PDB-3tui: Inward facing conformations of the MetNI methionine ABC transport...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3tui

タイトル

Inward facing conformations of the MetNI methionine ABC transporter: CY5 native crystal form

要素

D-methionine transport system permease protein metI
Methionine import ATP-binding protein MetN

キーワード

HYDROLASE/TRANSPORT PROTEIN / ABC-TRANSPORTER / TYPE I ABC TYPE IMPORTER / METHIONINE UPTAKE TRANSPORTER / MEMBRANE PROTEIN / AMINO-ACID TRANSPORT / ATP-BINDING / HYDROLASE / INNER MEMBRANE / HYDROLASE-TRANSPORT PROTEIN complex

機能・相同性

機能・相同性情報

L-methionine transmembrane transporter activity / ABC-type D-methionine transporter activity / methionine import across plasma membrane / methionine-importing ABC transporter complex / ABC-type methionine transporter / D-methionine transmembrane transport / Gram-negative-bacterium-type cell wall / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP hydrolysis activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Johnson, E. / Nguyen, P.T. / Rees, D.C.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2012
タイトル: Inward facing conformations of the MetNI methionine ABC transporter: Implications for the mechanism of transinhibition.
著者: Johnson, E. / Nguyen, P.T. / Yeates, T.O. / Rees, D.C.

履歴

登録	2011年9月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年11月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年12月28日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3tui.cif.gz	436.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3tui.ent.gz	355.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3tui.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3tui_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3tui_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	3tui_validation.xml.gz	88.9 KB	表示
CIF形式データ	3tui_validation.cif.gz	119.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tu/3tui ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tu/3tui	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3tujC 3tuzC 3dhwS 3dhx S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3tuz-1 3tuj-d 3tuz-2 3dhw-1 5edg-d 5i2r-d 5edi-d 6t5f-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#123 - 2010年3月 P-糖タンパク質 (P-glycoprotein) 類似性 (5) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (5)

登録構造単位

A: D-methionine transport system permease protein metI

B: D-methionine transport system permease protein metI

C: Methionine import ATP-binding protein MetN

D: Methionine import ATP-binding protein MetN

E: D-methionine transport system permease protein metI

F: D-methionine transport system permease protein metI

G: Methionine import ATP-binding protein MetN

H: Methionine import ATP-binding protein MetN

ヘテロ分子

257 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: D-methionine transport system permease protein metI

B: D-methionine transport system permease protein metI

C: Methionine import ATP-binding protein MetN

D: Methionine import ATP-binding protein MetN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
129 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: D-methionine transport system permease protein metI

F: D-methionine transport system permease protein metI

G: Methionine import ATP-binding protein MetN

H: Methionine import ATP-binding protein MetN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
129 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.430, 140.080, 150.070
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 96.39, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	D-methionine transport system permease protein metI 分子量: 23269.947 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b0198, JW0194, metI, yaeE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21* / 参照: UniProt: P31547
#2: タンパク質	Methionine import ATP-binding protein MetN 分子量: 40610.191 Da / 分子数: 4 / Mutation: E166Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: abc, b0199, JW0195, metN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21* 参照: UniProt: P30750, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・物質の膜輸送を触媒する
#3: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.07 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 25% v/v polyethylene glycol 400, 0.1 M tris, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL12-2 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月2日

放射

モノクロメーター: Liquid nitrogen-cooled double crystal.
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 3.3 % / Av σ(I) over netI: 12.4 / 数: 303926 / R_sym value: 0.041 / D res high: 2.7 Å / D res low: 29.608 Å / Num. obs: 91606 / % possible obs: 97.3

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	R_sym value	Redundancy
8.54	29.61	96.2	1	0.018	0.018	4.1
6.04	8.54	99.8	1	0.025	0.025	4.2
4.93	6.04	99.9	1	0.034	0.034	4.2
4.27	4.93	100	1	0.034	0.034	4.2
3.82	4.27	100	1	0.059	0.059	4.3
3.49	3.82	100	1	0.12	0.12	4.2
3.23	3.49	99.4	1	0.208	0.208	3.6
3.02	3.23	98.2	1	0.209	0.209	2.2
2.85	3.02	98.3	1	0.301	0.301	2.2
2.7	2.85	86.5	1	0.404	0.404	2.1

反射

解像度: 2.7→29.608 Å / Num. all: 91606 / Num. obs: 91606 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / R_sym value: 0.041 / Net I/σ(I): 12.4

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	R_sym value	Diffraction-ID	% possible all
2.7-2.85	2.1	0.404	1.9	0.404	1	86.5
2.85-3.02	2.2	0.301	2.6	0.301	1	98.3
3.02-3.23	2.2	0.209	3.7	0.209	1	98.2
3.23-3.49	3.6	0.208	3.7	0.208	1	99.4
3.49-3.82	4.2	0.12	6.3	0.12	1	100
3.82-4.27	4.3	0.059	11.2	0.059	1	100
4.27-4.93	4.2	0.034	14.8	0.034	1	100
4.93-6.04	4.2	0.034	17.4	0.034	1	99.9
6.04-8.54	4.2	0.025	20.3	0.025	1	99.8
8.54-29.608	4.1	0.018	30.2	0.018	1	96.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.16	データスケーリング
PHENIX	1.7.1_743	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
Blu-Ice		データ収集
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3DHW

3dhw

解像度: 2.9→29.609 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.89 / SU ML: 1.09 / σ(F): 0 / 位相誤差: 34.29 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3029	3692	4.97 %
R_work	0.2404	-	-
obs	0.2435	74334	97.93 %
all	-	75904	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 32.985 Å² / k_sol: 0.275 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.5273 Å²	-0 Å²	-8.2073 Å²
2-	-	2.3742 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.8602 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→29.609 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17132	0	108	146	17386

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	17537
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.469	23863
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.893	6421
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.088	2910
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	2999

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.9-2.9382	0.4122	114	0.442	2122	X-RAY DIFFRACTION	78
2.9382-2.9784	0.4642	108	0.4068	2364	X-RAY DIFFRACTION	84
2.9784-3.0209	0.4333	137	0.3856	2486	X-RAY DIFFRACTION	91
3.0209-3.0659	0.4046	154	0.372	2651	X-RAY DIFFRACTION	97
3.0659-3.1138	0.3631	158	0.3486	2785	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1138-3.1648	0.368	153	0.3278	2712	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1648-3.2193	0.3408	139	0.3084	2794	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2193-3.2777	0.3798	121	0.2998	2748	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2777-3.3407	0.3413	124	0.2891	2841	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3407-3.4088	0.3772	145	0.2669	2740	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4088-3.4828	0.3271	159	0.2458	2777	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4828-3.5637	0.3042	138	0.2399	2736	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5637-3.6527	0.3137	119	0.2301	2818	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6527-3.7512	0.314	149	0.2197	2731	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7512-3.8614	0.3179	163	0.2123	2761	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8614-3.9857	0.2679	137	0.2072	2801	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9857-4.1278	0.2365	153	0.2064	2726	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1278-4.2926	0.2517	145	0.1877	2803	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2926-4.4874	0.2525	157	0.176	2747	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4874-4.7231	0.2334	141	0.1838	2765	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7231-5.0176	0.3247	152	0.2081	2774	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0176-5.4029	0.317	139	0.2239	2797	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4029-5.9426	0.2922	150	0.2467	2770	X-RAY DIFFRACTION	100
5.9426-6.7935	0.308	142	0.235	2797	X-RAY DIFFRACTION	100
6.7935-8.5251	0.2395	131	0.1922	2819	X-RAY DIFFRACTION	100
8.5251-29.6101	0.2676	164	0.2181	2777	X-RAY DIFFRACTION	98

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関連情報:EMDBヘッダ

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