PDB-3tsm: Crystal structure of Indole-3-glycerol phosphate synthase from Br...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3tsm

タイトル

Crystal structure of Indole-3-glycerol phosphate synthase from Brucella melitensis

要素

Indole-3-glycerol phosphate synthase

キーワード

LYASE / synthase / Structural Genomics / SSGCID / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

indole-3-glycerol-phosphate synthase / indole-3-glycerol-phosphate synthase activity / phosphoribosylanthranilate isomerase activity / L-tryptophan biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Brucella melitensis (マルタ熱菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Indole-3-glycerol phosphate synthase from Brucella melitensis
著者: Gardberg, A. / Edwards, T. / Sankaran, B. / Staker, B. / Stewart, L.

履歴

登録	2011年9月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年10月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3tsm.cif.gz	212.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3tsm.ent.gz	170.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3tsm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3tsm_validation.pdf.gz	455 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3tsm_full_validation.pdf.gz	456.7 KB	表示
XML形式データ	3tsm_validation.xml.gz	22.2 KB	表示
CIF形式データ	3tsm_validation.cif.gz	32.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ts/3tsm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ts/3tsm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1piiS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3h21-d 3h2f-d 1twz-d 2op3-4 4d8z-d 3tyd-d 3h2n-d 1tx0-d 5tvp-1 3h2m-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: BrabA.17351.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Indole-3-glycerol phosphate synthase

B: Indole-3-glycerol phosphate synthase

ヘテロ分子

59.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.800, 73.290, 118.940
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Indole-3-glycerol phosphate synthase / IGPS 分子量: 29605.947 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Brucella melitensis (マルタ熱菌) 株: 2308 / 遺伝子: trpC, BAB1_1164 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q2YRR4, indole-3-glycerol-phosphate synthase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 248 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.1 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: Internal tracking number 223543D9. Crystallant (JCSG D9): 25.5% PEG 4000, 15% glycerol, 170 mM Ammonium Sulfate. Protein: BrabA.17351.a.A1 PS01096 at 63 mg/ml in a buffer consisting of 25 mM ...詳細: Internal tracking number 223543D9. Crystallant (JCSG D9): 25.5% PEG 4000, 15% glycerol, 170 mM Ammonium Sulfate. Protein: BrabA.17351.a.A1 PS01096 at 63 mg/ml in a buffer consisting of 25 mM HEPES, 300-500 mM NaCl, 2 mM DTT, 0.025% sodium azide, 5% glycerol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K

結晶

マシュー密度: 2.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.1 %

結晶化

温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: Internal tracking number 223543D9. Crystallant (JCSG D9): 25.5% PEG 4000, 15% glycerol, 170 mM Ammonium Sulfate. Protein: BrabA.17351.a.A1 PS01096 at 63 mg/ml in a buffer consisting of 25 mM ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9774 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月9日

放射

モノクロメーター: Asymmetric curved crystal, Si(220)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9774 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 34823 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.3 % / B_iso Wilson estimate: 30.856 Å² / R_merge(I) obs: 0.109 / Net I/σ(I): 13.57

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	% possible all
2.15-2.21		7.4	0.469	4.2	18812	2537	100
2.21-2.27			0.45	4.7	17408	2443	99.3
2.27-2.33			0.404	4.9	17922	2426	99.4
2.33-2.4			0.315	6.2	17318	2331	100
2.4-2.48			0.287	6.8	16768	2263	100
2.48-2.57			0.232	8.1	16463	2217	100
2.57-2.67			0.208	9	15581	2104	100
2.67-2.78			0.18	10.6	15206	2072	100
2.78-2.9			0.153	11.9	14466	1955	99.9
2.9-3.04			0.123	14.1	13955	1890	100
3.04-3.21			0.099	17.1	13367	1810	100
3.21-3.4			0.087	19.1	12472	1700	100
3.4-3.63			0.073	22.6	11511	1599	100
3.63-3.93			0.068	25	10581	1499	99.8
3.93-4.3			0.061	26.5	9998	1394	100
4.3-4.81			0.057	27.5	9055	1272	100
4.81-5.55			0.06	26.4	7870	1130	100
5.55-6.8			0.06	25.4	6788	959	100
6.8-9.62			0.05	29.8	5371	770	100
	9.62		0.047	30.3	2873	452	99.1

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	47.1 Å
Translation	2.5 Å	47.1 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	5.6.0117	精密化
PDB_EXTRACT	3.004	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1pii

1pii

解像度: 2.15→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.923 / SU B: 8.276 / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.178 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES WITH TLS ADDED. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.228	1751	5 %	RANDOM
R_work	0.183	-	-	-
obs	0.185	34822	99.89 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.438 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.56 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.14 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.71 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3905	0	28	248	4181

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.019	4035
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.02	2781
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.524	1.994	5458
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.166	3	6774
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.195	5	533
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.019	23.509	171
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.068	15	695
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.075	15	37
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	632
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	4542
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	815

LS精密化シェル

解像度: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.262	97	-
R_work	0.205	2241	-
all	-	2338	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	11.9725	1.233	2.5202	1.2074	0.3457	3.1728	-0.0799	-0.4246	0.439	-0.1126	-0.0836	0.1384	-0.2131	-0.2148	0.1634	0.0381	0.0053	0.0032	0.0337	-0.0505	0.1026	-25.4845	-4.4604	17.2586
2	1.3785	1.0869	0.3704	2.0087	0.3656	0.3339	-0.107	0.1464	-0.0755	-0.1083	0.1246	-0.1448	-0.0113	0.0458	-0.0176	0.0254	-0.023	-0.0007	0.0279	-0.0114	0.0522	5.8139	8.6231	16.0592
3	3.8034	1.2016	-1.329	4.3499	-1.53	3.6238	0.0336	0.2176	0.3239	-0.0305	-0.0122	0.432	-0.0564	-0.0886	-0.0214	0.0367	0.004	-0.0444	0.0307	-0.0096	0.1344	-0.4381	24.9986	22.1562
4	1.9394	-0.1174	-1.3794	2.1898	1.4334	3.6764	-0.1956	0.2557	0.0583	-0.3053	0.1466	-0.1124	-0.2632	-0.0524	0.049	0.0987	-0.0643	-0.0134	0.06	0.0082	0.0842	13.2525	25.5735	15.8393
5	2.2505	3.1589	1.1352	18.7245	-0.3175	3.284	-0.4638	0.2031	0.2737	-0.4638	0.2316	0.3415	-0.2318	-0.0855	0.2322	0.104	-0.0487	-0.0772	0.0368	0.0324	0.1122	-10.349	7.5758	10.3707
6	1.7168	0.7655	0.4811	0.7824	0.1322	0.5671	0.1102	-0.1106	-0.135	0.0563	-0.0446	-0.0944	0.0393	-0.035	-0.0656	0.0256	-0.0178	-0.0123	0.0148	0.0067	0.0237	-26.9068	-21.1564	14.773
7	5.6949	0.0762	-1.8946	2.7406	0.4324	3.1313	-0.039	-0.1473	0.2625	0.157	0.0648	0.0566	-0.0891	-0.043	-0.0258	0.0555	0.002	-0.0289	0.0116	-0.002	0.0334	-41.3421	-15.1478	6.0147
8	1.6702	0.0366	1.0532	0.7715	-0.6665	4.1809	0.1966	-0.2638	-0.1125	0.0701	-0.1339	0.1143	-0.0017	-0.1924	-0.0627	0.0467	-0.0524	-0.006	0.0826	-0.0026	0.0418	-44.4696	-27.1126	13.0366

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	4 - 23
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	24 - 172
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	173 - 205
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	206 - 264
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	5 - 23
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	24 - 172
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	173 - 205
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	206 - 264

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関連情報:EMDBヘッダ

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