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万見
- PDB-3tvb: A Highly Symmetric DNA G-4 Quadruplex/drug Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tvb
タイトルA Highly Symmetric DNA G-4 Quadruplex/drug Complex
要素DNA (5'-D(*GP*GP*GP*G)-3')
キーワードDNA/antibiotic / G-4 Quadruplex / Daunomycin (ダウノルビシン) / DNA-Drug Complex / DNA-antibiotic complex
機能・相同性ダウノルビシン / デオキシリボ核酸
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO / 解像度: 1.08 Å
データ登録者Clark, G.R. / Pytel, P.D. / Squire, C.J.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2012
タイトル: The high-resolution crystal structure of a parallel intermolecular DNA G-4 quadruplex/drug complex employing syn glycosyl linkages.
著者: Clark, G.R. / Pytel, P.D. / Squire, C.J.
履歴
登録2011年9月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年7月11日Group: Database references
改定 1.22020年1月29日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: ndb_struct_na_base_pair / ndb_struct_na_base_pair_step ...ndb_struct_na_base_pair / ndb_struct_na_base_pair_step / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / struct_biol / struct_conn / struct_conn_type
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*GP*GP*GP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*GP*GP*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,88616
ポリマ－2,5442
非ポリマー2,34314
水1,982110
1
A: DNA (5'-D(*GP*GP*GP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*GP*GP*GP*G)-3')
ヘテロ分子

A: DNA (5'-D(*GP*GP*GP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*GP*GP*GP*G)-3')
ヘテロ分子

A: DNA (5'-D(*GP*GP*GP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*GP*GP*GP*G)-3')
ヘテロ分子

A: DNA (5'-D(*GP*GP*GP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*GP*GP*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,54564
ポリマ－10,1758
非ポリマー9,37056
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation4_565y,-x+1,z1
Buried area9450 Å2
ΔGint-265 kcal/mol
Surface area11500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.209, 40.209, 49.831
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-13-

NA

21A-14-

NA

31A-15-

NA

41B-16-

NA

51B-17-

NA

61B-18-

NA

71B-19-

NA

81B-20-

NA

91B-21-

MG

101B-22-

MG

111A-101-

HOH

121A-103-

HOH

131B-106-

HOH

-
要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*GP*GP*G)-3')


分子量: 1271.866 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic oligomer
#2: 化合物
ChemComp-DM1 / DAUNOMYCIN / DAUNORUBICIN / ダウノルビシン / ダウノルビシン


分子量: 527.520 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H29NO10 / コメント: 薬剤, 化学療法薬*YM
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.93 %
結晶化温度: 277 K / 手法: シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: NATRIX NR46 droplets 0.005 M Magnesium sulfate, 0.05 M Tris HCl buffer at pH 8.5, 35% w/v 1,6-hexane diol, Sitting drop, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 1.006 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.006 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.08→10 Å / Num. all: 21428 / Num. obs: 21428 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / 冗長度: 66.9 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 81.79
反射 シェル解像度: 1.08→1.13 Å / Rmerge(I) obs: 0.273 / Mean I/σ(I) obs: 15.14 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXモデル構築
SHELXL-97精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: AB INITIO
開始モデル: NONE

解像度: 1.08→10 Å / Num. parameters: 2579 / Num. restraintsaints: 2250 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 4 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2023 1677 11 %RANDOM
Rwork0.1591 ---
all0.164 15269 --
obs0.1618 14501 89.8 %-
Refine analyzeNum. disordered residues: 0 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 430.19
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.08→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 170 162 110 442
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.024
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.072
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.005
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.019
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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