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- PDB-3twb: Crystal structure of gluconate dehydratase (TARGET EFI-501679) fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3twb
タイトルCrystal structure of gluconate dehydratase (TARGET EFI-501679) from Salmonella enterica subsp. enterica serovar Enteritidis str. P125109 complexed with magnesium and gluconic acid
要素Putative dehydratase
キーワードLYASE / ENOLASE / MAGNESIUM BINDING SITE / Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


gluconate dehydratase / gluconate dehydratase activity / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; デヒドラターゼ類 / amino acid catabolic process / carbohydrate catabolic process / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme family signature 2. / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme family signature 1. / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, conserved site / Mandelate racemase DgoD-like / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C-terminal / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain / Enolase C-terminal domain-like / Enolase C-terminal domain-like ...Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme family signature 2. / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme family signature 1. / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, conserved site / Mandelate racemase DgoD-like / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C-terminal / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain / Enolase C-terminal domain-like / Enolase C-terminal domain-like / Enolase-like C-terminal domain / Enolase-like, N-terminal domain / Enolase-like, N-terminal / Enolase-like, C-terminal domain superfamily / Enolase-like; domain 1 / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
D-gluconic acid / D-galactonate dehydratase family member SEN1436
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Enteritidis (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.76 Å
データ登録者Patskovsky, Y. / Toro, R. / Bhosle, R. / Hillerich, B. / Seidel, R.D. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hammonds, J. ...Patskovsky, Y. / Toro, R. / Bhosle, R. / Hillerich, B. / Seidel, R.D. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hammonds, J. / Zencheck, W.D. / Imker, H.J. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Gluconate Dehydratase from Salmonella Enterica P125109
著者: Patskovsky, Y. / Toro, R. / Bhosle, R. / Hillerich, B. / Seidel, R.D. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hammonds, J. / Zencheck, W.D. / Imker, H.J. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C.
履歴
登録2011年9月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年3月7日Group: Structure summary
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative dehydratase
B: Putative dehydratase
C: Putative dehydratase
D: Putative dehydratase
E: Putative dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)247,06725
ポリマ－245,2145
非ポリマー1,85320
水36,3182016
1
C: Putative dehydratase
D: Putative dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,93011
ポリマ－98,0852
非ポリマー8459
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7430 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area28900 Å2
手法PISA
2
E: Putative dehydratase
ヘテロ分子

E: Putative dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,5978
ポリマ－98,0852
非ポリマー5126
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_655-x+1,y,-z1
Buried area6760 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area28540 Å2
手法PISA
3
A: Putative dehydratase
B: Putative dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,83810
ポリマ－98,0852
非ポリマー7538
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7200 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area28870 Å2
手法PISA
4
A: Putative dehydratase
B: Putative dehydratase
ヘテロ分子

A: Putative dehydratase
B: Putative dehydratase
ヘテロ分子

A: Putative dehydratase
B: Putative dehydratase
ヘテロ分子

A: Putative dehydratase
B: Putative dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)395,35340
ポリマ－392,3428
非ポリマー3,01132
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
Buried area58870 Å2
ΔGint-244 kcal/mol
Surface area85400 Å2
手法PISA
5
E: Putative dehydratase
ヘテロ分子
x 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)394,38932
ポリマ－392,3428
非ポリマー2,04724
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_645-x+1,-y-1,z1
crystal symmetry operation3_545-y,x-1,z1
crystal symmetry operation4_655y+1,-x,z1
crystal symmetry operation5_655-x+1,y,-z1
crystal symmetry operation6_545x,-y-1,-z1
crystal symmetry operation7_645y+1,x-1,-z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z1
Buried area57770 Å2
ΔGint-359 kcal/mol
Surface area83450 Å2
手法PISA
6
C: Putative dehydratase
D: Putative dehydratase
ヘテロ分子

C: Putative dehydratase
D: Putative dehydratase
ヘテロ分子

C: Putative dehydratase
D: Putative dehydratase
ヘテロ分子

C: Putative dehydratase
D: Putative dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)395,72144
ポリマ－392,3428
非ポリマー3,37936
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_645-x+1,-y-1,z1
crystal symmetry operation3_545-y,x-1,z1
crystal symmetry operation4_655y+1,-x,z1
Buried area59780 Å2
ΔGint-236 kcal/mol
Surface area85510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)144.727, 144.727, 446.996
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-519-

HOH

21C-554-

HOH

31C-571-

HOH

41D-496-

HOH

51D-520-

HOH

61D-603-

HOH

71E-474-

HOH

81E-490-

HOH

91E-491-

HOH

-
要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 10分子 ABCDE

#1: タンパク質
Putative dehydratase


分子量: 49042.746 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Enteritidis (サルモネラ菌)
株: P125109 / 遺伝子: SEN1436 / プラスミド: PET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B5R541
#5: 糖
ChemComp-GCO / D-gluconic acid / GLUCONIC ACID / グルコン酸


タイプ: D-saccharide / 分子量: 196.155 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O7

-
非ポリマー , 4種, 2031分子

#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2016 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.48 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2M AMMONIUM ACETATE, 100MM TRIS-HCL PH 8.5, 25% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 294K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年8月9日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.76→50 Å / Num. obs: 232167 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -5 / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 18.282 Å2 / Rsym value: 0.18 / Net I/σ(I): 4.6
反射 シェル解像度: 1.76→1.79 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.98 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3TW9

3tw9


解像度: 1.76→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 2.401 / SU ML: 0.075 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.106 / ESU R Free: 0.105 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20596 6987 3 %RANDOM
Rwork0.16969 ---
obs0.17079 224917 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.047 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å20 Å20 Å2
2---0.02 Å20 Å2
3---0.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.76→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16139 0 115 2016 18270
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.02216946
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4971.97523093
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.03652162
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.27224.059749
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.594152808
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.27815111
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.22522
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02113036
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.763210481
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.022316994
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.29746465
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it9.18276052
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.761→1.806 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.316 505 -
Rwork0.299 16237 -
obs--99.37 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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