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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3tw0 | ||||||
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タイトル | Structural Analysis of Adhesive Tip pilin, GBS104 from Group B Streptococcus agalactiae | ||||||
![]() | Cell wall surface anchor family protein | ||||||
![]() | CELL ADHESION / vWFA fold / Ancillary pilin / Gram-positive bacterial cell surface | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Krishnan, V. / Narayana, S.V.L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of Streptococcus agalactiae tip pilin GBS104: a model for GBS pili assembly and host interactions. 著者: Krishnan, V. / Dwivedi, P. / Kim, B.J. / Samal, A. / Macon, K. / Ma, X. / Mishra, A. / Doran, K.S. / Ton-That, H. / Narayana, S.V. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 304.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 245.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41639.133 Da / 分子数: 4 / 断片: SEE REMARK 999 / 変異: T564C, K571C / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: 2603 V/R / 遺伝子: SAG0649 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 化合物 | ChemComp-ACT / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | N3 DOMAIN (UNP RESIDUES 212-581) REMAINS AFTER DEGRADATION OF ORIGINAL PROTEIN CONSTRUCT (UNP ...N3 DOMAIN (UNP RESIDUES 212-581) REMAINS AFTER DEGRADATIO | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.49 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 20% PEG3000, 0.1 M HEPES, 0.2 M NaCl, 10 mM Spermine-4HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年4月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→46.304 Å / Num. obs: 88454 / % possible obs: 89 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 11.5 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.29 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / % possible all: 80.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 3TVY 解像度: 2→46.304 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 3.843 / SU ML: 0.107 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.246 / ESU R Free: 0.186 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.932 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→46.304 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
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