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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3tts | ||||||
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タイトル | Crystal structure of beta-galactosidase from Bacillus circulans sp. alkalophilus | ||||||
![]() | Beta-galactosidase | ||||||
![]() | HYDROLASE / Tim Barrel / Glycoside hydrolase | ||||||
機能・相同性 | ![]() Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosidases / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Maksimainen, M. / Hakulinen, N. / Rouvinen, J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural analysis, enzymatic characterization, and catalytic mechanisms of beta-galactosidase from Bacillus circulans sp. alkalophilus. 著者: Maksimainen, M. / Paavilainen, S. / Hakulinen, N. / Rouvinen, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 823.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 681.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 77413.359 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: beta-galactosidase #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.82 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 6-9% PEG 3350, 0.1M magnesium sulfate, 0.1M bicine, pH 8,5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月28日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9724 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 519617 / Num. obs: 182304 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 3 / Biso Wilson estimate: 26.48 Å2 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.5 Å / % possible all: 97.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1KWG 解像度: 2.401→47.337 Å / SU ML: 0.28 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 20.96 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 29.141 Å2 / ksol: 0.322 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.401→47.337 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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