493	0.0623	0.3782	0.0663	0.2912	-26.7369	49.9283	83.6705
11	1.0538	0.0697	-0.2264	1.0222	0.0618	1.6419	0.0611	-0.4118	0.262	0.4776	0.1053	0.1859	-0.3179	-0.1449	-0.0346	0.4423	-0.081	0.1994	0.2822	-0.0487	0.0043	-1.8439	49.5919	112.7888
12	1.6473	-0.1395	0.0741	1.6051	0.1454	1.3051	-0.0503	-0.1796	-0.2936	0.2584	0.0454	0.2081	0.5072	-0.3235	-0.0349	0.4146	-0.2084	0.0469	0.3981	-0.0743	0.1505	-7.1931	18.0663	91.5287

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A	A	0 - 339
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B	B	-13 - 339
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C	C	0 - 339
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain D	D	-7 - 339
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain E	E	-12 - 339
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain F	F	0 - 339
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain G	G	-1 - 339
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain H	H	-1 - 339
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain I	I	-1 - 339
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain J	J	-1 - 339
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain K	K	-1 - 339
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain L	L	-1 - 339

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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