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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3tvb | ||||||||||||||||||
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タイトル | A Highly Symmetric DNA G-4 Quadruplex/drug Complex | ||||||||||||||||||
要素 | DNA (5'-D(*キーワード | DNA/antibiotic / G-4 Quadruplex / Daunomycin / DNA-Drug Complex / DNA-antibiotic complex | 機能・相同性 | DAUNOMYCIN / DNA | 機能・相同性情報 手法 | X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO / 解像度: 1.08 Å | データ登録者 | Clark, G.R. / Pytel, P.D. / Squire, C.J. | 引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2012 | タイトル: The high-resolution crystal structure of a parallel intermolecular DNA G-4 quadruplex/drug complex employing syn glycosyl linkages. 著者: Clark, G.R. / Pytel, P.D. / Squire, C.J. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3tvb.cif.gz | 27.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3tvb.ent.gz | 19.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3tvb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3tvb_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3tvb_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 3tvb_validation.xml.gz | 6.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3tvb_validation.cif.gz | 8.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tv/3tvb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tv/3tvb | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 1271.866 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic oligomer #2: 化合物 | ChemComp-DM1 / #3: 化合物 | ChemComp-NA / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.93 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: NATRIX NR46 droplets 0.005 M Magnesium sulfate, 0.05 M Tris HCl buffer at pH 8.5, 35% w/v 1,6-hexane diol, Sitting drop, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 1.006 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.006 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.08→10 Å / Num. all: 21428 / Num. obs: 21428 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / 冗長度: 66.9 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 81.79 |
反射 シェル | 解像度: 1.08→1.13 Å / Rmerge(I) obs: 0.273 / Mean I/σ(I) obs: 15.14 / % possible all: 99.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: AB INITIO 開始モデル: NONE 解像度: 1.08→10 Å / Num. parameters: 2579 / Num. restraintsaints: 2250 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 4 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
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Refine analyze | Num. disordered residues: 0 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 430.19 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.08→10 Å
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拘束条件 |
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