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- PDB-3tvk: Diguanylate cyclase domain of DgcZ -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tvk
タイトルDiguanylate cyclase domain of DgcZ
要素Diguanylate cyclase DgcZ
キーワードTRANSFERASE / diguanylate cyclase / putative zinc sensor / c-di-GMP
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of bacterial-type flagellum assembly / positive regulation of single-species biofilm formation on inanimate substrate / negative regulation of bacterial-type flagellum-dependent cell motility / diguanylate cyclase / diguanylate cyclase activity / cell pole / cell adhesion involved in single-species biofilm formation / GTP binding / protein homodimerization activity / zinc ion binding ...negative regulation of bacterial-type flagellum assembly / positive regulation of single-species biofilm formation on inanimate substrate / negative regulation of bacterial-type flagellum-dependent cell motility / diguanylate cyclase / diguanylate cyclase activity / cell pole / cell adhesion involved in single-species biofilm formation / GTP binding / protein homodimerization activity / zinc ion binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Chemoreceptor zinc-binding domain / Chemoreceptor zinc-binding domain / : / Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / Nucleotide cyclase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain ...Chemoreceptor zinc-binding domain / Chemoreceptor zinc-binding domain / : / Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / Nucleotide cyclase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-C2E / D(-)-TARTARIC ACID / Diguanylate cyclase DgcZ
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Zaehringer, F. / Schirmer, T.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: Structure and signaling mechanism of a zinc-sensory diguanylate cyclase.
著者: Zahringer, F. / Lacanna, E. / Jenal, U. / Schirmer, T. / Boehm, A.
履歴
登録2011年9月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年4月13日Group: Database references
改定 1.22016年4月27日Group: Structure summary
改定 1.32023年9月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Diguanylate cyclase DgcZ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,7386
ポリマ－20,4921
非ポリマー2,2465
水2,522140
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.623, 79.623, 51.207
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number171
Space group name H-MP62

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要素

#1: タンパク質 Diguanylate cyclase DgcZ / DGC


分子量: 20492.170 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 127-296 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: b1535, JW1528, ydeG, ydeH / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: P31129, diguanylate cyclase
#2: 化合物 ChemComp-C2E / 9,9'-[(2R,3R,3aS,5S,7aR,9R,10R,10aS,12S,14aR)-3,5,10,12-tetrahydroxy-5,12-dioxidooctahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8]tetraoxadiphosphacyclododecine-2,9-diyl]bis(2-amino-1,9-dihydro-6H-purin-6-one) / c-di-GMP / Cyclic diguanosine monophosphate / c-di-GMP


分子量: 690.411 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24N10O14P2
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-TAR / D(-)-TARTARIC ACID / D-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 140 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細AUTHORS STATE THAT ONLY HALF OF RESIDUE C2E A 501 HAS BEEN MODELED. THE OTHER HALF OF THE 2-FOLD ...AUTHORS STATE THAT ONLY HALF OF RESIDUE C2E A 501 HAS BEEN MODELED. THE OTHER HALF OF THE 2-FOLD SYMMETRIC C2E LIGAND IS GENERATED BY A CRYSTALLOGRAPHIC 2-FOLD AXIS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.5 %
結晶化温度: 293 K / pH: 8.5
詳細: 100mM Tris, 22.5% PEG 4000, pH 8.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.979
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→51.21 Å / Num. obs: 17292 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.5 % / Biso Wilson estimate: 19.75 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 24.1
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 12 % / Rmerge(I) obs: 0.346 / Mean I/σ(I) obs: 7.6 / Rsym value: 0.346 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.5.0102精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1W25

1w25


解像度: 1.8→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU B: 2.22 / SU ML: 0.071 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.117 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.201 872 5.1 %RANDOM
Rwork0.166 ---
obs0.167 17232 100 %-
all-17232 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.21 Å2-0.11 Å2-0 Å2
2---0.21 Å2-0 Å2
3---0.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1370 0 121 140 1631
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0221550
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02999
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2812.0582132
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8043.0062356
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5235181
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.86223.15876
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.86315241
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.5631517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2241
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021680
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02313
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8151.5866
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.6811.5356
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.89421403
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.0943684
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.0194.5724
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.282 50 -
Rwork0.229 1207 -
obs--99.92 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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