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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3tsr | ||||||
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タイトル | X-ray structure of mouse ribonuclease inhibitor complexed with mouse ribonuclease 1 | ||||||
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![]() | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / hydrolase / hydrolase inhibitor / leucine-rich repeat / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() : / ribonuclease inhibitor activity / angiogenin-PRI complex / pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / regulation of angiogenesis / response to bacterium / nucleic acid binding / lyase activity ...: / ribonuclease inhibitor activity / angiogenin-PRI complex / pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / regulation of angiogenesis / response to bacterium / nucleic acid binding / lyase activity / extracellular region / nucleoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chang, A. / Lomax, J.E. / Bingman, C.A. / Raines, R.T. / Phillips Jr., G.N. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Functional evolution of ribonuclease inhibitor: insights from birds and reptiles. 著者: Lomax, J.E. / Bianchetti, C.M. / Chang, A. / Phillips, G.N. / Fox, B.G. / Raines, R.T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 447.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 378.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | The biological unit is a dimer. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14171.004 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 49990.512 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #3: 化合物 | ChemComp-EDO / #4: 化合物 | ChemComp-PEG / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.27 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.5 詳細: Protein solution mixed in a 1:1 ratio with the well solution (PEG 3350 25%, NaCitrate 100mM pH 3.5), vapor diffusion, hanging drop. cryoprotected with 20% Ethylene Glycol, PEG 3350 25%, and ...詳細: Protein solution mixed in a 1:1 ratio with the well solution (PEG 3350 25%, NaCitrate 100mM pH 3.5), vapor diffusion, hanging drop. cryoprotected with 20% Ethylene Glycol, PEG 3350 25%, and NaCitrate 100mM pH 3.5, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月20日 / 詳細: mirrors and beryllium lenses | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9794 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.1999→50 Å / Num. obs: 108499 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.145 / Χ2: 1.086 / Net I/σ(I): 6.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | |||||||||
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Phasing MR |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 35.41 Å2 / ksol: 0.364 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 100.89 Å2 / Biso mean: 25.5052 Å2 / Biso min: 4.06 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1999→34.378 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14
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