PDB-3tuz: Inward facing conformations of the MetNI methionine ABC transport...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3tuz

タイトル

Inward facing conformations of the MetNI methionine ABC transporter: CY5 SeMet soak crystal form

要素

D-methionine transport system permease protein metI
Methionine import ATP-binding protein MetN

キーワード

HYDROLASE/TRANSPORT PROTEIN / ABC-TRANSPORTER / TYPE I ABC TYPE IMPORTER / METHIONINE UPTAKE TRANSPORTER / MEMBRANE PROTEIN / AMINO-ACID TRANSPORT / ATP-BINDING / HYDROLASE / INNER MEMBRANE / HYDROLASE-TRANSPORT PROTEIN complex

機能・相同性

機能・相同性情報

L-methionine transmembrane transporter activity / methionine-importing ABC transporter complex / methionine import across plasma membrane / ABC-type methionine transporter / ABC-type D-methionine transporter activity / D-methionine transmembrane transport / methionine transport / Gram-negative-bacterium-type cell wall / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.4 Å

データ登録者

Johnson, E. / Nguyen, P. / Rees, D.C.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2012
タイトル: Inward facing conformations of the MetNI methionine ABC transporter: Implications for the mechanism of transinhibition.
著者: Johnson, E. / Nguyen, P.T. / Yeates, T.O. / Rees, D.C.

履歴

登録	2011年9月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年11月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年12月28日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年12月6日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3tuz.cif.gz	431 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3tuz.ent.gz	350.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3tuz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3tuz_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3tuz_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	3tuz_validation.xml.gz	86.8 KB	表示
CIF形式データ	3tuz_validation.cif.gz	114.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tu/3tuz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tu/3tuz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3tuiC 3tujC 3dhwS 3dhx S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3tui-1 3tuj-d 3tui-2 3dhw-1 2hi9-d 5i2r-d 5edg-d 3dhw-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#123 - 2010年3月 P-糖タンパク質 (P-glycoprotein) 類似性 (5) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (5)

登録構造単位

A: D-methionine transport system permease protein metI

B: D-methionine transport system permease protein metI

C: Methionine import ATP-binding protein MetN

D: Methionine import ATP-binding protein MetN

E: D-methionine transport system permease protein metI

F: D-methionine transport system permease protein metI

G: Methionine import ATP-binding protein MetN

H: Methionine import ATP-binding protein MetN

ヘテロ分子

258 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: D-methionine transport system permease protein metI

B: D-methionine transport system permease protein metI

C: Methionine import ATP-binding protein MetN

D: Methionine import ATP-binding protein MetN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
129 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: D-methionine transport system permease protein metI

F: D-methionine transport system permease protein metI

G: Methionine import ATP-binding protein MetN

H: Methionine import ATP-binding protein MetN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
129 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.310, 138.890, 147.510
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 95.720, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	D-methionine transport system permease protein metI 分子量: 23269.947 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b0198, JW0194, metI, yaeE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21* / 参照: UniProt: P31547
#2: タンパク質	Methionine import ATP-binding protein MetN 分子量: 40610.191 Da / 分子数: 4 / Mutation: E166Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: abc, b0199, JW0195, metN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21* 参照: UniProt: P30750, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・物質の膜輸送を触媒する
#3: 化合物	ChemComp-MSE / SELENOMETHIONINE タイプ: L-peptide linking / 分子量: 196.106 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₁NO₂Se
#4: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE 分子量: 427.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.06 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 25% v/v polyethylene glycol 400, 0.1 M tris, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9801 Å

検出器

タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年12月5日

放射

モノクロメーター: Liquid nitrogen-cooled double crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9801 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 10.3 % / Av σ(I) over netI: 6.4 / 数: 492148 / R_sym value: 0.076 / D res high: 3.195 Å / D res low: 146.772 Å / Num. obs: 47870 / % possible obs: 86.3

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	R_sym value	Redundancy
3.19	3.37	49.5	1	0.686	0.686	6.7
10.1	39.46	96.4	1	0.031	0.031	10.5
7.14	10.1	99.2	1	0.037	0.037	11.2
5.83	7.14	99.3	1	0.071	0.071	11.6
5.05	5.83	99	1	0.09	0.09	11.2
4.52	5.05	99.2	1	0.09	0.09	11.7
4.12	4.52	98.7	1	0.119	0.119	11.3
3.82	4.12	99.3	1	0.238	0.238	11.8
3.57	3.82	88.6	1	0.319	0.319	8.9
3.37	3.57	69.6	1	0.449	0.449	7.5

反射

解像度: 3.195→146.772 Å / Num. all: 47870 / Num. obs: 47870 / % possible obs: 86.3 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.3 % / R_sym value: 0.076 / Net I/σ(I): 15.6

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
3.19-3.37	6.7	0.686	1.1	26708	3980	0.686	49.5
3.37-3.57	7.5	0.449	1.7	39570	5308	0.449	69.6
3.57-3.82	8.9	0.319	2.4	56546	6338	0.319	88.6
3.82-4.12	11.8	0.238	3.2	78051	6634	0.238	99.3
4.12-4.52	11.3	0.119	4.9	68979	6092	0.119	98.7
4.52-5.05	11.7	0.09	7.4	65016	5534	0.09	99.2
5.05-5.83	11.2	0.09	3	54758	4868	0.09	99
5.83-7.14	11.6	0.071	9.7	48095	4149	0.071	99.3
7.14-10.1	11.2	0.037	15.8	36116	3225	0.037	99.2
10.1-39.463	10.5	0.031	18	18309	1742	0.031	96.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.16	データスケーリング
PHENIX	1.7.1_743	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
Blu-Ice		データ収集
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3DHW

3dhw

解像度: 3.4→38.799 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.56 / FOM work R set: 0.7524 / SU ML: 1.26 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.3055	2156	5.01 %	random
R_work	0.2602	-	-	-
all	0.2625	43016	-	-
obs	0.2625	43016	93.4 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.27 Å / VDWプローブ半径: 0.6 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 25.005 Å² / k_sol: 0.288 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 213.88 Å² / B_iso mean: 80.7078 Å² / B_iso min: 26.17 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.9078 Å²	-0 Å²	-5.4699 Å²
2-	-	2.953 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.0452 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.4→38.799 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17090	0	144	0	17234

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	17527
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.421	23844
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.085	2908
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	2997
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.41	6422

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
3.4001-3.4791	0.4497	106	0.4475	1962	2068	67
3.4791-3.5661	0.423	114	0.3794	2148	2262	74
3.5661-3.6624	0.3852	123	0.3387	2388	2511	82
3.6624-3.7701	0.3413	130	0.3007	2654	2784	91
3.7701-3.8917	0.3012	133	0.2774	2835	2968	98
3.8917-4.0307	0.3347	156	0.2679	2888	3044	99
4.0307-4.1919	0.3046	164	0.2532	2860	3024	99
4.1919-4.3824	0.2759	152	0.2231	2907	3059	99
4.3824-4.6131	0.279	155	0.2211	2871	3026	99
4.6131-4.9016	0.2756	138	0.2319	2896	3034	99
4.9016-5.2792	0.3313	158	0.2644	2847	3005	99
5.2792-5.8089	0.3381	137	0.2736	2902	3039	99
5.8089-6.6458	0.3281	167	0.2625	2887	3054	99
6.6458-8.3592	0.2581	158	0.1975	2912	3070	99
8.3592-38.8018	0.243	165	0.2254	2903	3068	98

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関連情報:EMDBヘッダ

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