PDB-3tsb: Crystal Structure of Inosine-5'-monophosphate Dehydrogenase from ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3tsb

タイトル

Crystal Structure of Inosine-5'-monophosphate Dehydrogenase from Bacillus anthracis str. Ames

要素

Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / TIM-barrel / CBS-domain / cytosol

機能・相同性

機能・相同性情報

IMP dehydrogenase activity / IMP dehydrogenase / GMP biosynthetic process / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus anthracis (炭疽菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.595 Å

データ登録者

Kim, Y. / Makowska-Grzyska, M. / Hasseman, J. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: Bacillus anthracis inosine 5'-monophosphate dehydrogenase in action: the first bacterial series of structures of phosphate ion-, substrate-, and product-bound complexes.
著者: Makowska-Grzyska, M. / Kim, Y. / Wu, R. / Wilton, R. / Gollapalli, D.R. / Wang, X.K. / Zhang, R. / Jedrzejczak, R. / Mack, J.C. / Maltseva, N. / Mulligan, R. / Binkowski, T.A. / Gornicki, P. ...

履歴

登録	2011年9月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年10月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年4月10日	Group: Database references
改定 1.2	2017年2月8日	Group: Structure summary
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3tsb.cif.gz	361.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3tsb.ent.gz	295.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3tsb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3tsb_validation.pdf.gz	452 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3tsb_full_validation.pdf.gz	467.4 KB	表示
XML形式データ	3tsb_validation.xml.gz	33.9 KB	表示
CIF形式データ	3tsb_validation.cif.gz	47.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ts/3tsb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ts/3tsb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3tsdC 3usbC 1zfjS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3usb-2 3usb-1 1zfj-1 6pzw-d 2aep-1 4gvl-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: IDP01178

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#140 - 2011年8月ロンボイドプロテアーゼGlpG (Rhomboid Protease GlpG) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

111 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
221 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
221 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	123.026, 123.026, 140.718
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	79
Space group name H-M	I4

詳細

tetramer is formed from either chain A or chain B by applying x,y,z; -y,x,z; y,-x,z; -x,-y,z

#1: タンパク質	Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase 分子量: 55183.172 Da / 分子数: 2 / 断片: IMPDH / 変異: full-length / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株: Ames / 遺伝子: guaB, BAS0011, BA_0008, GBAA_0008 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 magic 参照: UniProt: Q81W29, UniProt: A0A6L8P2U9*PLUS, IMP dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 124 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.01 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.2 詳細: 1.0 M NaH2PO4/K2HPO4 pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月27日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.595→50 Å / Num. all: 31165 / Num. obs: 31165 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.6 % / B_iso Wilson estimate: 49.54 Å² / R_sym value: 0.095 / Net I/σ(I): 10.6
反射シェル	解像度: 2.6→2.64 Å / 冗長度: 5.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 1554 / R_sym value: 0.725 / % possible all: 98.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ収集
HKL-3000		位相決定
PHENIX		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: dev_851)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ID 1ZFJ monomer

1zfj

解像度: 2.595→36.997 Å / SU ML: 0.57 / Isotropic thermal model: mixed / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.75 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.242	1580	5.09 %	random
R_work	0.181	-	-	-
all	0.184	31065	-	-
obs	0.184	31065	96.01 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 38.356 Å² / k_sol: 0.312 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 61.4 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.1357 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	1.1357 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.2713 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.595→36.997 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6943	0	15	124	7082

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	7064
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.32	9539
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.488	2636
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.099	1109
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1232

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Refine-ID	Num. reflection obs	% reflection obs (%)
2.5947-2.6785	0.3052	137	0.2338	X-RAY DIFFRACTION	2628	90
2.6785-2.7742	0.2997	141	0.2175	X-RAY DIFFRACTION	2835	97
2.7742-2.8852	0.3085	151	0.21	X-RAY DIFFRACTION	2852	98
2.8852-3.0164	0.3095	141	0.2175	X-RAY DIFFRACTION	2899	98
3.0164-3.1754	0.2851	152	0.2098	X-RAY DIFFRACTION	2861	98
3.1754-3.3742	0.2668	140	0.1967	X-RAY DIFFRACTION	2848	97
3.3742-3.6345	0.2592	141	0.1814	X-RAY DIFFRACTION	2866	97
3.6345-3.9999	0.2474	159	0.1559	X-RAY DIFFRACTION	2836	97
3.9999-4.5778	0.1803	132	0.1375	X-RAY DIFFRACTION	2826	96
4.5778-5.764	0.2031	141	0.1625	X-RAY DIFFRACTION	2802	95
5.764-37.001	0.2242	145	0.1947	X-RAY DIFFRACTION	2812	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4895	0.1736	-0.1946	0.6937	-0.0829	0.9758	-0.0171	-0.051	-0.1484	0.0564	0.0112	0.0941	0.1533	-0.0344	-0.0081	0.3456	-0.0153	-0.0509	0.3578	-0.0361	0.3446	-29.2624	-27.2246	-19.041
2	2.801	-0.3425	0.0496	2.6543	-0.5308	3.286	-0.1337	-0.5874	-0.1826	0.666	0.4006	0.2568	0.2933	-0.8004	-0.2232	0.7225	-0.0185	0.049	0.8239	0.0291	0.6226	-51.9572	-40.4576	-1.1581
3	2.9332	1.8604	-1.2457	3.3657	-1.3601	1.7817	-0.1102	0.0653	0.3473	-0.0134	0.2985	0.8266	0.2402	-0.4472	-0.1911	0.4545	-0.0359	-0.044	0.5922	0.0338	0.5717	-49.6411	-29.6779	-15.306
4	0.8086	-0.1284	-0.4064	1.5956	-0.0297	0.4474	0.0416	0.0491	-0.126	0.101	-0.0068	0.0856	0.2022	0.029	-0.0139	0.326	-0.0081	-0.0508	0.2707	-0.0096	0.2845	-16.8586	-26.4924	-29.4766
5	2.8125	-0.305	-0.4838	3.6851	-0.3179	1.9957	-0.0003	-0.6877	-0.2115	0.497	0.1161	-0.419	0.3961	0.3819	-0.1326	0.4666	0.0056	-0.0531	0.5002	-0.0507	0.4277	-16.6429	-19.724	-13.1275
6	2.6573	0.4362	-0.1844	2.6976	-0.9874	1.8456	0.2046	-0.2445	-0.002	0.4016	-0.1112	0.0708	-0.1638	0.0374	-0.105	0.4273	0.0528	-0.0588	0.4091	0.004	0.422	-18.8065	-0.4632	-23.9038
7	1.2655	-0.1243	-0.2996	1.2179	-1.3736	1.5502	-0.0082	-0.184	0.2656	0.0386	0.2189	-0.224	-0.6159	0.1358	-0.1162	0.3913	0.0236	-0.0247	0.4328	0.0046	0.3455	-11.6146	9.8899	41.9281
8	4.0934	-0.7766	0.6362	2.6696	-0.5568	2.6783	-0.0151	-0.1083	-0.3623	-0.0366	0.0131	0.4164	0.3114	-0.3524	0.0153	0.3663	-0.0549	0.0261	0.4072	0.0289	0.3822	-29.289	-15.3307	25.5739
9	2.9784	0.4411	1.6255	1.2265	0.6476	2.4016	-0.1114	0.4723	0.2089	-0.4457	0.1713	0.7387	-0.1582	-0.7355	-0.0451	0.4241	-0.014	-0.0417	0.7061	0.1187	0.5953	-45.0999	-8.4728	13.6049
10	2.0613	-0.0818	0.5854	2.3538	-0.4284	1.7897	0.2088	-0.0297	0.2283	0.5026	-0.2931	0.6795	0.0291	-0.394	0.0444	0.9161	-0.1284	0.3317	1.0211	-0.0255	1.0378	-58.973	-30.5288	12.6925
11	2.0462	1.9438	1.5403	5.8558	0.2335	5.1735	-0.9219	1.174	-0.9962	-0.5072	0.662	0.6489	-0.0974	-0.9598	0.3629	0.7737	-0.0253	0.0672	0.8025	-0.0864	0.783	-52.6687	-27.3974	13.5684
12	0.6808	0.1742	0.9463	2.4482	0.8518	2.2865	-0.12	-0.05	0.244	0.0808	-0.0469	0.7174	-0.2644	-0.5715	0.1602	0.3174	0.0597	0.0513	0.4984	0.0232	0.4956	-37.9685	1.3613	27.6002
13	2.6648	0.6592	1.0907	3.2646	0.3453	2.0965	0.0499	0.3848	0.2698	-0.5481	0.0576	0.262	-0.4747	-0.3042	-0.1477	0.4166	0.0676	0.0545	0.4564	0.0408	0.4443	-24.6893	1.0868	19.3468
14	2.8211	0.3625	1.3772	1.4008	0.5805	2.9733	-0.1476	0.351	-0.1681	-0.2382	-0.061	0.0827	-0.0356	0.4036	0.1835	0.3731	0.0241	0.0325	0.3672	0.0176	0.4476	-15.9491	-14.8801	20.5602

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq -3:133)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 134:170)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 171:223)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 224:355)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 356:446)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 447:486)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resseq -8:18)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resseq 19:56)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resseq 57:139)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resseq 140:180)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resseq 181:209)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resseq 210:309)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resseq 310:418)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resseq 419:486)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)