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- PDB-3ttg: Crystal structure of putative aminomethyltransferase from Leptosp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ttg
タイトルCrystal structure of putative aminomethyltransferase from Leptospirillum rubarum
要素Putative aminomethyltransferase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性Probable tRNA modification gtpase trme; domain 1 / Gyrase A; domain 2 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / :
機能・相同性情報
生物種Leptospirillum rubarum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Michalska, K. / Xu, X. / Cui, H. / Chin, S. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of putative aminomethyltransferase from Leptospirillum rubarum
著者: Michalska, K. / Xu, X. / Cui, H. / Chin, S. / Savchenko, A. / Joachimiak, A.
履歴
登録2011年9月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative aminomethyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,2465
ポリマ－40,1041
非ポリマー1424
水3,153175
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.616, 115.616, 75.428
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-469-

HOH

詳細THE AUTHOR STATES THAT THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS PROTEIN IS UNKNOWN.

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要素

#1: タンパク質 Putative aminomethyltransferase /


分子量: 40104.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leptospirillum rubarum (バクテリア)
遺伝子: EAY58150, UBAL2_82410567 / プラスミド: p15Tv lic / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Condon Plus (DE3)-RIPL / 参照: UniProt: A3EQP6
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 175 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.86 %
結晶化温度: 296 K / pH: 6.9
詳細: 0.5 M K3PO4/0.5 M Na3PO4, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月19日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 34441 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11.8 % / Biso Wilson estimate: 36.98 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 23.5
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.673 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 94.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
SHELXモデル構築
MLPHARE位相決定
直接法モデル構築
ARP/wARPモデル構築
Cootモデル構築
BUSTER2.10.0精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
SHELX位相決定
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→36.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU R Cruickshank DPI: 0.179 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.131 / SU Rfree Blow DPI: 0.124 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.124 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: HYDROGEN ATOMS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.214 1393 4.05 %RANDOM
Rwork0.184 ---
obs0.185 34384 98 %-
all-34384 --
原子変位パラメータBiso mean: 44.34 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.884 Å20 Å20 Å2
2--1.884 Å20 Å2
3----3.768 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.24 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→36.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2676 0 4 175 2855
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0135401HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.179751HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1474SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes69HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes786HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5401HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd1SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion5.08
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.98
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion344SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5811SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2→2.06 Å / Total num. of bins used: 17
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2079 113 4.12 %
Rwork0.1835 2629 -
all0.1845 2742 -
obs--98.03 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.34880.68930.42532.35190.24131.03280.0662-0.06710.06210.30680.0242-0.17550.0649-0.0171-0.0905-0.1129-0.00790.0156-0.0433-0.0437-0.012646.3493-22.83745.1566
20.01390.0689-0.11030.511-0.36130.46490.0026-0.00130.01060.00930.0392-0.02760.02570.0281-0.04180.02470.07270.07670.09060.04850.053651.5251-38.8725-8.6258
31.11490.23770.29821.9035-0.20941.54230.051-0.1126-0.0740.121-0.0229-0.20190.201-0.0861-0.028-0.0703-0.01760.0073-0.0706-0.0164-0.072645.8782-33.28033.6791
40.93140.44250.10051.73020.44950.73220.0039-0.03090.0681-0.03560.0568-0.0886-0.0602-0.134-0.0606-0.0639-0.01410.0168-0.0694-0.0284-0.021445.129-21.5144-2.8199
53.8747-0.29070.35135.25160.40921.2859-0.00990.0640.3388-0.3391-0.11450.2509-0.1239-0.2210.1244-0.07870.0418-0.0166-0.1056-0.0033-0.010237.0229-4.0687-4.8309
61.4793-0.65071.14892.11990.03752.23190.03920.20270.4681-0.2299-0.1104-0.2705-0.25230.02520.0712-0.04510.00710.06-0.1044-0.00790.051243.4616-3.9329-2.6626
精密化 TLSグループSelection details: chain A

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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