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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3tx3 | ||||||
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タイトル | CysZ, a putative sulfate permease | ||||||
要素 | Uncharacterized protein involved in cysteine biosynthesis | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / PSI-Biology / New York Consortium on Membrane Protein Structure / NYCOMPS / membrane protein (膜タンパク質) / anion channel (イオンチャネル) | ||||||
機能・相同性 | Sulfate transporter CysZ / Sulfate transporter CysZ/Etoposide-induced protein 2.4 / sulfate transmembrane transporter activity / sulfate assimilation / cysteine biosynthetic process / plasma membrane => GO:0005886 / Sulfate transporter CysZ 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Idiomarina loihiensis (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / Native SAD / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Assur, Z. / Liu, Q. / Hendrickson, W.A. / Mancia, F. / New York Consortium on Membrane Protein Structure (NYCOMPS) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: CysZ, a putative sulfate permease 著者: Assur, Z. / Liu, Q. / Hendrickson, W.A. / Mancia, F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3tx3.cif.gz | 202.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3tx3.ent.gz | 165.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3tx3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tx/3tx3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tx/3tx3 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28968.293 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Idiomarina loihiensis (バクテリア) 遺伝子: cysZ, IL1703 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 PLysS / 参照: UniProt: Q5QUJ8 #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #3: 化合物 | ChemComp-CL / #4: 化合物 | ChemComp-LDA / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 7 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.13 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 100 mM MES, pH 6.0, 30% PEG 400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.3→30 Å / Num. all: 38075 / Num. obs: 38075 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 34.2 Å2 | ||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.36 Å / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: Native SAD / 解像度: 2.3→29.172 Å / SU ML: 0.31 / σ(F): 0 / 位相誤差: 22.54 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 53.167 Å2 / ksol: 0.321 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→29.172 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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