PDB-3tqv: Structure of the nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase from Fra...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3tqv

タイトル

Structure of the nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase from Francisella tularensis.

要素

Nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase

キーワード

TRANSFERASE / glycosyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

quinolinate catabolic process / nicotinate-nucleotide diphosphorylase (carboxylating) / nicotinate-nucleotide diphosphorylase (carboxylating) activity / NAD+ biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Francisella tularensis subsp. tularensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.62 Å

データ登録者

Rudolph, M. / Cheung, J. / Franklin, M. / Cassidy, M. / Gary, E. / Burshteyn, F. / Love, J.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Rapid countermeasure discovery against Francisella tularensis based on a metabolic network reconstruction.
著者: Chaudhury, S. / Abdulhameed, M.D. / Singh, N. / Tawa, G.J. / D'haeseleer, P.M. / Zemla, A.T. / Navid, A. / Zhou, C.E. / Franklin, M.C. / Cheung, J. / Rudolph, M.J. / Love, J. / Graf, J.F. / ...

履歴

登録	2011年9月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年9月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年8月20日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3tqv.cif.gz	225.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3tqv.ent.gz	181.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3tqv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3tqv_validation.pdf.gz	447.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3tqv_full_validation.pdf.gz	461.4 KB	表示
XML形式データ	3tqv_validation.xml.gz	27.2 KB	表示
CIF形式データ	3tqv_validation.cif.gz	36.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tq/3tqv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tq/3tqv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3tqkC 3trjC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3paj-d 1qpo-1 1qpo-3 7mfq-2 3pde-2 1qpn-1 5zcj-d 5v86-d 2y2n-d 6c57-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase

B: Nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase

ヘテロ分子

63.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.780, 46.474, 99.814
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 108.260, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase 分子量: 31701.711 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Francisella tularensis subsp. tularensis (バクテリア) 株: SCHU S4 / 遺伝子: nadC, FTT_1468c / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q5NEY8, nicotinate-nucleotide diphosphorylase (carboxylating)
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 189 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.65 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 200 mM Ammonium Sulfate, 20% PEG 3350, pH 7.5, sitting drop, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X4C / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月13日

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.51→50 Å / Num. all: 22620 / Num. obs: 21851 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.9 % / R_merge(I) obs: 0.108 / Χ²: 1.905 / Net I/σ(I): 9.2

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.51-2.55	2.3	0.368	891	1.779	1	80.2
2.55-2.6	2.4	0.314	1005	1.671	1	88.4
2.6-2.65	2.7	0.34	1045	1.964	1	95.3
2.65-2.7	2.8	0.295	1092	1.829	1	97.8
2.7-2.76	2.8	0.284	1111	1.826	1	97.6
2.76-2.83	2.8	0.267	1093	2.001	1	98.3
2.83-2.9	2.8	0.26	1098	2.107	1	97.7
2.9-2.98	2.8	0.238	1086	2.134	1	97.6
2.98-3.06	2.8	0.194	1108	2.155	1	97.9
3.06-3.16	2.8	0.18	1095	2.099	1	97.1
3.16-3.28	2.8	0.154	1074	2.001	1	97.5
3.28-3.41	2.9	0.128	1112	1.85	1	97.2
3.41-3.56	3	0.102	1114	2.071	1	98
3.56-3.75	3	0.107	1091	2.159	1	98.9
3.75-3.98	3	0.088	1131	2.143	1	98.7
3.98-4.29	3.1	0.079	1109	1.78	1	99
4.29-4.72	3.2	0.075	1136	1.954	1	99.2
4.72-5.41	3.2	0.065	1146	1.801	1	99.7
5.41-6.81	3.2	0.064	1162	1.496	1	99.4
6.81-50	3.1	0.045	1152	1.375	1	96

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.6.4_486	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.62→24.258 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7865 / SU ML: 0.4 / σ(F): 0 / 位相誤差: 27.74 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2789	996	5.1 %
R_work	0.2169	-	-
all	0.2202	21000	-
obs	0.2202	19521	97.77 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 22.457 Å² / k_sol: 0.347 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 93.12 Å² / B_iso mean: 27.4221 Å² / B_iso min: 4.32 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	5.7661 Å²	0 Å²	-2.7737 Å²
2-	-	-6.6157 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.8496 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.62→24.258 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4280	0	20	189	4489

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	4335
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.141	5861
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.072	721
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	746
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.882	1605

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.62-2.758	0.4013	150	0.2911	2583	2733	97
2.758-2.9305	0.3543	151	0.2918	2602	2753	97
2.9305-3.1563	0.3235	154	0.2435	2596	2750	97
3.1563-3.4731	0.285	127	0.2214	2622	2749	97
3.4731-3.9738	0.2667	122	0.2048	2679	2801	98
3.9738-4.9993	0.2035	139	0.1621	2706	2845	99
4.9993-24.2593	0.2556	153	0.2108	2737	2890	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.113	0.0299	0.2679	0.1017	0.0066	0.41	0.0743	-0.029	-0.0424	-0.0448	-0.0095	0.0031	-0.0208	-0.1492	-0.0619	0.0642	0.0293	0.0069	0.1066	-0.0076	0.1752	-5.6104	4.9921	41.347
2	0.182	-0.1436	0.0698	0.1426	0.103	0.5777	-0.0578	0.0052	-0.0857	-0.0524	0.0392	-0.0178	-0.1659	-0.0346	0.0256	0.1082	-0.0137	-0.0306	0.0675	0.0025	0.1164	-0.581	13.4676	42.6398
3	0.3307	0.0676	0.1742	0.131	0.3518	0.8149	-0.1658	-0.019	0.036	-0.0472	-0.0121	0.0429	-0.0956	0.0827	0.1184	0.0907	-0.0314	-0.0122	0.073	-0.0053	0.0584	-3.0225	5.1965	27.3098
4	1.0265	-0.0452	-0.2856	1.3441	1.4235	2.328	-0.2941	0.0108	0.0041	-0.2256	-0.1704	0.0052	-0.0933	-0.6023	0.1928	0.129	0.0375	0.0395	0.12	0.0791	-0.1518	-21.165	-0.3594	5.93
5	0.4519	0.0305	-0.1409	0.3771	0.0238	0.0419	-0.0512	0.1478	0.0167	0.175	0.1058	-0.0089	0.0198	-0.1107	-0.0196	0.1814	0.0022	0.0577	0.1417	-0.017	0.0667	-3.9275	3.0564	2.0916
6	0.7877	0.3326	0.6074	0.1445	0.384	1.1221	0.173	-0.152	-0.1816	-0.0749	0.1502	-0.1206	-0.0032	0.0708	-0.2979	-0.0322	-0.0481	0.0257	0.0231	-0.0717	0.1542	3.3407	2.1925	31.0557
7	0.4912	-0.0518	-0.1656	0.1601	0.091	0.396	-0.1381	0.1743	-0.0289	-0.0781	-0.0163	-0.0959	0.0138	-0.1005	0.0393	0.1007	-0.0713	0.0479	0.093	-0.0065	0.0626	-14.2395	-11.6598	32.5272
8	0.8049	-0.1077	0.4912	0.1641	0.1134	0.4613	0.2975	-0.1324	0.0129	-0.0171	-0.0654	0.0008	0.1553	0.1561	-0.1567	0.1514	-0.0426	0.0494	0.1272	-0.0121	0.0244	-14.0654	-15.5505	11.236
9	0.4582	-0.0963	0.4819	0.0181	-0.0766	0.7129	0.0013	-0.0913	0.0383	-0.0193	0.0172	-0.0139	0.1809	-0.1351	-0.0036	0.0542	-0.0187	0.0103	0.0304	-0.0208	0.0315	-4.2588	-16.8211	29.4768
10	3.1316	-2.0481	1.6	1.8901	-0.5767	1.217	-0.1938	-0.1319	0.506	0.1425	-0.0287	-0.3608	0.0046	-0.1664	0.1953	0.0651	0.0096	0.0014	0.1308	0.0404	0.1273	5.3414	-6.2691	61.918
11	0.1756	-0.2668	-0.0833	0.4696	0.1274	0.3349	-0.1619	-0.0886	-0.0152	0.0205	0.2024	0.1067	0.0111	0.0902	-0.0521	0.0363	-0.0338	-0.0206	0.068	-0.027	0.1008	17.012	-12.5384	49.4176
12	0.0319	0.1081	0.0531	0.8024	0.3388	0.5814	-0.0545	-0.0308	0.0235	-0.1812	0.0534	-0.2735	-0.066	-0.0811	-0.0129	0.0523	0.0221	0.0399	-0.0014	-0.0081	0.0795	0.4106	-11.4344	24.564

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 7:68)	A	7 - 68
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 69:97)	A	69 - 97
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 98:168)	A	98 - 168
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 169:201)	A	169 - 201
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 202:266)	A	202 - 266
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 267:286)	A	267 - 286
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 7:36)	B	7 - 36
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 37:55)	B	37 - 55
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 56:174)	B	56 - 174
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 175:198)	B	175 - 198
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain B and resid 199:266)	B	199 - 266
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain B and resid 267:286)	B	267 - 286

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新型コロナ情報

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)