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- PDB-3tw7: Structure of Rhizobium etli pyruvate carboxylase T882A crystalliz... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tw7
タイトルStructure of Rhizobium etli pyruvate carboxylase T882A crystallized without acetyl coenzyme-A
要素Pyruvate carboxylase protein
キーワードLIGASE / BIOTIN CARBOXYLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


pyruvate carboxylase / pyruvate carboxylase activity / pyruvate metabolic process / gluconeogenesis / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
pyruvate carboxylase f1077a mutant fold / pyruvate carboxylase f1077a mutant domain / Conserved carboxylase domain / Pyruvate carboxylase / Carboxylase, conserved domain / Conserved carboxylase domain / Pyruvate carboxyltransferase / HMGL-like / Pyruvate carboxyltransferase domain. / Biotin-binding site ...pyruvate carboxylase f1077a mutant fold / pyruvate carboxylase f1077a mutant domain / Conserved carboxylase domain / Pyruvate carboxylase / Carboxylase, conserved domain / Conserved carboxylase domain / Pyruvate carboxyltransferase / HMGL-like / Pyruvate carboxyltransferase domain. / Biotin-binding site / Biotin-requiring enzymes attachment site. / Biotin carboxylase-like, N-terminal domain / Biotin carboxylase, C-terminal / Biotin carboxylation domain / Biotin carboxylase, N-terminal domain / Biotin carboxylase C-terminal domain / Biotin carboxylation domain profile. / Biotin carboxylase C-terminal domain / Rossmann fold - #20 / Carbamoyl-phosphate synthase subdomain signature 1. / Carbamoyl-phosphate synthetase large subunit-like, ATP-binding domain / Carbamoyl-phosphate synthase L chain, ATP binding domain / Biotin-requiring enzyme / Rudiment single hybrid motif / Biotinyl/lipoyl domain profile. / Biotin/lipoyl attachment / Single hybrid motif / Cyclin A; domain 1 / ATP-grasp fold, B domain / Pre-ATP-grasp domain superfamily / ATP-grasp fold / ATP-grasp fold profile. / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / Homeodomain-like / Aldolase class I / Carbamoyl-phosphate synthase subdomain signature 2. / Arc Repressor Mutant, subunit A / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Roll / Alpha-Beta Barrel / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Pyruvate carboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Rhizobium etli (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者St Maurice, M. / Kumar, S. / Lietzan, A.D.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2011
タイトル: Interaction between the biotin carboxyl carrier domain and the biotin carboxylase domain in pyruvate carboxylase from Rhizobium etli.
著者: Lietzan, A.D. / Menefee, A.L. / Zeczycki, T.N. / Kumar, S. / Attwood, P.V. / Wallace, J.C. / Cleland, W.W. / St Maurice, M.
履歴
登録2011年9月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年12月28日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyruvate carboxylase protein
B: Pyruvate carboxylase protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)255,3148
ポリマ－255,0642
非ポリマー2506
水21612
1
A: Pyruvate carboxylase protein
B: Pyruvate carboxylase protein
ヘテロ分子

A: Pyruvate carboxylase protein
B: Pyruvate carboxylase protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)510,62916
ポリマ－510,1284
非ポリマー50112
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-y,z1
Buried area14140 Å2
ΔGint-277 kcal/mol
Surface area145040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)264.158, 264.158, 91.790
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number80
Space group name H-MI41
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.251136, -0.961216, 0.113996), (-0.966573, -0.255317, -0.023449), (0.051645, -0.104296, -0.993204)5.42476, -1.76188, 11.04425

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要素

#1: タンパク質 Pyruvate carboxylase protein


分子量: 127532.008 Da / 分子数: 2 / 変異: T882A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhizobium etli (根粒菌) / 株: CFN 42 / ATCC 51251 / 遺伝子: pyc, RHE_CH04002 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2K340, pyruvate carboxylase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.81 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 16% PEG 4000, 10% MPD, 0.2M potassium bromide, 0.1 M triethanolamine, 0.1 M sodium formate, 0.1 M sodium L-aspartate, 2 mM TCEP, 5 mM adenosine 5'[gamma-thio]triphosphate, 10 mM magnesium ...詳細: 16% PEG 4000, 10% MPD, 0.2M potassium bromide, 0.1 M triethanolamine, 0.1 M sodium formate, 0.1 M sodium L-aspartate, 2 mM TCEP, 5 mM adenosine 5'[gamma-thio]triphosphate, 10 mM magnesium chloride, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月26日
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock high-resolution double-crystal monochromator, Si 111
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→50 Å / Num. all: 82839 / Num. obs: 82806 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.5 % / Biso Wilson estimate: 43.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 21.2
反射 シェル解像度: 2.75→2.85 Å / 冗長度: 8.7 % / Rmerge(I) obs: 0.568 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.1→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.868 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.825 / SU B: 44.135 / SU ML: 0.375 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.485 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29189 2969 5.1 %RANDOM
Rwork0.24978 ---
obs0.25194 82792 99.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 73.178 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.58 Å20 Å20 Å2
2--1.58 Å20 Å2
3----3.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15008 0 6 12 15026
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.01915507
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6721.96621138
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.99452048
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.12324.065642
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.175152404
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.65815101
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.22418
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02111862
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.18 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.326 228 -
Rwork0.271 3876 -
obs--99.98 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8166-1.18480.23331.44640.58342.3613-0.0689-0.62470.46380.39080.336-0.6322-0.19560.596-0.26710.87670.1738-0.13141.081-0.27571.561344.708239.24922.9902
21.4843-0.0241-0.3671.17190.63441.73160.0442-0.2713-0.24310.3119-0.0115-0.14490.61470.1738-0.03260.3590.0867-0.1280.2154-0.05080.1361-24.619132.971520.1064
33.6563-0.348-0.68311.86880.03311.97480.24030.3585-0.3733-0.3769-0.13470.1670.8028-0.1871-0.10560.77470.1777-0.07970.4513-0.10831.5741-26.005-48.997-7.2754
41.2222-0.16750.14941.5142-0.17140.7252-0.07980.1617-0.1075-0.17660.0774-0.15220.10980.35920.00250.22740.0476-0.06730.2793-0.06930.0921-42.02218.5122-14.0336
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 460
2X-RAY DIFFRACTION2A473 - 1066
3X-RAY DIFFRACTION3B2 - 460
4X-RAY DIFFRACTION4B473 - 1066

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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