PDB-3tsd: Crystal Structure of Inosine-5'-monophosphate Dehydrogenase from ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3tsd

タイトル

Crystal Structure of Inosine-5'-monophosphate Dehydrogenase from Bacillus anthracis str. Ames complexed with XMP

要素

Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / TIM barrel / CBS domain / cytosol / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

機能・相同性情報

IMP dehydrogenase activity / IMP dehydrogenase / GMP biosynthetic process / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus anthracis (炭疽菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.653 Å

データ登録者

Kim, Y. / Makowska-Grzyska, M. / Hasseman, J. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: Bacillus anthracis inosine 5'-monophosphate dehydrogenase in action: the first bacterial series of structures of phosphate ion-, substrate-, and product-bound complexes.
著者: Makowska-Grzyska, M. / Kim, Y. / Wu, R. / Wilton, R. / Gollapalli, D.R. / Wang, X.K. / Zhang, R. / Jedrzejczak, R. / Mack, J.C. / Maltseva, N. / Mulligan, R. / Binkowski, T.A. / Gornicki, P. ...

履歴

登録	2011年9月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年10月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年4月10日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3tsd.cif.gz	348.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3tsd.ent.gz	282.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3tsd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3tsd_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3tsd_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	3tsd_validation.xml.gz	34 KB	表示
CIF形式データ	3tsd_validation.cif.gz	46.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ts/3tsd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ts/3tsd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3tsbC 3usbC 1zfjS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3usb-1 1zfj-1 7bsk-1 4hcr-d 1pjl-1 7bsl-1 1pjl-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: IDP01178

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#140 - 2011年8月ロンボイドプロテアーゼGlpG (Rhomboid Protease GlpG) 類似性 (4) #198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

111 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
222 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
223 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	123.250, 123.250, 141.636
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	79
Space group name H-M	I4

詳細

tetramer is formed from either chain A or chain B by applying x,y,z; -y,x,z; y,-x,z; -x,-y,z

#1: タンパク質	Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase 分子量: 55183.172 Da / 分子数: 2 / 断片: IMPDH / 変異: full-length / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株: Ames / 遺伝子: guaB, BAS0011, BA_0008, GBAA_0008 / プラスミド: pMCG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 magic 参照: UniProt: Q81W29, UniProt: A0A6L8P2U9*PLUS, IMP dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-XMP / XANTHOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / 5-MONOPHOSPHATE-9-BETA-D-RIBOFURANOSYL XANTHINE 分子量: 365.213 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₄O₉P
#3: 化合物	ChemComp-TAR / D(-)-TARTARIC ACID / D-酒石酸分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₆
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.52 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.8 M sodium/potassium tartrate tetrahydrate, 0.1 M Tris pH8.5, 0.5 % PEGMME 5000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月26日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.65→50 Å / Num. all: 30553 / Num. obs: 30553 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.1 % / B_iso Wilson estimate: 56.56 Å² / R_sym value: 0.094 / Net I/σ(I): 10.4
反射シェル	解像度: 2.65→2.7 Å / 冗長度: 9.2 % / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 1502 / R_sym value: 0.735 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ収集
HKL-3000		位相決定
PHENIX		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: dev_851)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ID 1ZFJ monomer

1zfj

解像度: 2.653→38.975 Å / SU ML: 0.6 / Isotropic thermal model: mixed / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 25.81 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.245	1474	5.07 %	random
R_work	0.192	-	-	-
all	0.195	29052	-	-
obs	0.195	29052	94.95 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 48.99 Å² / k_sol: 0.307 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 82.7 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.2593 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.2593 Å²	-0 Å²
3-	-	-	4.5187 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.653→38.975 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6509	0	63	95	6667

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	6653
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.275	8982
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.015	2463
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.08	1065
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1143

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection obs	% reflection obs (%)
2.6531-2.7388	0.3307	128	0.2464	2296	2424	87
2.7388-2.8366	0.3009	151	0.2331	2275	2426	89
2.8366-2.9502	0.2764	123	0.2194	2452	2575	92
2.9502-3.0844	0.3017	120	0.211	2474	2594	94
3.0844-3.2469	0.2841	136	0.2251	2516	2652	96
3.2469-3.4502	0.2994	125	0.2107	2564	2689	97
3.4502-3.7164	0.2478	115	0.202	2509	2624	95
3.7164-4.0901	0.2469	130	0.169	2549	2679	96
4.0901-4.6811	0.1953	136	0.1543	2653	2789	99
4.6811-5.8944	0.2091	172	0.183	2625	2797	100
5.8944-38.9793	0.2414	138	0.1917	2665	2803	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4264	-0.4581	0.2147	1.0605	-0.7228	1.562	-0.1131	-0.1359	-0.2268	0.1054	-0.0516	-0.0622	0.0846	0.1636	0.109	0.4157	0.0496	0.0308	0.3259	-0.0438	0.4082	-38.4096	35.6772	-3.1206
2	2.4251	0.7797	-0.738	3.126	-0.8807	7.1321	0.056	-0.5359	-0.067	0.5219	0.1616	-0.4315	-0.0803	0.8775	-0.1586	0.655	0.035	0.1268	0.6457	0.0841	0.583	-20.2012	12.2574	15.0854
3	0.9095	-1.1864	0.4931	2.918	-1.1247	2.8007	-0.037	0.1498	-0.0692	0.1136	0.0708	-0.0346	0.215	0.0645	0.1191	0.3692	0.037	0.0793	0.5715	-0.0346	0.4703	-28.9618	25.1169	-1.7459
4	2.6482	0.4397	0.3095	4.893	-0.338	0.0697	-0.14	-0.0926	-0.024	0.1081	0.1699	-0.1574	0.04	0.1697	0.0711	0.3842	0.0085	0.0754	0.3837	0.0131	0.2816	-38.7551	47.0883	-12.8513
5	2.574	0.9681	-1.6675	3.2343	-3.3381	3.7406	0.5458	-1.0457	0.3133	1.5372	-0.3859	0.2422	-1.1746	0.9001	0.0854	0.378	0.0821	0.1272	0.1948	-0.0884	0.3768	-45.3835	41.8268	3.6539
6	4.2214	-0.6773	2.8208	4.2465	-2.7431	3.636	-0.2782	0.0985	-0.6652	0.4069	0.3799	0.8504	-0.2823	-0.132	-0.0647	0.3229	-0.0047	0.211	0.3898	-0.0902	0.4764	-57.5225	38.4462	-7.4205
7	2.4918	-0.9064	-1.2541	2.309	0.7353	2.3338	-0.1284	0.1377	-0.3357	0.1362	-0.1247	-0.0223	0.16	-0.204	0.2257	0.3165	-0.0148	-0.105	0.2673	0.1006	0.2413	-56.8991	36.6955	47.9755
8	2.323	-2.0509	-1.7748	2.8636	1.0267	1.6402	0.1547	-0.0538	-0.3763	-0.2927	-0.2846	-0.0424	0.0877	0.4648	0.1124	0.9186	-0.124	-0.0208	0.7531	-0.024	1.0392	-44.146	0.9416	26.5048
9	2.5898	-2.0452	-1.5593	1.5421	1.4071	2.2528	-0.1396	0.3467	-0.5764	0.068	-0.1851	0.2915	0.4584	-0.16	0.357	0.6123	-0.112	0.0602	0.4826	0.1012	0.7514	-51.319	15.8504	42.3876
10	3.6625	0.2149	-0.5255	2.7855	-0.5315	2.0755	-0.0604	0.5508	0.1797	-0.1986	-0.0334	-0.1298	0.2014	-0.1675	0.1287	0.2031	0.0071	0.0197	0.2118	0.0797	0.1543	-53.1498	40.3977	41.6933

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq -3:107)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 108:170)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 171:270)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 271:334)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 335:427)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 428:473)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resseq -9:77)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resseq 78:152)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resseq 153:309)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resseq 310:472)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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