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- PDB-3tty: Crystal structure of beta-galactosidase from Bacillus circulans s... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tty
タイトルCrystal structure of beta-galactosidase from Bacillus circulans sp. alkalophilus in complex with galactose
要素Beta-galactosidase
キーワードHYDROLASE / Tim Barrel / Glycoside hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosidases / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-D-galactopyranose
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus circulans subsp. alkalophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Maksimainen, M. / Hakulinen, N. / Rouvinen, J.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2012
タイトル: Structural analysis, enzymatic characterization, and catalytic mechanisms of beta-galactosidase from Bacillus circulans sp. alkalophilus.
著者: Maksimainen, M. / Paavilainen, S. / Hakulinen, N. / Rouvinen, J.
履歴
登録2011年9月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月19日Group: Database references
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-galactosidase
B: Beta-galactosidase
C: Beta-galactosidase
D: Beta-galactosidase
E: Beta-galactosidase
F: Beta-galactosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)465,95418
ポリマ－464,4806
非ポリマー1,47312
水45,3262516
1
A: Beta-galactosidase
B: Beta-galactosidase
C: Beta-galactosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)232,9779
ポリマ－232,2403
非ポリマー7376
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14880 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area63660 Å2
手法PISA
2
D: Beta-galactosidase
E: Beta-galactosidase
F: Beta-galactosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)232,9779
ポリマ－232,2403
非ポリマー7376
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14890 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area63810 Å2
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)228.200, 228.200, 246.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質
Beta-galactosidase / Beta-gal


分子量: 77413.359 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus circulans subsp. alkalophilus (バクテリア)
参照: beta-galactosidase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 糖
ChemComp-GLA / alpha-D-galactopyranose / alpha-D-galactose / D-galactose / galactose / ALPHA D-GALACTOSE / α-D-ガラクトピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGalpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-galactopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GalpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GalSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2516 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.8 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 6-9% PEG 3350, 0.1M magnesium sulfate, 0.1M bicine, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年9月17日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→50 Å / Num. obs: 225561 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 3 / Biso Wilson estimate: 22.18 Å2
反射 シェル解像度: 2.25→2.3 Å / % possible all: 97.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3TTS

3tts


解像度: 2.25→47.57 Å / SU ML: 0.27 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 21.49 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2105 11276 5 %RANDOM
Rwork0.16 ---
all0.164 225561 --
obs0.1625 225527 99.19 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 20.456 Å2 / ksol: 0.319 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.7875 Å20 Å2-0 Å2
2--1.7875 Å20 Å2
3----3.575 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→47.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数32676 0 78 2516 35270
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00733618
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.11645588
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.2512354
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0834710
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0055904
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.25-2.33040.285511130.211921165X-RAY DIFFRACTION98
2.3304-2.42370.272311310.202821472X-RAY DIFFRACTION99
2.4237-2.5340.26711250.19521389X-RAY DIFFRACTION99
2.534-2.66760.259811300.191321471X-RAY DIFFRACTION99
2.6676-2.83470.242811300.179721456X-RAY DIFFRACTION99
2.8347-3.05360.229211310.171721504X-RAY DIFFRACTION99
3.0536-3.36080.221911300.167921466X-RAY DIFFRACTION100
3.3608-3.84690.19411300.151221461X-RAY DIFFRACTION99
3.8469-4.8460.152711260.117721395X-RAY DIFFRACTION99
4.846-47.58060.165111300.133421472X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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