PDB-3tx3: CysZ, a putative sulfate permease

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3tx3

タイトル

CysZ, a putative sulfate permease

要素

Uncharacterized protein involved in cysteine biosynthesis

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Structural Genomics / PSI-Biology / New York Consortium on Membrane Protein Structure / NYCOMPS / membrane protein / anion channel

機能・相同性

high-affinity sulfate:proton symporter activity / : / Sulfate transporter CysZ / Sulfate transporter CysZ/Etoposide-induced protein 2.4 / sulfate assimilation / cysteine biosynthetic process / plasma membrane / Sulfate transporter CysZ

機能・相同性情報

生物種

Idiomarina loihiensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / Native SAD / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Assur, Z. / Liu, Q. / Hendrickson, W.A. / Mancia, F. / New York Consortium on Membrane Protein Structure (NYCOMPS)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: CysZ, a putative sulfate permease
著者: Assur, Z. / Liu, Q. / Hendrickson, W.A. / Mancia, F.

履歴

登録	2011年9月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年11月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3tx3.cif.gz	202.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3tx3.ent.gz	165.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3tx3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tx/3tx3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tx/3tx3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2ohg-1 5ha7-d 2oho-d 3mmu-12 4y9p-d 4nna-d 2qum-1 3plz-d 6j3f-d 5xr2-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: GO.7980

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Uncharacterized protein involved in cysteine biosynthesis

B: Uncharacterized protein involved in cysteine biosynthesis

ヘテロ分子

61.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	128.853, 81.986, 100.375
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 125.12, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Uncharacterized protein involved in cysteine biosynthesis 分子量: 28968.293 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Idiomarina loihiensis (バクテリア) 遺伝子: cysZ, IL1703 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 PLysS / 参照: UniProt: Q5QUJ8
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-LDA / LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE / ドデシルジメチルアミンオキシド分子量: 229.402 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₃₁NO / コメント: LDAO, 可溶化剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 152 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 7

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.74 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.13 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 100 mM MES, pH 6.0, 30% PEG 400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	NSLS	X4A	1	1.7432
シンクロトロン	NSLS	X4C	2	0.97912

検出器

タイプ	ID	検出器	日付	詳細
ADSC QUANTUM 4r	1	CCD	2010年7月20日	mirror
MAR CCD 165 mm	2	CCD	2010年7月20日	mirror

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	DCM	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	DCM	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.7432	1
2	0.97912	1

反射

解像度: 2.3→30 Å / Num. all: 38075 / Num. obs: 38075 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / B_iso Wilson estimate: 34.2 Å²

反射シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7_650)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法: Native SAD / 解像度: 2.3→29.172 Å / SU ML: 0.31 / σ(F): 0 / 位相誤差: 22.54 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2376	3719	5.13 %	RANDOM
R_work	0.1995	-	-	-
all	0.2015	72433	-	-
obs	0.2015	72433	97.04 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 53.167 Å² / k_sol: 0.321 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.3042 Å²	0 Å²	-1.4099 Å²
2-	-	13.4327 Å²	0 Å²
3-	-	-	-10.1284 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→29.172 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3677	0	249	152	4078

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	4007
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.894	5387
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.043	1519
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.062	581
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	621

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.3291	0.2618	139	0.2132	2350	X-RAY DIFFRACTION	91
2.3291-2.3597	0.2352	144	0.1969	2418	X-RAY DIFFRACTION	91
2.3597-2.392	0.226	150	0.1811	2440	X-RAY DIFFRACTION	93
2.392-2.4262	0.2694	136	0.1803	2410	X-RAY DIFFRACTION	92
2.4262-2.4624	0.2328	148	0.1819	2446	X-RAY DIFFRACTION	94
2.4624-2.5009	0.2546	146	0.1715	2446	X-RAY DIFFRACTION	96
2.5009-2.5418	0.2029	114	0.1755	2578	X-RAY DIFFRACTION	96
2.5418-2.5856	0.1914	89	0.1567	2506	X-RAY DIFFRACTION	96
2.5856-2.6326	0.2011	145	0.1656	2609	X-RAY DIFFRACTION	96
2.6326-2.6832	0.216	136	0.1731	2471	X-RAY DIFFRACTION	97
2.6832-2.738	0.2221	136	0.1785	2564	X-RAY DIFFRACTION	97
2.738-2.7974	0.2196	130	0.1714	2549	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7974-2.8625	0.2073	145	0.1842	2568	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8625-2.934	0.2672	130	0.1879	2609	X-RAY DIFFRACTION	98
2.934-3.0132	0.2478	125	0.1896	2531	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0132-3.1018	0.2359	136	0.1863	2583	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1018-3.2018	0.2013	136	0.1918	2597	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2018-3.3161	0.2419	129	0.1822	2628	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3161-3.4487	0.2213	154	0.1995	2577	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4487-3.6054	0.239	147	0.21	2610	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6054-3.7951	0.2797	134	0.1975	2622	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7951-4.0323	0.2398	142	0.2157	2612	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0323-4.3427	0.2537	162	0.2205	2602	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3427-4.778	0.2193	161	0.2044	2621	X-RAY DIFFRACTION	100
4.778-5.4654	0.237	117	0.1975	2620	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4654-6.8709	0.2575	153	0.2522	2592	X-RAY DIFFRACTION	100
6.8709-29.1739	0.2481	135	0.2102	2555	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5754	0.3298	-0.0707	0.7954	-0.0881	0.388	-0.126	0.135	0.3681	-0.1864	0.2673	0.1159	-0.1891	-0.11	-0.0433	0.3522	-0.0453	-0.0575	0.4084	0.0608	0.3919	38.6378	49.0206	8.9195
2	0.2872	-0.0476	0.0434	0.2902	-0.4662	0.6642	-0.2362	-0.0173	-0.4926	-0.0541	-0.1368	-0.4536	0.1247	0.0248	0.1862	0.3135	-0.0454	0.0915	0.3176	0.0524	0.5053	40.7969	18.1987	19.91
3	1.0719	-0.2171	0.0241	1.3792	0.3019	0.5957	-0.1059	0.1798	0.0285	-0.1112	0.0104	0.0354	-0.0627	0.0758	0.0392	0.2676	-0.0755	0.0134	0.2105	0.046	0.2082	48.6081	46.0169	19.5463
4	1.0944	0.3958	-0.0594	0.9407	0.4905	0.5072	-0.1019	0.4153	-0.2427	-0.3169	0.1762	-0.2171	0.2344	0.0084	-0.0226	0.2881	-0.012	0.063	0.3311	0.0021	0.2437	22.1996	16.4332	11.9942
5	1.0009	0.9817	0.6008	0.9082	0.6129	0.3912	-0.1154	-0.0009	0.848	0.1353	-0.1709	0.7383	-0.0336	0.0758	0.2031	0.3607	-0.0478	-0.0207	0.356	-0.0703	0.6061	23.7059	46.5444	22.9675
6	0.7732	-0.1493	0.603	0.9391	-0.2481	0.9762	-0.154	-0.0017	0.1323	-0.0817	0.0595	0.0101	-0.0004	-0.1206	0.0509	0.1592	-0.0485	-0.011	0.1878	-0.0152	0.1918	16.1883	19.5222	25.2307

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A and (resseq 5:34)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain A and (resseq 35:98)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain A and (resseq 99:246)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain B and (resseq 4:34)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain B and (resseq 35:98)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain B and (resseq 99:246)

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