PDB-3trj: Structure of a phosphoheptose isomerase from Francisella tularensis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3trj

タイトル

Structure of a phosphoheptose isomerase from Francisella tularensis

要素

Phosphoheptose isomerase

キーワード

ISOMERASE / Lipopolysaccharide biosynthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

異性化酵素 / carbohydrate derivative metabolic process / carbohydrate derivative binding / isomerase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Francisella tularensis subsp. tularensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Cheung, J. / Franklin, M.C. / Rudolph, M. / Cassidy, M. / Gary, E. / Burshteyn, F. / Love, J.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Rapid countermeasure discovery against Francisella tularensis based on a metabolic network reconstruction.
著者: Chaudhury, S. / Abdulhameed, M.D. / Singh, N. / Tawa, G.J. / D'haeseleer, P.M. / Zemla, A.T. / Navid, A. / Zhou, C.E. / Franklin, M.C. / Cheung, J. / Rudolph, M.J. / Love, J. / Graf, J.F. / ...

履歴

登録	2011年9月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年9月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年8月20日	Group: Database references / Structure summary
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2023年12月6日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.5	2024年11月27日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3trj.cif.gz	144.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3trj.ent.gz	115.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3trj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3trj_validation.pdf.gz	450.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3trj_full_validation.pdf.gz	460.3 KB	表示
XML形式データ	3trj_validation.xml.gz	27 KB	表示
CIF形式データ	3trj_validation.cif.gz	35.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tr/3trj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tr/3trj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3tqkC 3tqvC 1tk9S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2wgf-1 4c6x-d 2xbl-d 5lu6-d 4c71-d 5i67-d 1m51-d 2gfw-1 4qg5-1 1x92-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Phosphoheptose isomerase

B: Phosphoheptose isomerase

C: Phosphoheptose isomerase

D: Phosphoheptose isomerase

86.3 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	98.131, 98.131, 149.601
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Phosphoheptose isomerase 分子量: 21579.531 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Francisella tularensis subsp. tularensis (バクテリア) 株: SCHU S4 / 遺伝子: FTT_1681c, lpcA / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5NEF5, 異性化酵素
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.04 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M HEPES, pH 7.5, 0.2 M magnesium chloride, 30% PEG400, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月14日

放射

モノクロメーター: VARIMAX HF / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.7→30 Å / Num. all: 20691 / Num. obs: 20671 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.4 % / R_merge(I) obs: 0.121 / Net I/σ(I): 5.2

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2.7-2.75	9.1	0.572	1	100
2.75-2.8	9	0.538	1	100
2.8-2.85	9.2	0.458	1	100
2.85-2.91	9.1	0.413	1	100
2.91-2.97	9.1	0.39	1	100
2.97-3.04	9.2	0.348	1	100
3.04-3.12	9.1	0.283	1	100
3.12-3.2	9.1	0.25	1	100
3.2-3.29	9.2	0.223	1	100
3.29-3.4	9.2	0.196	1	100
3.4-3.52	9.2	0.186	1	100
3.52-3.66	9.3	0.15	1	100
3.66-3.83	9.4	0.13	1	100
3.83-4.03	9.5	0.126	1	100
4.03-4.28	9.6	0.103	1	100
4.28-4.61	9.8	0.093	1	100
4.61-5.07	10.1	0.089	1	100
5.07-5.8	10.2	0.094	1	100
5.8-7.3	10.2	0.075	1	100
7.3-30	9.2	0.048	1	97.6

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.7_650	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1TK9

1tk9

解像度: 2.8→24.166 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.35 / σ(F): 0 / 位相誤差: 31.92 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2778	944	5.14 %
R_work	0.2262	-	-
obs	0.2288	18364	98.73 %
all	-	19556	-

溶媒の処理

減衰半径: 1.06 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 20.001 Å² / k_sol: 0.329 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	12.1953 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	12.1953 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-19.1458 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→24.166 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5489	0	0	19	5508

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	5557
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.582	7539
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.524	1985
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.04	919
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.001	983

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.8-2.9474	0.3947	138	0.3114	2446	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9474-3.1317	0.3724	140	0.3082	2433	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1317-3.3729	0.3774	145	0.2836	2467	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3729-3.7113	0.2852	139	0.2465	2433	X-RAY DIFFRACTION	98
3.7113-4.2458	0.2504	116	0.2081	2452	X-RAY DIFFRACTION	97
4.2458-5.3397	0.2188	133	0.1807	2516	X-RAY DIFFRACTION	98
5.3397-24.1665	0.2279	133	0.1967	2673	X-RAY DIFFRACTION	99

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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